简州大耳羊肌内脂肪细胞成脂分化差异表达基因的筛选与鉴定

发布时间：2021-03-03 06:35

　　旨在通过转录组测序技术获得简州大耳羊肌内前体脂肪细胞成脂分化前后的差异表达基因,并经生物信息学分析获得相关信号通路及可能发挥作用的关键功能候选基因。本研究以7日龄的健康简州大耳羊公羊为试验动物（n=3）,采用胶原酶消化法分离获得其肌内前体脂肪细胞;利用Illumina平台对肌内前体脂肪细胞和诱导分化5 d的肌内脂肪细胞cDNA样品（n=3）进行高通量测序;以|log₂fold change|>0和P<0.05为阈值筛选获得差异表达基因,并利用clusterProfiler R包对其进行GO功能和KEGG通路富集;最后利用实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR, qRT-PCR）技术检测功能候选基因在细胞分化前后的表达量变化。结果显示,共获得差异表达基因7 916个,其中4 143个为表达上调基因,主要富集到氧化磷酸化、核糖体合成和三羧酸循环通路等305条通路;3 773个为表达下调基因,且主要富集到甲状腺激素信号通路等303条通路;差异基因GO功能注释中52.8%为生物过程、13.4%是细胞组成和33.8%是分子功能。... 

【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(07)北大核心

【文章页数】：12 页

【部分图文】：

肌内脂肪细胞诱导分化形态图

RNA凝胶电泳图

以|log2fold change|>0和P<0.05(即-lg padj>1.301)为筛选条件共得到7 916个差异表达基因,其中4 143个为表达上调基因,3 773个为表达下调基因(图4A)。图4B则证明了组内两两样品的基因表达量近乎趋于一致,说明生物学重复的有效;组间样品则存在显著的基因表达变化。2.6 差异表达基因的GO功能分析

【参考文献】：
期刊论文
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[2]基于转录组测序数据的山羊下丘脑组织繁殖相关信号通路及候选基因的筛选[J]. 施会彬,王玉琴,张小辉,吴至博,杨芳.  畜牧兽医学报. 2019(07)
[3]山羊肌内前体脂肪细胞诱导分化过程中内参基因的表达稳定性分析[J]. 许晴,林森,朱江江,王永,林亚秋.  畜牧兽医学报. 2018(05)
[4]角蛋白关联蛋白基因3.1在绒山羊不同时期皮肤中的表达[J]. 赵濛,李婕,奈日乐,刘志红,李金泉,肖红梅.  中国畜牧杂志. 2016(09)
[5]简州大耳羊产肉性能世代选育进展及肉品质研究[J]. 俄木曲者,熊朝瑞,范景胜,王永,陈天宝,张红平.  中国草食动物科学. 2014(03)
[6]绒山羊肌内脂肪细胞成熟前后比较转录组分析[J]. 杜琛,付绍印,高鸿雁,郑竹清,孟宪然,阿娜,萨仁,张文广,李金泉.  畜牧兽医学报. 2014(05)

博士论文
[1]杜寒杂交羊与小尾寒羊背最长肌全基因组甲基化与转录组比较分析[D]. 曹阳.吉林大学 2017

硕士论文
[1]湖羊羔羊不同部位肌肉肌内脂肪沉积相关基因表达的发育性变化研究[D]. 乔永.南京农业大学 2007



本文编号：3060800