基于RAD-seq简化基因组测序的19个地方鸡种遗传进化研究

发布时间：2021-03-05 20:42

　　旨在基因组水平上揭示地方鸡种的遗传进化,发掘重要种质特性基因。本研究利用简化基因组RAD-seq测序鉴定19个地方鸡种（每个品种按照家系选取30个个体,10公、20母）基因组SNP标记,计算观察杂合度（Ho）、核苷酸多样度（Pi）、近交系数（Fis）、遗传分化系数（Fst）和基因流（Nm）等遗传统计量指标,分析地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,并通过选择信号检测鉴定基因组受选择基因。结果表明,在19个地方鸡种中鉴定出400 562个SNPs标记。瓢鸡（PJ）和文昌鸡（WC）的遗传多样性最为丰富,观察杂合度（Ho）分别为0.246 8、0.243 0,核苷酸多样度（Pi）分别为0.278 1、0.265 5;河南斗鸡（DJ）的遗传多样性相对匮乏,Ho为0.156 0,Pi为0.175 2;东乡绿壳蛋鸡（DX）和边鸡（BJ）的近交系数最高（Fis>0.160 0）。瓢鸡与文昌鸡、惠阳胡须鸡（HX）、藏鸡（ZZ）、大围山微型鸡（WX）,惠阳胡须鸡与文昌鸡,藏鸡与茶花鸡（CH）间的遗传分化最低（Fst<0.100 0）,对应的基因流最高（Nm>0.240 0）。河南斗鸡与其它品... 

【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(04)北大核心

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

不同染色体上SNPs数量

LD随距离增长的衰减图

19个地方鸡种遗传聚类图(两个引入品种作外群)

【参考文献】：
期刊论文
[1]基于线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop）序列分析瓢鸡的遗传多样性[J]. 贡潘偏抽,刘丽仙,李大林,袁跃云,孙利民,杨润,刘文瑜,刘伟,苗永旺.  云南农业大学学报(自然科学版). 2011(02)
[2]基于线粒体CO Ⅰ基因15个鸡种的DNA编码研究[J]. 高玉时,唐修君,屠云洁,陆俊贤,薛茂云,施祖灏,张小燕.  中国农业科学. 2011(03)
[3]文昌鸡群体内遗传变异分析[J]. 顾玉兰,刘小林,张建勤.  西北农业学报. 2008(04)
[4]华东27个地方鸡品种（品系）的遗传变异[J]. 陈宽维,李慧芳,王金玉,汤青萍,沈见成,章双杰.  畜牧兽医学报. 2006(01)



本文编号：3065835