趋化因子受体2基因遗传分析及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状关联分析研究

发布时间：2020-10-22 05:54

　　 趋化因子受体2(CXCR2)作为一种重要的信号分子受体,能够与其配体结合,介导免疫和炎症反应的发生。本研究以中国荷斯坦奶牛246个个体为材料,采用PCR-RFLP、DNA测序技术及DNA序列分析技术,结合SPSS分析,研究炎症应答相关的基因CXCR2的启动子区域、内含子区域、外显子区域、及3端非编码区的遗传变异,以探讨实验牛群体中CXCR2基因的遗传结构和遗传信息多样性。结合奶牛个体的产奶性状指标,包括产奶量、乳脂率、乳蛋白率、体细胞评分等,对CXCR2基因的遗传突变位点与产奶性状进行关联分析,筛选影响中国荷斯坦奶牛产奶性状和抗病性状的分子标记,为中国荷斯坦奶牛的经济性状选育的分子标记辅助选择和优质高产新品系培育提供理论依据。试验得到以下主要结果:1.采用PCR-RFLP及测序的方法,研究中国荷斯坦奶牛CXCR2基因的遗传变异情况。实验牛群体中,筛选出CXCR2基因序列上存在3个遗传变异位点,分别是g.106178917 AG、g.106186215GA和g.106191980 AG。而进一步的DNA序列分析表明,g.106178917 AG、g.106186215GA和g.106191980 AG突变位点均位于CXCR2基因的内含子区域。2.多态位点遗传分析表明,在实验牛群体中,g.106178917 AG位点A等位基因占主导为59.15%,AG基因型频率为79.27%最高。g.106186215GA位点G等位基因占主导为96.55%,其中,GG基因型频率为93.91%最高。而g.106191980 AG位点A等位基因占主导为54.37%,AG基因型频率为89.58%最高。χ2适合性检验表明,筛选出CXCR2基因序列的3个遗传变异位点在实验牛群体中处于哈代温伯格非平衡状态。PIC多态信息含量(PIC)分析结果说明,g.106178917 AG和g.106191980 AG处于中度多态,而g.106186215GA处于低度多态。3.关联分析结果表明,CXCR2基因序列上3个遗传变异位点均与产奶量显著相关。其中,g.106178917 AG位点AG基因型,g.106186215GA位点AA基因型和g.106191980 AG位点AG基因型与高产奶量显著相关。在中国荷斯坦奶牛CXCR2基因的内含子中鉴定出3个遗传变异位点,且都与奶牛的SCS,产奶量,脂肪和蛋白质百分比显示出高度显着的相关性,表明这三个SNP位点可作为中国荷斯坦奶牛牛产奶性状和抗病性状的分子标记基因。
【学位单位】：西北农林科技大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2019
【中图分类】：S823.2
【文章目录】：
摘要
Abstract
CHAPTER-Ⅰ INTRODUCTION AND REVIEW OF LITERATURE
    1.1 Introduction
    1.2 Mastitis and the mammary gland
        1.2.1 Mastitis-Causing Pathogens
    1.3 Genetic improvement of mastitis
        1.3.1 Current selection methods in dairy production
        1.3.2 Marker-based selection methods
CHAPTER-Ⅱ MATERIALS AND METHODS
    2.1 Experiment material
        2.1.1 Collection of test materials
        2.1.2 Test total technical route
        2.1.3 Preparation of common solutions and reagents
        2.1.4 Main instruments and equipment
    2.2
CHAPTER-Ⅲ RESULTS
    3.1 CXCR2 gene SNP locus detection
    3.2 CXCR2 gene SNP locus typing
    3.3 CXCR2 gene SNP locus population genetic analysis
    3.4 Analysis of association between SNP locus and SCS and milk production traits of the CXCR2 gene
    3.5 CXCR2 gene SNP locus linkage disequilibrium analysis
    3.6 CXCR2 gene SNP locus haplotype analysis
    3.7 Association of SNP locus haplotypes with SCS and milk production traits
CHAPTER-Ⅳ DISCUSSION
    4.1 Mastitis and somatic cell score（SCS）
    4.2 PCR-PIRA（PCR-primer introduced restriction analysis）improves the efficiency of SNP locus typing
    4.3.Association between CXCR2 gene polymorphism and traits
CHAPTER-Ⅴ CONCLUSION
REFERENCES
ACKNOWLEDGEMENTS
CURRICULUM VITAE

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本文编号：2851195