牛卵泡颗粒细胞CART相互作用蛋白鉴定及受体筛选
发布时间：2021-01-31 18:44
旨在筛选牛卵泡发育关键负调控因子可卡因-苯丙胺调节转录肽（cocaine and amphetamine regulated transcript peptide,CART）的相互作用蛋白及其受体。本研究采集3头健康母牛双侧卵巢,分离卵泡后刮取颗粒细胞（granulosa cells, GCs）混样;采用跨膜蛋白Extraction试剂盒提取膜蛋白,运用Protein G琼脂糖磁珠与重组CART蛋白、Anti-CART抗体共孵育（n=3）;洗脱CART-蛋白复合物进行二级质谱（LC-MS/MS）分析;获得的蛋白经可信度过滤,利用生物信息学技术对其进行功能聚类分析,通过CELLO V2.5软件对蛋白进行亚细胞定位和跨膜区分析;获得7次跨膜的G蛋白偶联受体（G-protein-coupled receptors, GPCRs）,经ProtScale软件分析其胞内外结构区段特点,符合神经肽与受体结合结构特点的GPCR作为CART的候选受体。抽提的膜蛋白经免疫亲和层析（n=3）后,分别鉴定出149、557和298个相互作用蛋白,经筛选剔除重复蛋白,共鉴定出620个蛋白。多数据库集功能富集分析表...
【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(12)北大核心
【文章页数】：11 页
【部分图文】：
GPCR跨膜区特征分析
获得的620个蛋白经GO、COG、KEGG和IPR通用功能数据库进行功能注释(图1),共有487个蛋白获得GO注释,283个蛋白获得COG注释,620个蛋白获得KEGG注释,608个蛋白获得IPR注释;大多数蛋白获得2个以上数据库集注释,其中230个蛋白均获得4个数据库集注释。对已注释的功能分类条目进一步筛选,获得许多可能参与牛卵泡发育和信号传导的蛋白聚类(表2),如参与信号传导活性的GNAS、GNG8和JUP,参与类固醇生物合成的HSD3B,参与细胞凋亡或增殖调节的OPA1和S100A11,参与Notch信号通路的ERH;参与胞膜形成的蛋白有10个;参与细胞生长和死亡的蛋白有29个; 包含信号识别受体结构域的蛋白有SRPRB。表2 蛋白功能聚类分析Table 2 Protein functional cluster analysis 注释系统Annotation system 聚类Class 类型描述Description 蛋白数Protein number 蛋白Protein GO 细胞组分 膜组分 35 COIII, LAMP2, COX2, DAG1, BSG, SLC39A9, DSG1, CDIPT, SYNGR2, PHB, PLXNB2, MAL2, LGALS3BP, LMAN1, DSC1, ND1, YIPF5, ACE2, B3GAT3, STT3A, YIPF3, LMAN2, PHB2, GLG1, DHCR7, SCARB2, SFXN1, SEC61A1, SLC39A7, SYPL1, STT3B, Uncharacterized protein, STX12, STOML2, SEC11A 三聚体G蛋白复合物 1 GNG8 分子功能 信号转导活性 3 GNAS, GNG8, JUP 受体活性 6 ITGB5, ITGB1, ITGB8, ITGB7, STRA6, SCARB2 受体结合 3 FGA, FGG, FGB Ca2+通道调节 1 STIM1 蛋白结构域结合 3 YWHAQ, YWHAE, YWHAZ 跨膜转运活性 1 GJA1 生物过程 信号肽加工 3 SPCS2, SPCS3, SEC11A 类固醇生物合成 1 HSD3B 细胞凋亡 1 OPA1 GPCR信号通路 2 GNAS, GNG8 细胞增殖调节 1 S100A11 Notch信号通路 1 ERH 蛋白跨膜转运 16 SLC25A24, ABCD1, Tom40A, Uncharacterized protein, SLC25A5, VDAC1, SLC39A9, VDAC2, SLC25A13, SLC16A1, SLC25A1, SLC39A7, SFXN1, SLC25A6, VDAC5P, ABCD3 Ca2+跨膜转运 3 ATP2A1, ATP2A3, ATP2A2 COG 细胞应答、重组、修复 2 DDX31, APOA1 信号传导机制 9 ABHD16A, CALM2, ADIA, MYL1, MYL6, PDCD6, RNASEL, SLC25A24, SBSN 胞膜形成 10 PLOD3, GBA, SAMM50, PLXNB2, PLOD1, HSD3B, C1QC, SAMM50, C1QA, COLGALT1
经PredictProtein对筛选获得的3个GPCRs结合位点分析表明(图4),ZMPSTE24在5～6跨膜区间胞内环220～348区段存在3个可能与G蛋白结合的位点(图4A);HM13在5～6跨膜区间胞内环278～289区段不存在蛋白结合位点(图4B);GPR108在5～6跨膜区间胞内环428～447区段不存在蛋白结合位点(图4C)。因此,可选择ZMPSTE24作为CART的候选受体,后期进行深入研究。图3 GPCR跨膜区特征分析
本文编号：3011395
【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(12)北大核心
【文章页数】：11 页
【部分图文】：
GPCR跨膜区特征分析
获得的620个蛋白经GO、COG、KEGG和IPR通用功能数据库进行功能注释(图1),共有487个蛋白获得GO注释,283个蛋白获得COG注释,620个蛋白获得KEGG注释,608个蛋白获得IPR注释;大多数蛋白获得2个以上数据库集注释,其中230个蛋白均获得4个数据库集注释。对已注释的功能分类条目进一步筛选,获得许多可能参与牛卵泡发育和信号传导的蛋白聚类(表2),如参与信号传导活性的GNAS、GNG8和JUP,参与类固醇生物合成的HSD3B,参与细胞凋亡或增殖调节的OPA1和S100A11,参与Notch信号通路的ERH;参与胞膜形成的蛋白有10个;参与细胞生长和死亡的蛋白有29个; 包含信号识别受体结构域的蛋白有SRPRB。表2 蛋白功能聚类分析Table 2 Protein functional cluster analysis 注释系统Annotation system 聚类Class 类型描述Description 蛋白数Protein number 蛋白Protein GO 细胞组分 膜组分 35 COIII, LAMP2, COX2, DAG1, BSG, SLC39A9, DSG1, CDIPT, SYNGR2, PHB, PLXNB2, MAL2, LGALS3BP, LMAN1, DSC1, ND1, YIPF5, ACE2, B3GAT3, STT3A, YIPF3, LMAN2, PHB2, GLG1, DHCR7, SCARB2, SFXN1, SEC61A1, SLC39A7, SYPL1, STT3B, Uncharacterized protein, STX12, STOML2, SEC11A 三聚体G蛋白复合物 1 GNG8 分子功能 信号转导活性 3 GNAS, GNG8, JUP 受体活性 6 ITGB5, ITGB1, ITGB8, ITGB7, STRA6, SCARB2 受体结合 3 FGA, FGG, FGB Ca2+通道调节 1 STIM1 蛋白结构域结合 3 YWHAQ, YWHAE, YWHAZ 跨膜转运活性 1 GJA1 生物过程 信号肽加工 3 SPCS2, SPCS3, SEC11A 类固醇生物合成 1 HSD3B 细胞凋亡 1 OPA1 GPCR信号通路 2 GNAS, GNG8 细胞增殖调节 1 S100A11 Notch信号通路 1 ERH 蛋白跨膜转运 16 SLC25A24, ABCD1, Tom40A, Uncharacterized protein, SLC25A5, VDAC1, SLC39A9, VDAC2, SLC25A13, SLC16A1, SLC25A1, SLC39A7, SFXN1, SLC25A6, VDAC5P, ABCD3 Ca2+跨膜转运 3 ATP2A1, ATP2A3, ATP2A2 COG 细胞应答、重组、修复 2 DDX31, APOA1 信号传导机制 9 ABHD16A, CALM2, ADIA, MYL1, MYL6, PDCD6, RNASEL, SLC25A24, SBSN 胞膜形成 10 PLOD3, GBA, SAMM50, PLXNB2, PLOD1, HSD3B, C1QC, SAMM50, C1QA, COLGALT1
经PredictProtein对筛选获得的3个GPCRs结合位点分析表明(图4),ZMPSTE24在5～6跨膜区间胞内环220～348区段存在3个可能与G蛋白结合的位点(图4A);HM13在5～6跨膜区间胞内环278～289区段不存在蛋白结合位点(图4B);GPR108在5～6跨膜区间胞内环428～447区段不存在蛋白结合位点(图4C)。因此,可选择ZMPSTE24作为CART的候选受体,后期进行深入研究。图3 GPCR跨膜区特征分析
本文编号：3011395
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