基于加性显性模型的基因组选择应用于西门塔尔牛的初步研究

发布时间：2021-03-06 15:56

　　全基因组选择是标记辅助选择在全基因组范围上的应用。作为动物遗传领域的研究热点,有关全基因组选择模型和方法的研究日新月异,本研究就基因组选择中包含显性效应的模型和方法做了如下研究：1、本研究基于包含显性效应的层级贝叶斯模型,假设加性效应和显性效应存在不同方式的相关性,提出两种子模型BayesAD1和BayesAD2,通过模拟数据比较他们估计基因组育种值（BV）,显性离差（DV）和基因型值（GV）的准确性。在模拟数据中设置不同水平的QTL（quantitative trait loci）数目、全同胞家庭个体数和加性方差与显性方差的比重,研究两种模型在这些参数组合下的特性。结果显示：固定全同胞数和QTL数目,对BV的估计中,BayesAD2准确性最高,BayesAD0准确性最低。随着加性方差比重升高,显性方差比重下降,BayesAD2的优势逐渐减小至消失；对DV的估计中,BayesAD2仍旧比BayesAD1表现突出,随着显性方差比重下降,BayesAD2的准确性也降低,和BayesAD1的差距减小。QTL数目的增多使得估计BV的准确性下降,而显性离差估计的准确性却随之升高,QTL不变,全同... 

【文章来源】：中国农业科学院北京市

【文章页数】：66 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

加性效应绝对值与显性系数的联合分布散点图

Figure 2.3 Correlation of TDV and EDV in generation 2 to 6 with different models图2.4显示了从第2到6世代不同模型估计基因组基因型值的准确性，BayesADO估计的准25

们可以很好的拟合个体间的加性相关和显性相关关系，进行方差组分估计和育种值估计。因此本部分研宄中，用西门塔尔牛群体对BayesADl、BayesAD2, G2A、Su’s和IBD进行验证。.2材料与方法. 2.1参考群体的构建本研宄室于2008年在内蒙古锡林郭勒盟乌拉盖管理区构建了资源群体，经过2011年扩群，项目户已达到15家牧场，基础母牛数己超过了 2000头，使用的西门塔尔种公牛数达到了 35。在接牛生长之5-9月龄，运送至北京金维福仁牧场开始集中育肥与统一的词养管理。在达到0 ~ 14月龄后进行分批屠宰，收集生长发育、屠宰性状、胴体性状和肉质性状共87个性状。育及屠宰期间，试验动物均没有表现任何疾病症状，所有数据测定及屠宰过程均严格依照根据国有关规定和标准进行。用于本部分研究的试验群体由2010至2012年屠宰的807头使用Illumina BovineHD SNP芯进行全基因组SNP标记检测的西门塔尔公牛构成。其中2010年屠宰283头，2011年239头，012年285头。部分牛没有系谱记录，根据孟德尔错误率校正完善系谱后，确认其中603头公牛属于40头父亲公牛的后代，后代数最多的公牛有173个儿子，最少的有1个后代。图4-1显示 40头父亲公牛的后代数分布。200 -1


本文编号：3067378