羊种布鲁氏菌BP26蛋白的生物信息学分析
发布时间：2021-01-15 18:30
目的采用生物信息学方法预测羊种布鲁氏菌BP26蛋白的抗原表位。方法从NCBI数据库中获取羊布鲁氏菌的BP26蛋白的氨基酸序列,利用ExPASy蛋白分析在线软件ProtParam、SOPMA、SWISS MODEL、ProtScale、Signal 5.0、TMHMM 2.0、PSOTR,分析BP26蛋白的理化性质,二、三级结构,亲、疏水性,信号肽,跨膜区及亚细胞定位;使用IEDB分析BP26蛋白的B细胞表位;使用PROSITE SCAN分别BP26蛋白的结构域分析。结果 BP26蛋白由250个氨基酸组成,分子式为C1152H1898N328O364S12,相对分子质量为26.5×103,理论等电点为6.39,不稳定系数为27.93,为稳定蛋白。二级结构以α-螺旋为主,占41.2%;无规卷曲占36.8%,延伸链占17.2%;β-转角占4.8%。预测其三级结构与同源模板S19株BP26蛋白相似性99.55%,16个BP26分子形成一个新颖的通道状结构。BP26蛋白存在1个跨膜区,该跨膜区域位于7-29位氨基酸,可能为信号肽,与信号肽分析结果一致。Signal 5.0分析BP26蛋白在7-2...
【文章来源】：中国病原生物学杂志. 2020,15(11)北大核心
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
BP26蛋白的二级结构预测
使用在线软件SWISS-MODEL同源建模的方法对16MBP26蛋白进行同源建模结果与PDB（蛋白质结构数据库）中4hvz.1存在99.55%的同源性，该模板蛋白序列为布鲁氏菌S19疫苗株BP26蛋白，该蛋白序列为去除1-28个信号肽氨基酸序列蛋白（图2),2013年Kim等[10]对S19疫苗株的BP26蛋白结构预测分析，16个BP26分子形成一个新颖的通道状组件（图3），形成环结构的8个BP26分子在八聚体的中心包含一个孔，另一个八聚体彼此相互作用以形成具有大内腔的通道。BP26在结构上类似于参与感染的噬菌体蛋白，表明BP26蛋白可能参与布鲁氏菌的感染过程。Kim等[10]对BP26蛋白的单体结构进行预测分析，结果显示其单体结构由DomainⅠ区域和DomainⅡ区域组成（图4),2个区域的结构相似，又分别包含2个α螺旋区和1个β片层区，DomainⅠ区域包括2个α螺旋区即α3和α4链，β片层区包括有5个反平行β链，即β1、β5-1、β5-2、β5-3、β6链。Domain2区域包括2个α螺旋区即α1和α2链，β片层区包括有3个反平行β链，即β2、β3、β4链。DomainⅠ区域和DomainⅡ区域的主要区别在于DomainⅠ区域的β5-1、β5-2、β5-3链是不连续的3个β链，而DomainⅡ区域的相同位置是一条β3链。
采用ProtScale软件中Hphob．/Kyte&Doolittle分析方法预测BP26蛋白具有两亲性。疏水性区域包括7-26AA,38-46AA,50-61AA,81-83AA,99-100AA,102-107AA,123-131AA,133-136AA,146-148AA,178-185AA,188-202AA,220-234AA,242-246AA，其中疏水性强的区域主要位于7-26AA,50-61AA,242-246AA，亲水性强的区域主要位于27-37,62-80,84-98,108-122位氨基酸（图5）。图4 Kim等[10]分析BP26蛋白单体结构图
【参考文献】：
期刊论文
[1]布鲁氏菌病亚单位疫苗研究进展[J]. 夏嘉跃,殷德辉. 系统医学. 2018(01)
[2]布鲁氏菌病疫苗研究进展[J]. 景志刚,严家瑞,范伟兴. 中国人兽共患病学报. 2016(02)
[3]动物布鲁氏菌病疫苗的来历及亚单位疫苗的研究概况[J]. 王真,HAN Gilsu,吴清民. 中国农业大学学报. 2014(03)
[4]布鲁氏菌bp26基因缺失株的构建[J]. 潘文,王佳莹,赵明秋,琚春梅,易琳,常艳,虞红娇,陈金顶. 中国兽医科学. 2011(03)
博士论文
[1]马耳他布鲁氏菌M5-90 bp26基因缺失疫苗株的构建及安全性和免疫原性评估[D]. 胡森.东北农业大学 2009
硕士论文
[1]马耳他布鲁氏菌膜间质蛋白BP26抗原表位筛查与鉴定[D]. 丘金浪.南方医科大学 2012
[2]流产布鲁氏菌BP26蛋白B细胞线性表位的鉴定[D]. 羡东堡.东北农业大学 2012
[3]流产布氏杆菌S19株bp26基因标记疫苗株的构建及免疫原性初步研究[D]. 郑孝辉.东北农业大学 2009
本文编号：2979306
【文章来源】：中国病原生物学杂志. 2020,15(11)北大核心
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
BP26蛋白的二级结构预测
使用在线软件SWISS-MODEL同源建模的方法对16MBP26蛋白进行同源建模结果与PDB（蛋白质结构数据库）中4hvz.1存在99.55%的同源性，该模板蛋白序列为布鲁氏菌S19疫苗株BP26蛋白，该蛋白序列为去除1-28个信号肽氨基酸序列蛋白（图2),2013年Kim等[10]对S19疫苗株的BP26蛋白结构预测分析，16个BP26分子形成一个新颖的通道状组件（图3），形成环结构的8个BP26分子在八聚体的中心包含一个孔，另一个八聚体彼此相互作用以形成具有大内腔的通道。BP26在结构上类似于参与感染的噬菌体蛋白，表明BP26蛋白可能参与布鲁氏菌的感染过程。Kim等[10]对BP26蛋白的单体结构进行预测分析，结果显示其单体结构由DomainⅠ区域和DomainⅡ区域组成（图4),2个区域的结构相似，又分别包含2个α螺旋区和1个β片层区，DomainⅠ区域包括2个α螺旋区即α3和α4链，β片层区包括有5个反平行β链，即β1、β5-1、β5-2、β5-3、β6链。Domain2区域包括2个α螺旋区即α1和α2链，β片层区包括有3个反平行β链，即β2、β3、β4链。DomainⅠ区域和DomainⅡ区域的主要区别在于DomainⅠ区域的β5-1、β5-2、β5-3链是不连续的3个β链，而DomainⅡ区域的相同位置是一条β3链。
采用ProtScale软件中Hphob．/Kyte&Doolittle分析方法预测BP26蛋白具有两亲性。疏水性区域包括7-26AA,38-46AA,50-61AA,81-83AA,99-100AA,102-107AA,123-131AA,133-136AA,146-148AA,178-185AA,188-202AA,220-234AA,242-246AA，其中疏水性强的区域主要位于7-26AA,50-61AA,242-246AA，亲水性强的区域主要位于27-37,62-80,84-98,108-122位氨基酸（图5）。图4 Kim等[10]分析BP26蛋白单体结构图
【参考文献】：
期刊论文
[1]布鲁氏菌病亚单位疫苗研究进展[J]. 夏嘉跃,殷德辉. 系统医学. 2018(01)
[2]布鲁氏菌病疫苗研究进展[J]. 景志刚,严家瑞,范伟兴. 中国人兽共患病学报. 2016(02)
[3]动物布鲁氏菌病疫苗的来历及亚单位疫苗的研究概况[J]. 王真,HAN Gilsu,吴清民. 中国农业大学学报. 2014(03)
[4]布鲁氏菌bp26基因缺失株的构建[J]. 潘文,王佳莹,赵明秋,琚春梅,易琳,常艳,虞红娇,陈金顶. 中国兽医科学. 2011(03)
博士论文
[1]马耳他布鲁氏菌M5-90 bp26基因缺失疫苗株的构建及安全性和免疫原性评估[D]. 胡森.东北农业大学 2009
硕士论文
[1]马耳他布鲁氏菌膜间质蛋白BP26抗原表位筛查与鉴定[D]. 丘金浪.南方医科大学 2012
[2]流产布鲁氏菌BP26蛋白B细胞线性表位的鉴定[D]. 羡东堡.东北农业大学 2012
[3]流产布氏杆菌S19株bp26基因标记疫苗株的构建及免疫原性初步研究[D]. 郑孝辉.东北农业大学 2009
本文编号：2979306
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