猪流行性腹泻病毒流行株S全基因的遗传进化与重组分析
发布时间：2021-01-11 05:23
为了解猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,本研究对2016—2018年间从河南和山西等地多个规模化猪场随机采集的25份患有腹泻仔猪小肠及内容物提取RNA进行PEDV RT-PCR检测,阳性样品进行S全基因克隆、遗传进化与重组分析。结果显示,25份腹泻仔猪样品中检测出18个PEDV阳性样品,成功克隆18株PEDV毒株S全基因序列,与GenBank中发表的30条PEDV S基因序列进行比较分析,核苷酸同源性均在92.8%以上,存在多处碱基点突变、插入与缺失,且SX-TY1-2017毒株在3 291～4 132 nt位置处发生重组,可能是由亲本株CH/HNZZ47/2016和HN-KF-2017重组产生的。基于S全基因遗传进化树结果,克隆的18株PEDV属于G2群且位于不同分支,表明PEDV流行株在2016—2018年间出现一定的变异。
【文章来源】：中国兽医学报. 2020,40(09)北大核心
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
PEDV检测结果
表3 PEDV S基因序列样品信息 毒株名称 来源地区 GenBank 登录号 S基因长度/bp 采样时间 HN/XX1/2016 河南,浚县 MN412562 4 161 2016.03 HN/XX2/2016 河南,浚县 MN412563 4 161 2016.03 HN/XX3/2016 河南,浚县 MN412564 4 161 2016.03 HN/XX/2016 河南,新乡 MN412569 4 161 2016.12 HN/PY/2016 河南,濮阳 MN412568 4 161 2016.12 SX/TY1/2017 山西,太原 MN412571 4 158 2017.02 SX/TY2/2017 山西,太原 MN412572 4 158 2017.02 HN/KF/2017 河南,开封 MN412567 4 158 2017.03 HN/XZ/2017 河南,新郑 MN412570 4 158 2017.12 SX/WS1/2018 山西,文水 MN412573 4 161 2018.02 SX/WS2/2018 山西,文水 MN412574 4 161 2018.02 HN/YY1/2018 河南,原阳 MN412565 4 161 2018.03 HN/YY2/2018 河南,原阳 MN412566 4 161 2018.04 HN/XC1/2018 河南,许昌 MN412560 4 161 2018.02 HN/XC2/2018 河南,许昌 MN412561 4 161 2018.02 HN/HB1/2018 河南,鹤壁 MN412558 4 161 2018.03 HN/HB2/2018 河南,鹤壁 MN412559 4 161 2018.03 HN/JY/2018 河南,济源 MN412557 4 158 2018.042.4 S基因的遗传进化树
通过对S基因编码氨基酸突变结果表明,与30株参考株相比,存在多处的点突变、碱基插入和缺失。这些点突变、碱基插入和缺失会改变氨基酸表达,是产生新型变异毒株的主要原因。同源性分析结果表明,18株PEDV S全基因间的同源性为96.0%～99.9%,与参考株S基因同源性为92.8%～99.3%。与河南往年分离株的同源性为96.2%～99.3%,与经典CV777毒株的核苷酸同源性为93.2%～93.7%,与美国新型毒株USA/IL20697/2014同源性为93.8%～96.0%。由此可见,近年来,从S基因的核苷酸和氨基酸的水平上看,PEDV S基因的突变主要集中在S1区域,本试验得到的18条流行株S全基因均在164～166 nt处有3个碱基(TTG)插入,177～185 nt有9个碱基(GGGTGTCAA)的插入,在427～429 nt有3个碱基(AAT)插入,在487～492 nt有6个碱基(CGTGAT)缺失。这几处的变异是与传统毒株区别,其毒力增强的主要原因。将本试验获得的18株S全基因核苷酸序列与GenBank中的30条PEDV参考株序列进行演化关系分析,结果将所有毒株分为2个群。G1群包括早些年分离得到的经典毒株序列以及疫苗株;G2群包括本试验扩增的18株毒株以及其他参考毒株,主要是2010年以后分离得到的流行株。与近几年的河南地区PEDV毒株均处在统一分支,具有较近的亲缘关系,这与赵丽等[16]和乔涵等[17]对河南地区PEDV S 基因序列分析的结果一致。本试验扩增的18株毒株与近几年的河南地区PEDV毒株以及国内外的流行株均处在同一分支,具有较近的亲缘关系。但是,在G2群内,又分出一些小分支,其中HN/KF/2017、HN/XZ/2017、SX/TY1/2017、HN/JY/2018和SX/TY2-2017与GDGZ、AJ1102处于同一小分支,核苷酸同源性为97.2%～99.6%,具有较近的亲缘关系。HN/XX/2016、HN/XX3/2016、HN/XX1/2016与CH/LXC/2014以及SX/WS2/2018与CH/HNLH/2015、CH/HNAY/2015、CH/HNKF/16和CH/HSY/2013分别处于一个小的分支,核苷酸同源性分别为98.2%～99.9%,98.5%～99.3%。本试验中的HN/PY/2016、HN/XX2/2016、SX/WS1/2018、HN/HB1/2018、HN/HB2/2018、HN/XC1/2018、HN/XC2/2018、HN/YY1/2018和HN/YY2/2018 9株毒株单独处于一个小分支,核苷酸同源性为98.9%～99.9%,亲缘关系较近,表明在2016—2018年间,PEDV S基因出现了一定的变异。
本文编号：2970174
【文章来源】：中国兽医学报. 2020,40(09)北大核心
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
PEDV检测结果
表3 PEDV S基因序列样品信息 毒株名称 来源地区 GenBank 登录号 S基因长度/bp 采样时间 HN/XX1/2016 河南,浚县 MN412562 4 161 2016.03 HN/XX2/2016 河南,浚县 MN412563 4 161 2016.03 HN/XX3/2016 河南,浚县 MN412564 4 161 2016.03 HN/XX/2016 河南,新乡 MN412569 4 161 2016.12 HN/PY/2016 河南,濮阳 MN412568 4 161 2016.12 SX/TY1/2017 山西,太原 MN412571 4 158 2017.02 SX/TY2/2017 山西,太原 MN412572 4 158 2017.02 HN/KF/2017 河南,开封 MN412567 4 158 2017.03 HN/XZ/2017 河南,新郑 MN412570 4 158 2017.12 SX/WS1/2018 山西,文水 MN412573 4 161 2018.02 SX/WS2/2018 山西,文水 MN412574 4 161 2018.02 HN/YY1/2018 河南,原阳 MN412565 4 161 2018.03 HN/YY2/2018 河南,原阳 MN412566 4 161 2018.04 HN/XC1/2018 河南,许昌 MN412560 4 161 2018.02 HN/XC2/2018 河南,许昌 MN412561 4 161 2018.02 HN/HB1/2018 河南,鹤壁 MN412558 4 161 2018.03 HN/HB2/2018 河南,鹤壁 MN412559 4 161 2018.03 HN/JY/2018 河南,济源 MN412557 4 158 2018.042.4 S基因的遗传进化树
通过对S基因编码氨基酸突变结果表明,与30株参考株相比,存在多处的点突变、碱基插入和缺失。这些点突变、碱基插入和缺失会改变氨基酸表达,是产生新型变异毒株的主要原因。同源性分析结果表明,18株PEDV S全基因间的同源性为96.0%～99.9%,与参考株S基因同源性为92.8%～99.3%。与河南往年分离株的同源性为96.2%～99.3%,与经典CV777毒株的核苷酸同源性为93.2%～93.7%,与美国新型毒株USA/IL20697/2014同源性为93.8%～96.0%。由此可见,近年来,从S基因的核苷酸和氨基酸的水平上看,PEDV S基因的突变主要集中在S1区域,本试验得到的18条流行株S全基因均在164～166 nt处有3个碱基(TTG)插入,177～185 nt有9个碱基(GGGTGTCAA)的插入,在427～429 nt有3个碱基(AAT)插入,在487～492 nt有6个碱基(CGTGAT)缺失。这几处的变异是与传统毒株区别,其毒力增强的主要原因。将本试验获得的18株S全基因核苷酸序列与GenBank中的30条PEDV参考株序列进行演化关系分析,结果将所有毒株分为2个群。G1群包括早些年分离得到的经典毒株序列以及疫苗株;G2群包括本试验扩增的18株毒株以及其他参考毒株,主要是2010年以后分离得到的流行株。与近几年的河南地区PEDV毒株均处在统一分支,具有较近的亲缘关系,这与赵丽等[16]和乔涵等[17]对河南地区PEDV S 基因序列分析的结果一致。本试验扩增的18株毒株与近几年的河南地区PEDV毒株以及国内外的流行株均处在同一分支,具有较近的亲缘关系。但是,在G2群内,又分出一些小分支,其中HN/KF/2017、HN/XZ/2017、SX/TY1/2017、HN/JY/2018和SX/TY2-2017与GDGZ、AJ1102处于同一小分支,核苷酸同源性为97.2%～99.6%,具有较近的亲缘关系。HN/XX/2016、HN/XX3/2016、HN/XX1/2016与CH/LXC/2014以及SX/WS2/2018与CH/HNLH/2015、CH/HNAY/2015、CH/HNKF/16和CH/HSY/2013分别处于一个小的分支,核苷酸同源性分别为98.2%～99.9%,98.5%～99.3%。本试验中的HN/PY/2016、HN/XX2/2016、SX/WS1/2018、HN/HB1/2018、HN/HB2/2018、HN/XC1/2018、HN/XC2/2018、HN/YY1/2018和HN/YY2/2018 9株毒株单独处于一个小分支,核苷酸同源性为98.9%～99.9%,亲缘关系较近,表明在2016—2018年间,PEDV S基因出现了一定的变异。
本文编号：2970174
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