猪肉生产链条及其周边城镇、农村社区金黄色葡萄球菌的流行特征及传播方式研究

发布时间：2020-10-30 11:14

　　 近年来,家畜相关耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(livestock-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus,LA-MRSA)在世界各地猪群中广泛流行,并出现向社区人群传播并造成感染的现象,严重威胁公共卫生安全。我国养猪存栏量超过世界总量一半,可能代表着世界上最大的LA-MRSA储库。然而,相对于欧洲等国家,国内猪群LA-MRSA相关研究比较缺乏,LA-MRSA沿猪肉生产链条的流行特征和传播情况未知,更无法评估养猪产业对周边环境和社区居民的潜在影响。为明确我国猪肉生产链条及其周边城镇、农村社区耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)和甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(methicillin-susceptible Stphylococcus aureus,MSSA)流行特征及传播方式,从山东省某猪肉生产链条中养猪场、屠宰场、猪肉销售市场以及周边城镇、农村社区共采集猪及相关拭子样品899份、人鼻腔拭子845份、养殖场及屠宰场环境样品239份。选择性培养基结合飞行时间质谱等方法从1983份样品中共分离鉴定出MRSA223株、MSSA199株。沿猪肉生产链条,MRSA可从养殖场中猪群(49.0%,146/298)、养殖工作人员(64.3%,9/14)及环境样本(15.5%,33/213),屠宰场中肥猪(8.2%,7/85)、环境样本(3.8%,1/26)、猪胴体(1.0%,1/98)以及猪肉销售市场中猪肉样品(14.3%,2/14)中检出,屠宰加工人员及猪肉销售人员未检出携带有MRSA。周边城镇社区居民(6.8%,4/59)、农村社区人群(1.7%,13/753)以及猪群(1.7%,7/404)也检出携带有MRSA。spa分型结果显示不同环节MRSA分离株主要流行克隆为t899(92.8%,207/223),而MSSA分离株主要由t034(35.2%,70/199)、t899(12.6%,25/199)等构成。所有MRSA分离株对头孢西丁、红霉素、克林霉素、庆大霉素表现出较高的耐药率(50%),此外,猪相关MRSA分离株还表现出对氟苯尼考、泰妙菌素、四环素等抗菌药物较高的耐药率。农村社区人群及猪群MRSA分离株除对替加环素表现出较高的耐药率(人,46.2%,6/13;猪,85.7%,6/7)之外,对利奈唑胺的最低抑菌浓度值多数(人,84.6%,11/13;猪,85.7%,6/7)处于临界敏感状态。进一步针对农村地区猪群以及鸡、狗、猫等其他动物耐恶唑烷酮类葡萄球菌流行情况的调查显示,optrA、cfr阳性葡萄球菌存在于绝大多数所检测村庄(11/12),在农村地区动物源葡萄球菌中的检出率较高(cfr,8.7%;optrA,9.7%),对optrA、cfr阳性葡萄球菌耐药表型、耐药基因型及optrA、cfr基因环境的分析显示,酰胺醇类以及大环内酯类药物的使用对optrA、cfr基因的共同筛选可能是造成农村社区动物源耐恶唑烷酮类葡萄球菌流行的原因。为进一步明确我国猪肉生产链条及其周边城镇、农村社区MRSA、MSSA流行特征、传播方式及基因组遗传特征,对92株MRSA、36株MSSA代表株进行了全基因组测序及生物信息学分析。结果显示猪肉生产链各环节及其周边城镇、农村社区MRSA主要流行克隆各异,养殖场为ST3597-t899、屠宰场为ST9-t899、周边城镇居民为ST59-t437、农村社区人群为ST9-t899/ST59-t437、农村社区猪群为ST9-t899。其中MRSA ST3597为新型MRSA ST9变体。此外,所调查屠宰场中还检测出LA-MRSA ST398。核心基因组SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)进化树分析显示,LA-MRSA CC9不仅可以沿产业链传播并污染最终肉产品,还可污染养殖工作人员及养殖场环境,但对屠宰加工人员及屠宰场环境污染较轻,猪肉生产链条中LA-MRSA CC9未检测出向周边城镇社区传播的现象。
【学位单位】：中国农业大学
【学位级别】：博士
【学位年份】：2018
【中图分类】：S852.611
【部分图文】：

猪肉生产链及其周边城镇、农村社区所有ＭＲＳＡ、ＭＳＳＡ分离株ｓｐａ分型结果见表２－７。结合分??离株来源信息建立的基于分型的最小生成树分别展示了所有分离株、人源、猪源分离株的种群??结构和菌株间亲缘关系，见图２－３。??猪肉生产链及其周边城镇、农村社区各环节中２２３株ＭＲＳＡ分离株、丨９９株ＭＳＳＡ分离株一共??由５１个５／＾型别构成，其中［＾１５８八菌株（４７１＾（３型）相对１＾１尺５八菌株（４￥〇｜型）更为多样，见图??３－ｌａ。所有不同来源ＭＲＳＡ分离株主要流行克隆为ｔ８９９（９２．８％，２０７／２２３），另有少部分菌株属于ｔ４３７、??ｔ０３４?以及?ｔ３５２７，见图?３－ｌａ。人源?ＭＲＳＡ?菌株流行克隆为?ｔ８９９?（５３．８％，?１４／２６）、ｔ４３７?（３８．５％，１０／２６）??以及各１株ｔ３５２７和ｔ０３４，见图３－ｌｂ。然而，猪源ＭＲＳＡ菌株主要流行克隆为ｔ８９９（９８．１％，１５９／１６２），??此外，还有３株ｔ４３７，见图３－ｌｃ。所有不同源ＭＳＳＡ分离株？ｓｐａ型别主要由ｔ０３４?（３５．２％，?７０／１９９）、??ｔ８９９?（１２．６％，?２５／１９９）、ｔ４５８?（６．０％，?１２／１９９）以及?ｔ００２?（５．０％，?１０／１９９）构成，前?４?个逆〇（型别菌株共??占所有ＭＳＳＡ菌株的５８．８％?（１丨７／１９９）。８７株人源ＭＳＳＡ分离株被划分为４丨个不同ｓｐａ型别（图３－丨ｂ），??相比之下猪源菌株共有９９株

猪肉生产链及周边城镇、农村社区各环节ＭＲＳＡ、ＭＳＳＡ代表菌株核心基因组进化树可将９２株??ＭＲＳＡ和３６株ＭＳＳＡ菌株划分为４个分支，与此前鉴定的ＣＣ９?（ＳＴ３５９７和ＳＴ９）、ＳＴ１８８、ＳＴ５９??以及ＳＴ３９８相对应，见图３－ｌａ。猪肉生产链条周边社区居民所有ＭＲＳＡ和ＭＳＳＡ分离株与猪肉生??产链条中各环节ＭＲＳＡ、ＭＳＳＡ属于不同分支，亲缘关系较远，见图３－２。沿猪肉生产链条各环节，??存在某些ＭＲＳＡ菌株彼此间具有较近的亲缘性。例如，养殖场Ａ猪群ＭＲＳＡ分离株２ＡＹ２７??（ＳＴ３５９７－ｔ８９９）与屠宰场猪群ＭＲＳＡ分离株ＤＹ６７－１?（ＳＴ３５９７－ｔ８９９）亲缘关系高度相近，见图３－２。??此外，分离自养殖场周边环境、养殖工作人员的一些ＭＲＳＡ代表株与猪群ＬＡ－ＭＲＳＡ代表株表现出??较近的亲缘关系。例如，养殖场Ａ工作人员ＭＲＳＡ分离株ＡＢ４?（ＳＴ３５９７－ｔ８９９）与同养殖场中猪源??ＭＲＳＡ分离株ＢＹ２（?ＳＴ３５９７－ｔ８９９）亲缘关系高度相近。在养殖场Ｂ中，工作人员ＭＲＳＡ分离株２ＡＢ６－１??（ＳＴ３５９７－ｔ８９９）同样与猪源ＭＲＳＡ分离株ＢＹ７８?（ＳＴ３５９７－ｔ８９９）亲缘关系高度相近，见图３１此??夕卜

株和猪源ＳＴ３９８菌株。??与人相关菌株相比，猪相关菌株通常表现出对更多种药物的耐药表型（平均值：ＭＲＳＡ，?７．６比??４．４；ＭＳＳＡ，?４．９比３），见图３－３ｃ。但此两组菌株间具体耐药谱略有寒异。猪源ＭＲＳＡ菌株分别表现??出显著的氟苯尼考、庆大霉素、四环素、泰妙菌素和环丙沙星耐药（／＞＜〇．〇丨，Ｈｓｈｅｒ’ｓｅｘａｃｔｔｅｓｔ），??见图３－４ｃ。然而，针对红霉素和克林霉素，人、猪相关ＭＲＳＡ菌株均夼较岛耐药率，见阁３－４＾??ＭＳＳＡ菌株中，除泰妙菌素耐药之外，未检测到其他任何耐药表型１ｊ人源蘭株和玷源阐株ＺＭ的关??联性
【参考文献】

相关期刊论文 前2条

1 WANG Wei;LIU Feng;ZULQARNAIN Baloch;ZHANG Cun Shan;MA Ke;PENG Zi Xin;YAN Shao Fei;HU Yu Jie;GAN Xin;DONG Yin Ping;BAI Yao;LI Feng Qin;YAN Xiao Mei;MA Ai Guo;XU Jin;;Genotypic Characterization of Methicillin-resistant Staphylococcus aureus Isolated from Pigs and Retail Foods in China[J];Biomedical and Environmental Sciences;2017年08期

2 Volker Micheel;Benedikt Hogan;Thomas K?ller;Philipp Warnke;Sabine Crusius;Rebecca Hinz;Ralf Matthias Hagen;Norbert Georg Schwarz;Hagen Frickmann;;Screening agars for MRSA: evaluation of a stepwise diagnostic approach with two different selective agars for the screening for methicillin-resistant Staphylococcus aureus(MRSA)[J];Military Medical Research;2015年04期

本文编号：2862394