中国地方黄牛线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析

发布时间：2020-09-07 10:31

　　线粒体DNA(mtDNA)具有突变率高、非重组、母系遗传等特点,已广泛应用于动物遗传多样性和起源进化研究。中国黄牛品种十分丰富,具有明显不同于国外牛品种的地理谱系结构和种质特征。与中国黄牛丰富的遗传资源相比,以前的研究不足以表征所有中国黄牛的遗传多样性和母系起源情况。因此,本研究采集了14个中国地方黄牛品种/群体(蒙古牛、岭南牛、大别山牛、夷陵牛、黄陂牛、三江牛、湘西牛、广丰牛、吉安牛、锦江牛、威宁牛、滇中牛、文山牛和西藏牛)共计459个样本,采用PCR扩增、测序和生物信息学的方法,对其进行遗传多样性与起源进化分析;同时,从GenBank数据库下载646条中国黄牛mtDNA D-loop序列,综合分析中国黄牛57个品种/群体共计1105头牛的mtDNA D-loop区的遗传多样性与母系起源,以期为中国黄牛的遗传资源保护与利用提供科学依据。本研究得到以下主要结果:(1)中国黄牛mtDNA遗传多样性非常丰富,为普通牛和瘤牛起源,西藏牛主要为普通牛起源,伴有牦牛基因渗入。(2)牛的T1a支系主要集中分布在亚洲的东北地区(中国东北、韩国和日本);I2支系只分布在中国西南地区(云贵高原和西藏)和新疆地区。(3)在蒙古牛中发现了5种普通牛的单倍型组(T1a、T2、T3、T4和T5)和2种瘤牛的单倍型组(I1和I2)。本研究综合分析了中国黄牛mtDNA的遗传多样性,对全面了解中国黄牛品种/群体的遗传多样性、遗传结构和母系起源提供了理论依据。
【学位单位】：西北农林科技大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2019
【中图分类】：S823.81
【部分图文】：

人类,基因,轻链,刺胞动物

是为什么mtDNA保留基因的一个假设（Bj rkholm共定位的另一个可能的原因是线粒体机制的局部控制的可各种 mtDNA 基因组的分析表明，这两种特征都可能决定了ton & Williams 2016）。物 mtDNA 的基本结构细胞生物中，mtDNA 是环状、共价闭合、双链 DNA。但虫 Tetrahymena 或绿藻 Chlamydomonas reinhardtii）和极少例如某些刺胞动物）中发现 mtDNA 是线性的 DNA（Nosek每个双链环状 mtDNA 分子由 15000-17000 个碱基对组成（tDNA 两条链的核苷酸含量是不同的，富含鸟嘌呤的链称为啶的链称为轻链（或 L 链）。重链编码 28 个基因，而轻链则et al. 1981）。在这 37 个基因中，13 个编码蛋白质（多肽码核糖体 RNA（rRNA）的小亚基和大亚基。

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1.2.3 mtDNA 控制区mtDNA 控制区，也称为 mtDNAD-loop 区，是线粒体基因组的非编码 DNA 区域。该区域控制 RNA 和 DNA 合成。在人类 mtDNA 基因组中，它的多态性最高，且多态性多集中在高变区。这些区域的平均核苷酸多样性为 1.7％（Aquadro Greenberg 1983）。尽管多态性很高，但来自该区域的 RNA 转录产物在选择压力下仍具有保守的二级结构（Pereira et al. 2008）。mtDNA 控制区包括一条链的复制起始位点和两条链的转录起始位点（Anderson et al. 1981），和一个被认为可以编码人类的 7s 核糖体 RNA 开放的阅读框架（Ojala et al. 1981）。

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过程中已将空白去除。利用 DnaSP 5.0 软件（Librado & 度和核苷酸多样度。利用 ARLEQUIN 3.01 软件（Excoffie方差分析）分析群体结构。利用 MEGA5.0 软件（Tamur育树（Neighbor-joining tree）。使用 Network 5.0 构建 Mlt et al. 1999）。析DNA 检测糖凝胶检测提取的 DNA 质量。检测结果如图 2-1 所示，可以用来进行后续 PCR 扩增。

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