基于16SrDNA高通量测序的猪舍空气微生物检测及其污染传播研究

发布时间：2021-01-10 12:32

　　空气微生物是规模化猪场环境污染的重要因素之一,空气中的病原微生物会影响动物、工人和周边居民的健康状况,而空气中的微生物可能来源于粪便细菌的雾化。目前,对猪舍空气微生物的研究,主要集中在少数几种微生物或者某一特定病原微生物。关于猪舍空气微生物的多样性及丰度的研究,猪舍对周围环境的空气污染状况研究,以及猪粪微生物和空气微生物的对比研究,涉及较少。因此,本实验以四川省邛崃市金利猪场为研究对象,从2013年7月到8月,以液体撞击式空气采样器采集猪舍和距离猪舍不同距离的空气样品,同时采集粪便样品,提取样品总DNA,将DNA样品送往北京诺禾公司测序,然后利用QIIME软件分析样品的丰度、多样性及差异。a多样性分析和β多样性分析结果显示,粪便微生物和周围空气微生物多样性及丰度差异显著（P<0.01）,不同距离处的空气样品差异不显著（P>0.05）。另外,利用QIIME软件从OTUs水平分析不同距离处的空气样品差异显著性,至少25%的样品中含有的OTUs的总数是2593个,其中丰度差异显著的有27个。差异显著的OTUs仅占总体OTUs的1%,说明总体差异不显著,分析表明是由于差异不显著的O... 

【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校

【文章页数】：61 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
常用词语英文缩写
1 前言
    1.1 微生物气溶胶
        1.1.1 微生物气溶胶的概念
        1.1.2 微生物气溶胶的性质
        1.1.3 畜禽舍微生物气溶胶
    1.2 畜禽舍微生物气溶胶的危害
        1.2.1 畜禽舍空气微生物对人类的危害
        1.2.2 畜禽舍空气微生物对畜禽的危害
        1.2.3 畜禽舍空气微生物带来的经济损失
        1.2.4 猪舍空气微生物的危害
    1.3 畜禽舍空气微生物气溶胶的形成
    1.4 空气微生物的研究进展
        1.4.1 空气微生物研究方法进展
        1.4.2 猪舍空气微生物的研究进展
        1.4.3 空气微生物传播的研究
        1.4.4 空气微生物国内外研究现状
    1.5 16SRDNA高通量测序
        1.5.1 16SrDNA高通量测序的原理
        1.5.2 16SrDNA高通量测序在科研上的应用
    1.6 空气样品采集方法
        1.6.1 液体撞击式空气采样器概述
        1.6.2 液体撞击式空气采样器特点
        1.6.3 液体撞击式采样器的应用
    1.7 本研究的目的和意义
2 材料与方法
    2.1 材料及取样地点
        2.1.1 猪场情况
        2.1.2 主要试剂
        2.1.3 主要仪器设备
    2.2 方法
        2.2.1 样本的采集与处理
        2.2.2 测序结果初步分析
        2.2.3 数据分析
3 结果与分析
    3.1 样品采集和测序结果的前处理
    3.2 OTU热图
    3.3 物种注释与菌群结构分析
    3.4 A多样性分析
    3.5 B多样性分析
    3.6 样本与因素的差异显著性分析
        3.6.1 分析所有样品
        3.6.2 分析空气样品
        3.6.3 空气样品中差异显著的OTUs
    3.7 共享（SHARED）分析
        3.7.1 OTUs类型分析
    3.8 LDA EFFECT SIZE（LEFSE）分析
4 讨论
    4.1 实验方法讨论
    4.2 采样方法讨论
    4.3 数据处理方法讨论
    4.4 不同距离处的空气微生物差异不显著
    4.5 来源问题的讨论
    4.6 D类和E类微生物的病原性
    4.7 污染源传播距离与猪场设计的关系
    4.8 气象因素讨论
5 结论
参考文献
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]利用高通量测序对封存CO2泄漏情景下土壤细菌的研究[J]. 田地,马欣,李玉娥,查良松,伍洋,邹晓霞,刘爽.  环境科学. 2013(10)
[2]空气微生物气溶胶富集、检测与空气消毒技术研究进展[J]. 谈书勤,胡贵方,顾大勇.  中国消毒学杂志. 2012(12)
[3]空气微生物的研究进展[J]. 孙平勇,刘雄伦,刘金灵,戴良英.  中国农学通报. 2010(11)
[4]ERIC-PCR和PFGE对大肠埃希菌由舍内向舍外传播的鉴定及两种方法的比较[J]. 李庆雷,柴同杰,刘巍.  动物医学进展. 2010(S1)
[5]猪舍环境中气载需氧菌及气载葡萄球菌的研究[J]. 钟召兵,段会勇,柴同杰.  西南农业学报. 2008(03)
[6]枯草芽孢杆菌JA产生的脂肽类抗生素-iturin A的纯化及电喷雾质谱鉴定[J]. 陈华,袁成凌,蔡克周,郑之明,余增亮.  微生物学报. 2008(01)
[7]鸡兔舍耐药大肠杆菌气溶胶向环境扩散的研究[J]. 姚美玲,张彬,柴同杰.  西北农林科技大学学报(自然科学版). 2007(08)
[8]食品中4种致病微生物的多重PCR快速检测技术研究[J]. 杨平,杨迎伍,陈伟,王国民,李正国.  西南大学学报(自然科学版). 2007(05)
[9]撞击法和沉降法采样对医院病房空气细菌总数检测结果比较[J]. 邱方,张丽.  预防医学论坛. 2006(05)
[10]当前有效控制我国畜禽传染病的思路及手段[J]. 崔尚金,崔玉.  中国禽业导刊. 2006(03)

博士论文
[1]兔舍环境真菌气溶胶及其向环境的传播[D]. 苗增民.山东农业大学 2010

硕士论文
[1]猪场微生物气溶胶扩散特征及舍内空气净化技术研究[D]. 黄藏宇.浙江师范大学 2012
[2]猪舍环境气载需氧菌的检测及大肠杆菌气溶胶的发生与传播[D]. 袁文.山东农业大学 2010
[3]ERIC-PCR对畜禽舍气载耐药大肠杆菌来源及向周边环境传播的检测[D]. 姚美玲.山东农业大学 2007



本文编号：2968713