山羊痘病毒G9和A16基因的克隆及生物信息学分析

发布时间：2021-01-05 02:53

　　为研究山羊痘病毒（goatpox virus, GTPV）G9、A16蛋白的功能,用PCR方法从山羊痘病毒弱毒疫苗毒株GTPV AV41中扩增出编码G9、A16蛋白的基因进行测序,通过生物信息学方法对目的基因序列进行分析。结果显示:G9蛋白有34个磷酸化位点,17个抗原表位位点;二级结构中以α-螺旋和无规则卷曲为主,分别占36.61%和42.86%,有9个保守结构域,蛋白序列末尾有跨膜区域,包含15个半胱氨酸残基位点;三级结构中具有细胞凋亡和跨膜功能的结构。A16蛋白有36个磷酸化位点,19个抗原表位位点;二级结构中α-螺旋和无规则卷曲为主,分别占25.46%和48.28%,有10个保守结构域,蛋白序列末尾有跨膜区域,包含21个半胱氨酸残基位点;三级结构预测结果显示可以形成膜蛋白。上述研究结果为进一步探究GTPV的G9、A16蛋白功能提供了参考。 

【文章来源】：畜牧与兽医. 2020年10期 北大核心

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

GTPV AV41的A16、G9基因PCR扩增产物

使用MEGA软件Neighbor Joining方法将所筛选的不同物种的蛋白序列构建进化树,结果显示GTPV AV41与GTPV Pellor的亲缘关系最近,与SHPV 17077-99次之,与VACV IHD-J的亲缘关系较远,GTPV AV41与VACV IHD-J分别在2个不同的大分支上(图3)。图3 G9(A)、A16(B)蛋白序列进化树

G9(A)、A16(B)蛋白序列进化树

【参考文献】：
期刊论文
[1]基于全基因组结构域信息的进化树构建[J]. 陈治伟,李晓琴.  生物信息学. 2012(01)
[2]人感染山羊痘五例[J]. 洪艳,谢忠文,施恒豫.  中华传染病杂志. 2005(02)



本文编号：2957877