牛体内囊胚全转录组模式解析
发布时间：2021-03-10 23:32
旨在解析牛体内囊胚的全转录组模式。本研究选择3头15月龄以上、健康状况良好的泌乳奶牛,采用超排获得体内囊胚,采用单细胞全转录组测序技术检测囊胚mRNA、lncRNA、circRNA转录模式,并采用生物信息学工具对其进行分析。试验获得牛体内囊胚约19 975个mRNAs、12 715个novel lncRNAs及887个circRNAs。mRNA有12种可变剪切方法,以转录起始区域可变剪切（TSS）为主。采用基因本体（GO）和相关信号通路（KEGG）对其分析发现,生物功能主要富集在新陈代谢、细胞膜和蛋白结合、细胞通讯、细胞组织成分、生长发育等功能,Pathway主要富集在细胞周期、膜运输、染色体组织调控等通路;circRNA有6种类型,其中CLASSIC类型circRNA数量最多,这种剪切方式会形成成环的外显子circRNA（EcircRNA）。本研究阐明了牛体内囊胚的全转录组模式,为全面了解牛体内囊胚提供了新的思路。
【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(06)北大核心
【文章页数】：10 页
【部分图文】：
GO富集条形图
KEGG富集条形图
表6 lncRNAs数据过滤和数据比对统计结果Table 6 Statistical results of Clean Reads and Mapped Reads in lncRNAs 指标 Index 样品名称Sample Invivo_1 Invivo_2 Invivo_3 原始下机序列数目Raw Reads 169 839 230 151 988 330 168 685 346 过滤后序列数目Clean eads 148 875 636 121 860 036 161 033 370 百分比/% Clean Reads rate 87.66 80.18 95.46 过滤后Q30/% Clean Q30 94.25 93.92 94.37 比对到参考基因组上的比率/% Mapped Reads 95.84 95.90 95.71 未知 lncRNA Novel lncRNA 10 856 10 559 10 3152.3.2 circRNAs的类型
本文编号：3075465
【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(06)北大核心
【文章页数】：10 页
【部分图文】：
GO富集条形图
KEGG富集条形图
表6 lncRNAs数据过滤和数据比对统计结果Table 6 Statistical results of Clean Reads and Mapped Reads in lncRNAs 指标 Index 样品名称Sample Invivo_1 Invivo_2 Invivo_3 原始下机序列数目Raw Reads 169 839 230 151 988 330 168 685 346 过滤后序列数目Clean eads 148 875 636 121 860 036 161 033 370 百分比/% Clean Reads rate 87.66 80.18 95.46 过滤后Q30/% Clean Q30 94.25 93.92 94.37 比对到参考基因组上的比率/% Mapped Reads 95.84 95.90 95.71 未知 lncRNA Novel lncRNA 10 856 10 559 10 3152.3.2 circRNAs的类型
本文编号：3075465
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