从miRNA转录组层面揭示多物种的高海拔适应性机制

发布时间：2021-01-05 02:46

　　为了适应高海拔地区的极端环境,高原动物进化出了一些典型的解剖学和生理学特征,包括更大的肺脏和心脏、迟钝的缺氧性肺血管收缩、更大的血流量以及更强的代谢能力。近年来,高海拔适应性机制这个有趣的生物学问题吸引了包括生理学家、遗传学家等研究人员的关注。人们在形态学、解剖学、血液学、生理学和基因组学等层面对高海拔适应性机制展开了大量研究,但少有研究关注小RNA在高海拔适应性中的作用,特别是microRNAs在高海拔适应性中的多物种比较分析。为了揭示农业动物高海拔适应的分子机制,本研究利用小RNA转录组测序手段获得了四个典型农业动物高低海拔群体的小RNA转录组数据,试图探讨四个动物在高海拔适应过程中miRNA参与机制的相似性,主要研究结果如下:（1）收集了鸡、猪、牛和绵羊四个物种的高低海拔动物,每个群体三个生物学重复,采集心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和肌肉六个组织。对141个样本本进行了小RNA文库的构建和测序,共获得1.68 Gb的原始数据,平均每个样本11.90 Mb。经过过滤,每个样本平均产生11.41 Mb的高质量数据;使用miRDeep2软件,在四个物种中分别鉴定了数量从323到596个... 

【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校

【文章页数】：121 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

小RNA文库构建实验流程

图 2. Orthologue 鉴定流程Figure 2. Workflow of orthologue identification成份分析（Principal Variance Component Analysis, PVC析使用 R 包里面的 pvca 软件完成：ductor.org/packages/release/bioc/html/pvca.html。iRNA 鉴定、靶基因预测及功能富集分析 edgeR 软件对特定物种和组织内部高低海拔群体样本之鉴定。当校正后的 P 值≤ 0.05 时，我们鉴定此 miRNA的 miRNA。可靠的 miRNA 靶基因，我们使用基于序列匹配的软件 T分析对 miRNA 进行了靶基因的鉴定。各个物种基因的 3le 91.0 Biomart 数据库中下载。我们首先使用 Targetsc

图 3. pSilencer 3.1-H1 neo 载体质粒结构图（引自 Thermo Fisher Scientific 公司 3. The structure of pSilencer 3.1-H1 neo vector （quoted from Thermo Fisher Scien用NEB公司的T4连接酶将合成的黄牛和牦牛前体序列与线性pSilenc连接形成环状重组质粒，连接反应体系与反应程序如表 8。然后使用司的 Top10 感受态细胞，将重组质粒转化到感受态细胞内。表 8. 连接反应体系Table 8. Reaction system of coupled reaction试剂 用量T4 连接酶 Buffer 2 μLT4 连接酶 1 μL载体（pSilencer 3.1-H1 neo） 1 μL目的片段（Pri-miR-378）H2O3 μL13 μL


本文编号：2957866