牦牛BoLA-DRB1、DRB2基因多态性及序列变异特征研究

发布时间：2017-04-01 11:15

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【摘要】：主要组织相容性复合体(Major Histocompatibility Complex,MHC),是紧密连锁、高度多态且呈单体型遗传的基因家族,其编码的MHC分子在抗原识别与呈递、免疫应答与调控等方面起着重要作用。牛MHC命名为牛白细胞抗原(Bovine Lymphocyte Antigen,Bo LA),同其多种疾病和生产性能相关。DRB1和DRB2基因属Bo LA家族Ⅱ类基因。本研究应用PCR-SSCP技术,检测甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛和普通牛DRB1基因第1内含子、第2外显子、第2内含子及DRB2基因第1内含子、第2内含子、第3外显子突变,分析其多态性和序列变异特征。主要研究结果为:(1)牦牛及普通牛DRB1基因第1内含子、第2外显子多态性较丰富。第1内含子区检测到A、B、C、D四种等位基因和7种基因型,其中等位基因B频率0.361~0.481为优势等位基因;等位基因序列测定和比对发现4处SNPs及1个插入/缺失突变。第2外显子区检测到A1-I1 9种等位基因和11种基因型,青海牦牛和天祝白牦牛等位基因A1频率0.188和0.279分别为优势等位基因,而甘南牦牛、大通牦牛与普通牛等位基因B1频率0.251~0.285为优势等位基因;等位基因序列测定和比对发现18处SNPs。DRB1基因第1内含子、第2外显子区PIC值0.575~0.860为高度多态。(2)牦牛及普通牛不同类群间DRB2基因第2内含子多态性有所差异。第2内含子区检测到A2、B2、C2、D2和E2 5种等位基因和8种基因型,其中等位基因A2频率0.533~0.689为优势等位基因;等位基因序列测定和比对发现7处SNPs。甘南牦牛、天祝白牦牛及青海牦牛PIC值0.525~0.571为高度多态,大通牦牛和普通牛PIC值0.428~0.459表现为中度多态。DRB2基因第1内含子及第3外显子未发现多态性。(3)甘南牦牛在DRB1基因和DRB2基因检测区域均偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01),而青海牦牛仅在DRB1基因检测区域偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)。(4)牦牛及普通牛DRB1和DRB2基因检测区域存在单倍型连锁不平衡现象。两基因检测区域发现25种“DRB1 intron 1-exon 2”单倍型、20种“DRB1 intron 1-DRB2 intron2”单倍型、18种“DRB1 exon 2-DRB2 inron 2”单倍型和71种“DRB1 intron 1-exon 2-DRB2intron 2”单倍型,单倍型数量均少于理论值,单倍型频率为0.004~0.117;各类型单倍型的D、为0.247~0.581,r2为0.155~0.195,均存在连锁不平衡现象。(5)牦牛DRB1基因第2外显子区碱基序列与普通牛同源性最高,系统进化情况与它们亲缘关系远近一致。
【关键词】：牦牛 普通牛 DRB1基因 DRB2基因 多态性 单倍型
【学位授予单位】：甘肃农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S823.85
【目录】：

• 摘要4-6
• Summary6-10
• 第一章 文献综述10-18
• 1 牦牛分子遗传研究10-13
• 1.1 牦牛遗传多态性及系统发育研究10-11
• 1.2 牦牛重要生产性状分子遗传研究11-13
• 2 牛主要组织相容性抗原（Bo LA）的研究13-17
• 2.1 MHC概述13-14
• 2.2 牛主要组织相容性抗原（Bo LA）14-16
• 2.3 牛Bo LA-DRB1和Bo LA-DRB2基因研究概况16-17
• 3 研究目的及意义17-18
• 第二章 材料与方法18-27
• 1 试验材料18
• 2 仪器设备及试剂18-20
• 2.1 主要仪器设备18-19
• 2.2 主要试验试剂及配制方法19-20
• 3 试验方法20-27
• 3.1 牦牛基因组DNA提取及检测20-22
• 3.2 引物设计与PCR扩增22
• 3.3 PCR扩增产物琼脂糖凝胶检测22-23
• 3.4 PCR-SSCP检测23-24
• 3.5 等位基因序列测定24
• 3.6 数据统计与分析24-27
• 第三章 结果与分析27-43
• 1 PCR扩增结果27-28
• 2 PCR-SSCP分析28-29
• 2.1 DRB1基因第1内含子、第2外显子及第2内含子SSCP检测28-29
• 2.2 DRB2基因第1内含子、第2内含子及第3外显子SSCP检测29
• 3 DRB1及DRB2基因等位基因序列比对29-43
• 3.1 DRB1基因等位基因序列比对29-32
• 3.2 DRB2基因第2内含子等位基因序列比对32-33
• 3.3 DRB1及DRB2基因多态性分析33-37
• 3.4 DRB1及DRB2基因单倍型连锁分析37-42
• 3.5 DRB1基因第2外显子核苷酸序列同源性与系统发育分析42-43
• 第四章 讨论43-47
• 1 牦牛及普通牛DRB1、DRB2基因多态性丰富43-44
• 2 DRB1基因第2外显子多态性在不同物种间差异较大44-45
• 3 甘南牦牛DRB1及DRB2基因检测区偏离Hardy-Weinberg平衡45
• 4 DRB1及DRB2基因之间存在单倍型连锁不平衡现象45-46
• 5 牦牛DRB1基因第2外显子序列同源性与系统发育分析46-47
• 第五章 结论47-48
• 参考文献48-54
• 致谢54-55
• 作者简介55-56
• 导师简介56-57

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前10条

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本文编号：280535