我国北方羊种布鲁氏菌流行株的遗传多态性分析
发布时间：2020-12-26 11:47
布鲁氏菌病是一种危害严重的人兽共患病,存在于170多个国家和地区,仅个别发达国家宣布净化了布鲁氏菌病。本研究以51株2010-2016年间我国北方部分省份分离的羊种布鲁氏菌为研究对象,进行了:1.传统生化方法分型。结果显示,主要是羊种3型,占整个羊种分离株的92%,其次是羊种1型和2型。2.MLVA-15分型方法的建立。利用在线分析软件（http://tandem.bu.edu/trf/trf.html）对参考菌株16M基因组的VNTR位点进行检索,从基因组中95个VNTR位点选取串联重复序列匹配度100%的47个VNTR位点,其中25个位于1号染色体,22个位于2号染色体。经HGDI指数分析,选取15个VNTR位点建立MLVA-15,其中8个VNTR位点与传统的MLVA-16相同,增加7个高度多态性VNTR位点。应用软件BioNumerics7.6聚类分类表明,MLVA-15对国内菌株的区分明显高于传统的MLVA-16。MLVA-15方法减少了MLVA-16中不具有多态性的位点,提高了对布鲁氏菌流行菌株的鉴别能力,可以满足布病流行病学调查中对传染源和传播途径精确追溯的需求。3.多位点...
【文章来源】：甘肃农业大学甘肃省
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
布鲁氏菌Bruce-ladderPCR鉴定结果
图 4-1 新疆羊种布鲁氏菌流行株三个主要 MLVA-8 基因型的地理分布.4-1 Geographical distribution of three major MLVA-8 genotypes identified as B. melitensis fromXinjiangMLVA-16 分析LVA-16 分析包括了 Panel 1 和 Panel 2 的 16 个 VNTR 位点，由于增加了多态性 Panel 2 位点，进一步提高了对布鲁氏菌菌株的鉴别区分能力。92 株新疆羊种分离株中共鉴定出 44 个 MLVA-16 基因型（图 4-2），其中 25 个基因型只包株，其余 19 个基因型包含了 67 个菌株。新疆地区最常见的基因型是 Gm11，因型的 10 个菌株分离自昌吉、巴州、阿勒泰等 6 个地州，基因型 Gm1、8、13、38 菌株在新疆也比较广泛。MLVA-16 对菌株的分辨率最高，可区分单个菌株布病流行病学调查中病原的溯源分析。44 个 MLVA-16 基因型中有 30 个是新特有的，13 个基因型是与内蒙、陕西、青海、山西等邻近省份以及与其接壤的
47图 5-1 基于 21 个基因位点的羊种布鲁氏菌不同序列型的进化树分析g.5-1 Phylogenetic tree of sequence types identified in B. melitensis based on 21 gene SA 方法不仅可以用于区分不同的菌株，同时在细菌的分子进化研究上布鲁氏菌 MLSA 国际数据库（https://pubmlst.org/）中包括分离株 A9 序列型 76 个，BruMLSA21 序列型 141 个，其中羊种布鲁氏菌 Bru41 个。通过 BruMLSA9 分析，51 株羊种布鲁氏菌流行株均为 ST8，Br 4 个序列型，ST8 占 72.5%，该序列型菌株主要分布在土耳其、印度，表明我国羊种布鲁氏菌流行菌株与上述地区的菌株具有较紧密的遗的三个序列型中， ST137 和 ST138 与 ST8 进化关系最近，不排除
【参考文献】：
期刊论文
[1]布鲁菌分子分型方法应用研究进展[J]. 刘志国,崔步云,刘日宏,王妙,解新霞,李晓琳,夏咸柱. 中国人兽共患病学报. 2015(02)
[2]多位点可变数目串联重复序列分型方法检测布鲁氏菌分型标准化操作方法的建立和应用[J]. 杨杰,赵素莲,崔步云,姜海,赵鸿雁,朴冬日. 疾病监测. 2012(02)
[3]新疆动物布鲁氏菌病现状分析[J]. 闫晶华,李金平,米吉提,地里夏提,闫昊. 新疆畜牧业. 2011(10)
[4]我国羊种3型布鲁氏菌的多位点序列分型研究[J]. 周晓艳,陈燕芬,崔步云,陈泽良,姜海,赵鸿雁,朴东日,李兰玉,王金桃. 中国人兽共患病学报. 2011(05)
[5]用AMOS-PCR对布鲁氏菌种型鉴定的研究[J]. 钟旗,范伟兴,何倩倪,黄瑛,谷文喜,吐尔洪. 中国人兽共患病学报. 2007(07)
[6]布鲁氏菌分种分型研究进展[J]. 赵振祥,崔步云,郝素珍. 中国媒介生物学及控制杂志. 2007(02)
[7]IS711和omp2作为布氏杆菌种属及种株间分子鉴别诊断标记的研究[J]. 陈伟业,胡森,黄克和,步志高. 中国预防兽医学报. 2006(06)
[8]布鲁氏菌的Rep-PCR分型研究[J]. 崔步云,尹继明,李兰玉,朴冬日,赵鸿雁,尚德秋. 疾病监测. 2005(08)
[9]细菌染色体DNA G+C mol%含量测定方法研究进展[J]. 李琳,李槿年,余为一. 动物医学进展. 2003(01)
[10]布鲁氏菌非典型菌株及R型菌株生物学特性和产生原因的探讨[J]. 李元凯,邱海燕,马烨,尚德秋. 中国人兽共患病杂志. 1996(05)
博士论文
[1]布鲁氏菌中国分离株遗传多态性研究[D]. 陈燕芬.吉林大学 2012
硕士论文
[1]布鲁氏菌荧光定量PCR检测方法的建立及应用[D]. 崔玉花.重庆理工大学 2016
[2]中国布鲁氏菌分离株REP-PCR基因分型研究与应用[D]. 张正芳.西南大学 2013
[3]家畜布鲁氏菌病流行病学调查及布鲁氏菌单核苷酸多态性分子分型研究[D]. 莫莎.南京农业大学 2011
[4]布鲁氏菌脉冲场凝胶电泳分型研究[D]. 崔步云.山西医科大学 2006
本文编号：2939639
【文章来源】：甘肃农业大学甘肃省
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
布鲁氏菌Bruce-ladderPCR鉴定结果
图 4-1 新疆羊种布鲁氏菌流行株三个主要 MLVA-8 基因型的地理分布.4-1 Geographical distribution of three major MLVA-8 genotypes identified as B. melitensis fromXinjiangMLVA-16 分析LVA-16 分析包括了 Panel 1 和 Panel 2 的 16 个 VNTR 位点，由于增加了多态性 Panel 2 位点，进一步提高了对布鲁氏菌菌株的鉴别区分能力。92 株新疆羊种分离株中共鉴定出 44 个 MLVA-16 基因型（图 4-2），其中 25 个基因型只包株，其余 19 个基因型包含了 67 个菌株。新疆地区最常见的基因型是 Gm11，因型的 10 个菌株分离自昌吉、巴州、阿勒泰等 6 个地州，基因型 Gm1、8、13、38 菌株在新疆也比较广泛。MLVA-16 对菌株的分辨率最高，可区分单个菌株布病流行病学调查中病原的溯源分析。44 个 MLVA-16 基因型中有 30 个是新特有的，13 个基因型是与内蒙、陕西、青海、山西等邻近省份以及与其接壤的
47图 5-1 基于 21 个基因位点的羊种布鲁氏菌不同序列型的进化树分析g.5-1 Phylogenetic tree of sequence types identified in B. melitensis based on 21 gene SA 方法不仅可以用于区分不同的菌株，同时在细菌的分子进化研究上布鲁氏菌 MLSA 国际数据库（https://pubmlst.org/）中包括分离株 A9 序列型 76 个，BruMLSA21 序列型 141 个，其中羊种布鲁氏菌 Bru41 个。通过 BruMLSA9 分析，51 株羊种布鲁氏菌流行株均为 ST8，Br 4 个序列型，ST8 占 72.5%，该序列型菌株主要分布在土耳其、印度，表明我国羊种布鲁氏菌流行菌株与上述地区的菌株具有较紧密的遗的三个序列型中， ST137 和 ST138 与 ST8 进化关系最近，不排除
【参考文献】：
期刊论文
[1]布鲁菌分子分型方法应用研究进展[J]. 刘志国,崔步云,刘日宏,王妙,解新霞,李晓琳,夏咸柱. 中国人兽共患病学报. 2015(02)
[2]多位点可变数目串联重复序列分型方法检测布鲁氏菌分型标准化操作方法的建立和应用[J]. 杨杰,赵素莲,崔步云,姜海,赵鸿雁,朴冬日. 疾病监测. 2012(02)
[3]新疆动物布鲁氏菌病现状分析[J]. 闫晶华,李金平,米吉提,地里夏提,闫昊. 新疆畜牧业. 2011(10)
[4]我国羊种3型布鲁氏菌的多位点序列分型研究[J]. 周晓艳,陈燕芬,崔步云,陈泽良,姜海,赵鸿雁,朴东日,李兰玉,王金桃. 中国人兽共患病学报. 2011(05)
[5]用AMOS-PCR对布鲁氏菌种型鉴定的研究[J]. 钟旗,范伟兴,何倩倪,黄瑛,谷文喜,吐尔洪. 中国人兽共患病学报. 2007(07)
[6]布鲁氏菌分种分型研究进展[J]. 赵振祥,崔步云,郝素珍. 中国媒介生物学及控制杂志. 2007(02)
[7]IS711和omp2作为布氏杆菌种属及种株间分子鉴别诊断标记的研究[J]. 陈伟业,胡森,黄克和,步志高. 中国预防兽医学报. 2006(06)
[8]布鲁氏菌的Rep-PCR分型研究[J]. 崔步云,尹继明,李兰玉,朴冬日,赵鸿雁,尚德秋. 疾病监测. 2005(08)
[9]细菌染色体DNA G+C mol%含量测定方法研究进展[J]. 李琳,李槿年,余为一. 动物医学进展. 2003(01)
[10]布鲁氏菌非典型菌株及R型菌株生物学特性和产生原因的探讨[J]. 李元凯,邱海燕,马烨,尚德秋. 中国人兽共患病杂志. 1996(05)
博士论文
[1]布鲁氏菌中国分离株遗传多态性研究[D]. 陈燕芬.吉林大学 2012
硕士论文
[1]布鲁氏菌荧光定量PCR检测方法的建立及应用[D]. 崔玉花.重庆理工大学 2016
[2]中国布鲁氏菌分离株REP-PCR基因分型研究与应用[D]. 张正芳.西南大学 2013
[3]家畜布鲁氏菌病流行病学调查及布鲁氏菌单核苷酸多态性分子分型研究[D]. 莫莎.南京农业大学 2011
[4]布鲁氏菌脉冲场凝胶电泳分型研究[D]. 崔步云.山西医科大学 2006
本文编号：2939639
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