IMPDH基因克
发布时间：2020-08-26 21:14
【摘要】：旨在获得牦牛IMPDH基因序列并进行生物信息学分析,同时分析其在卵巢组织中的时序表达谱,为进一步研究卵巢生长发育及排卵机制奠定基础。通过RT-PCR技术克隆牦牛的IMPDH基因,并运用生物信息学方法分析不同物种序列进化关系,利用荧光定量qRT-PCR技术检测IMPDH基因在不同发育时期牦牛卵巢组织中的表达情况。结果显示,克隆得到牦牛1 623bp的IMPDH基因cDNA序列,内含1 545bp开放阅读框序列,编码514个氨基酸残基。与野牦牛的相应序列具有很高的同源性(99.4%),表明IMPDH基因在进化过程中相对保守。实时定量RT-PCR检测结果显示IMPDH基因的表达随年龄的增加而呈现上升趋势。荧光定量qRT-PCR检测结果显示IMPDH基因在卵巢卵泡期表达最强,显著高于红体形成期。结果表明IMPDH参与牦牛卵巢组织的生长发育,并在卵巢活动中有明显的表达规律,表明IMPDH基因在牦牛繁殖周期具有重要作用,为进一步研究牦牛IMPDH基因功能奠定基础。
【图文】：
１３２２０１．４９３．０猫ＦｅｌｉｓｃａｔｕｓＸＭ＿００３９８２２１０．３９３．１马ＥｑｕｕｓｃａｂａｌｌｕｓＸＭ＿００１４９４５５０．４９２．９猕猴ＭａｃａｃａｍｕｌａｔｔａＸＭ＿０１５１３０９５３．１９０．５人ＨｏｍｏｓａｐｉｅｎｓＮＭ＿０００８８４．２９０．５小鼠ＭｕｓｍｕｓｃｕｌｕｓＮＭ＿０１１８３０．３８８．０原鸡ＧａｌｌｕｓｇａｌｌｕｓＮＭ＿００１０３０６０１．１７９．６斑马鱼ＤａｎｉｏｒｅｒｉｏＮＭ＿２０１４６４．１７４．４图２牦牛ＩＭＰＤＨ进化树分析Ｆｉｇ．２ＹａｋＩＭＰＤＨｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙｔｒｅｅａｎａｌｙｓｉｓ图中蓝色线代表α－螺旋Ｂｌｕｅｌｉｎｅｓｒｅｐｒｅｓｅｎｔα－ｈｅｌｉｘ，绿色线代表β－折叠Ｇｒｅｅｎｌｉｎｅｓｒｅｐｒｅｓｅｎｔβ－ｓｈｅｅｔ，紫色线代表无规则卷曲Ｐｕｒｐｌｅｌｉｎｅｓｒｅｐｒｅｓｅｎｔｒａｎｄｏｍｃｏｉｌ，红色线代表延伸链Ｒｅｄｌｉｎｅｓｒｅｐｒｅｓｅｎｔｅｘｔｅｎｄｅｄｓｔｒａｎｄ图３牦牛ＩＭＰＤＨ氨基酸序列二级结构预测Ｆｉｇ．３ＰｒｅｄｉｃｔｅｄｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆａｍｉｎｏａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆｙａｋＩＭＰＤＨ·８１５６期熊显荣等：·ＩＭＰＤＨ基因克垄生物信息学分析及在牦牛卵巢不同时期中的差异表达
图４牦牛ＩＭＰＤＨ氨基酸序列三级结构预测Ｆｉｇ．４ＰｒｅｄｉｃｔｅｄｔｅｒｔｉａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆａｍｉｎｏａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆｙａｋＩＭＰＤＨ２．３ＩＭＰＤＨ基因的时序表达谱实时定量ＲＴ－ＰＣＲ结果显示，ＩＭＰＤＨ基因在牦牛卵巢组织的表达丰度随牦牛胎龄和年龄的增长呈上升趋势，成年后空怀的牦牛表达显著高于胎儿期（图５），但是３岁和６岁牦牛间差异不显著。２．４ＩＭＰＤＨ基因在牦牛卵巢活动中的表达为进一步研究ＩＭＰＤＨ基因在卵巢活动中１～３泳道依次为３月龄、６月龄和９月龄胎牛，４～６泳道依次为２岁、３岁和６岁成年牛卵巢组织Ｌｉｎｅ１－３ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓｏｖａｒｉｅｓｏｆ３－ｍｏｎｔｈ，６－ｍｏｎｔｈａｎｄ９－ｍｏｎｔｈｙａｋｆｅｔａｌ，ｌｉｎｅ４－６ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓｔｈｅｏｖａｒｉｅｓｏｆ２－ｙｅａｒ，３－ｙｅａｒａｎｄ６－ｙｅａｒｏｆａｄｕｌｔｙａｋ，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ图５ＲＴ－ＰＣＲ检测不同发育阶段牦牛卵巢ＩＭＰＤＨｍＲＮＡ表达量Ｆｉｇ．５ＲＴ－ＰＣＲａｎａｌｙｓｉｓｏｆｙａｋＩＭＰＤＨｍＲＮＡｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｉｎｙａｋｆｅｔａｌａｎｄａｄｕｌｔｓｏｖａｒｉｅｓｏｆｄｉｆｆｅｒｅｎｔｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌｓｔａｇｅｓ的表达情况，以ＧＡＰＤＨ为参照进行实时荧光定量分析。荧光定量的扩增曲线和熔解曲线见图６。结果表明，ＩＭＰＤＨ在牦牛卵泡期卵巢中表达量显著高于排卵后的红体形成期及黄体形成期（Ｐ＜０．０５），其中在牦牛红体形成期的卵巢组织中表达量最低，与卵泡期卵巢组织中Ｉ
岁牦牛间差异不显著。２．４ＩＭＰＤＨ基因在牦牛卵巢活动中的表达为进一步研究ＩＭＰＤＨ基因在卵巢活动中１～３泳道依次为３月龄、６月龄和９月龄胎牛，４～６泳道依次为２岁、３岁和６岁成年牛卵巢组织Ｌｉｎｅ１－３ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓｏｖａｒｉｅｓｏｆ３－ｍｏｎｔｈ，６－ｍｏｎｔｈａｎｄ９－ｍｏｎｔｈｙａｋｆｅｔａｌ，ｌｉｎｅ４－６ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓｔｈｅｏｖａｒｉｅｓｏｆ２－ｙｅａｒ，３－ｙｅａｒａｎｄ６－ｙｅａｒｏｆａｄｕｌｔｙａｋ，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ图５ＲＴ－ＰＣＲ检测不同发育阶段牦牛卵巢ＩＭＰＤＨｍＲＮＡ表达量Ｆｉｇ．５ＲＴ－ＰＣＲａｎａｌｙｓｉｓｏｆｙａｋＩＭＰＤＨｍＲＮＡｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｉｎｙａｋｆｅｔａｌａｎｄａｄｕｌｔｓｏｖａｒｉｅｓｏｆｄｉｆｆｅｒｅｎｔｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌｓｔａｇｅｓ的表达情况，以ＧＡＰＤＨ为参照进行实时荧光定量分析。荧光定量的扩增曲线和熔解曲线见图６。结果表明，ＩＭＰＤＨ在牦牛卵泡期卵巢中表达量显著高于排卵后的红体形成期及黄体形成期（Ｐ＜０．０５），其中在牦牛红体形成期的卵巢组织中表达量最低，与卵泡期卵巢组织中ＩＭＰＤＨ的表达差异极显著（Ｐ＜０．０１）。Ａ．扩增曲线，Ｂ．熔解曲线，Ｃ．表达水平柱状图，不同字母（ａ－ｃ）表示差异显著（Ｐ＜０．０５）Ａ，ＢａｎｄＣｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎｃｕｒｖｅ，ｍｅｌｔｉｎｇｃｕｒｖｅａｎｄｈｉｓｔｏｇｒａｍｏｆｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ；ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｌｅｔｔｅｒｓｓｈｏｗｓ
本文编号：2805704
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１３２２０１．４９３．０猫ＦｅｌｉｓｃａｔｕｓＸＭ＿００３９８２２１０．３９３．１马ＥｑｕｕｓｃａｂａｌｌｕｓＸＭ＿００１４９４５５０．４９２．９猕猴ＭａｃａｃａｍｕｌａｔｔａＸＭ＿０１５１３０９５３．１９０．５人ＨｏｍｏｓａｐｉｅｎｓＮＭ＿０００８８４．２９０．５小鼠ＭｕｓｍｕｓｃｕｌｕｓＮＭ＿０１１８３０．３８８．０原鸡ＧａｌｌｕｓｇａｌｌｕｓＮＭ＿００１０３０６０１．１７９．６斑马鱼ＤａｎｉｏｒｅｒｉｏＮＭ＿２０１４６４．１７４．４图２牦牛ＩＭＰＤＨ进化树分析Ｆｉｇ．２ＹａｋＩＭＰＤＨｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙｔｒｅｅａｎａｌｙｓｉｓ图中蓝色线代表α－螺旋Ｂｌｕｅｌｉｎｅｓｒｅｐｒｅｓｅｎｔα－ｈｅｌｉｘ，绿色线代表β－折叠Ｇｒｅｅｎｌｉｎｅｓｒｅｐｒｅｓｅｎｔβ－ｓｈｅｅｔ，紫色线代表无规则卷曲Ｐｕｒｐｌｅｌｉｎｅｓｒｅｐｒｅｓｅｎｔｒａｎｄｏｍｃｏｉｌ，红色线代表延伸链Ｒｅｄｌｉｎｅｓｒｅｐｒｅｓｅｎｔｅｘｔｅｎｄｅｄｓｔｒａｎｄ图３牦牛ＩＭＰＤＨ氨基酸序列二级结构预测Ｆｉｇ．３ＰｒｅｄｉｃｔｅｄｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆａｍｉｎｏａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆｙａｋＩＭＰＤＨ·８１５６期熊显荣等：·ＩＭＰＤＨ基因克垄生物信息学分析及在牦牛卵巢不同时期中的差异表达
图４牦牛ＩＭＰＤＨ氨基酸序列三级结构预测Ｆｉｇ．４ＰｒｅｄｉｃｔｅｄｔｅｒｔｉａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆａｍｉｎｏａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆｙａｋＩＭＰＤＨ２．３ＩＭＰＤＨ基因的时序表达谱实时定量ＲＴ－ＰＣＲ结果显示，ＩＭＰＤＨ基因在牦牛卵巢组织的表达丰度随牦牛胎龄和年龄的增长呈上升趋势，成年后空怀的牦牛表达显著高于胎儿期（图５），但是３岁和６岁牦牛间差异不显著。２．４ＩＭＰＤＨ基因在牦牛卵巢活动中的表达为进一步研究ＩＭＰＤＨ基因在卵巢活动中１～３泳道依次为３月龄、６月龄和９月龄胎牛，４～６泳道依次为２岁、３岁和６岁成年牛卵巢组织Ｌｉｎｅ１－３ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓｏｖａｒｉｅｓｏｆ３－ｍｏｎｔｈ，６－ｍｏｎｔｈａｎｄ９－ｍｏｎｔｈｙａｋｆｅｔａｌ，ｌｉｎｅ４－６ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓｔｈｅｏｖａｒｉｅｓｏｆ２－ｙｅａｒ，３－ｙｅａｒａｎｄ６－ｙｅａｒｏｆａｄｕｌｔｙａｋ，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ图５ＲＴ－ＰＣＲ检测不同发育阶段牦牛卵巢ＩＭＰＤＨｍＲＮＡ表达量Ｆｉｇ．５ＲＴ－ＰＣＲａｎａｌｙｓｉｓｏｆｙａｋＩＭＰＤＨｍＲＮＡｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｉｎｙａｋｆｅｔａｌａｎｄａｄｕｌｔｓｏｖａｒｉｅｓｏｆｄｉｆｆｅｒｅｎｔｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌｓｔａｇｅｓ的表达情况，以ＧＡＰＤＨ为参照进行实时荧光定量分析。荧光定量的扩增曲线和熔解曲线见图６。结果表明，ＩＭＰＤＨ在牦牛卵泡期卵巢中表达量显著高于排卵后的红体形成期及黄体形成期（Ｐ＜０．０５），其中在牦牛红体形成期的卵巢组织中表达量最低，与卵泡期卵巢组织中Ｉ
岁牦牛间差异不显著。２．４ＩＭＰＤＨ基因在牦牛卵巢活动中的表达为进一步研究ＩＭＰＤＨ基因在卵巢活动中１～３泳道依次为３月龄、６月龄和９月龄胎牛，４～６泳道依次为２岁、３岁和６岁成年牛卵巢组织Ｌｉｎｅ１－３ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓｏｖａｒｉｅｓｏｆ３－ｍｏｎｔｈ，６－ｍｏｎｔｈａｎｄ９－ｍｏｎｔｈｙａｋｆｅｔａｌ，ｌｉｎｅ４－６ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓｔｈｅｏｖａｒｉｅｓｏｆ２－ｙｅａｒ，３－ｙｅａｒａｎｄ６－ｙｅａｒｏｆａｄｕｌｔｙａｋ，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ图５ＲＴ－ＰＣＲ检测不同发育阶段牦牛卵巢ＩＭＰＤＨｍＲＮＡ表达量Ｆｉｇ．５ＲＴ－ＰＣＲａｎａｌｙｓｉｓｏｆｙａｋＩＭＰＤＨｍＲＮＡｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｉｎｙａｋｆｅｔａｌａｎｄａｄｕｌｔｓｏｖａｒｉｅｓｏｆｄｉｆｆｅｒｅｎｔｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌｓｔａｇｅｓ的表达情况，以ＧＡＰＤＨ为参照进行实时荧光定量分析。荧光定量的扩增曲线和熔解曲线见图６。结果表明，ＩＭＰＤＨ在牦牛卵泡期卵巢中表达量显著高于排卵后的红体形成期及黄体形成期（Ｐ＜０．０５），其中在牦牛红体形成期的卵巢组织中表达量最低，与卵泡期卵巢组织中ＩＭＰＤＨ的表达差异极显著（Ｐ＜０．０１）。Ａ．扩增曲线，Ｂ．熔解曲线，Ｃ．表达水平柱状图，不同字母（ａ－ｃ）表示差异显著（Ｐ＜０．０５）Ａ，ＢａｎｄＣｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎｃｕｒｖｅ，ｍｅｌｔｉｎｇｃｕｒｖｅａｎｄｈｉｓｔｏｇｒａｍｏｆｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ；ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｌｅｔｔｅｒｓｓｈｏｗｓ
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