绵羊肺炎支原体检测方法的建立及全基因组生物信息学分析
发布时间：2021-03-22 19:09
本研究旨在建立一种灵敏性高、特异性强的检测绵羊肺炎支原体的TaqMan实时荧光定量PCR方法,并对MO HHHT2017株进行全基因组测序,挖掘其中的生物学信息。根据GenBank上已发表的绵羊肺炎支原体HSP70基因序列设计引物和探针,构建标准阳性质粒,建立实时荧光定量PCR方法。试验结果显示,该方法标准曲线线性关系良好,标准曲线的相关系数R2=1.000,斜率Slope=-3.334,扩增效率E=99.5%;敏感性高,可以检测出的最低样品浓度为1×101 copies/μL,是普通PCR的100倍;特异性强,能有效区分巴氏杆菌、链球菌和牛支原体等8种病原;重复性好,组内、组间的Ct值变异系数均小于2%。运用本试验建立的实时荧光定量PCR方法可简便、准确的鉴定绵羊肺炎支原体。该研究成果可为绵羊支原体肺炎的诊断和防控提供技术支撑。对MO HHHT2017株全基因组测序分析结果显示,其基因组全长1019689 bp,GC含量29.068%;预测到基因807个,基因占比86.87%;对全基因组进行了CRISPR预测及COG、GO注释等生物信息学分...
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：53 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
PacBioSMRT测序原理
法对 30 份临床样品进行检测，比较两种方法的检出率，以验证其实用性。2.3 结果2.3.1 常规 PCR 扩增结果将电泳后的琼脂糖凝胶置于紫外凝胶成像系统中观察，结果如图 2 所示，电泳条带出现位置与预期一致，目的片段大小约为 107 bp。2.3.2 重组质粒 PCR 鉴定结果HSP70 重组质粒的 PCR 产物经凝胶电泳试验后的结果如图 3 所示，电泳条带出现位置与预期一致，大小约为 107 bp，表明 HSP70 的目的基因片段与 pMD19-T 克隆载体连接成功。
法对 30 份临床样品进行检测，比较两种方法的检出率，以验证其实用性。2.3 结果2.3.1 常规 PCR 扩增结果将电泳后的琼脂糖凝胶置于紫外凝胶成像系统中观察，结果如图 2 所示，电泳条带出现位置与预期一致，目的片段大小约为 107 bp。2.3.2 重组质粒 PCR 鉴定结果HSP70 重组质粒的 PCR 产物经凝胶电泳试验后的结果如图 3 所示，电泳条带出现位置与预期一致，大小约为 107 bp，表明 HSP70 的目的基因片段与 pMD19-T 克隆载体连接成功。
【参考文献】：
期刊论文
[1]国内部分地区羊支原体肺炎血清学调查及分析[J]. 吴锦艳,尚佑军,陈妍,王光祥,田宏,曹小安,尹双辉,樊天喜,臧金凤,栾志舫,王耀杰,王雪莹,刘湘涛,张志东. 中国预防兽医学报. 2017(02)
[2]绵羊肺炎支原体、丝状支原体山羊亚种和精氨酸支原体多重PCR检测方法的建立及应用[J]. 郑佳琪,黄海碧,王晓晖,刘文浩,麻昌姣,岳全占,郝永清. 中国兽医学报. 2016(07)
[3]绵羊肺炎支原体P71蛋白分段表达及其间接ELISA方法的建立[J]. 黄海碧,郑佳琪,王仁超,王晓晖,陈德浩,王灵芮,郭逸贤,郝永清. 中国预防兽医学报. 2015(08)
[4]羊支原体肺炎综合性防治措施[J]. 王岩. 畜牧兽医科技信息. 2015(06)
[5]CRISPR/Cas9介导的基因编辑技术研究进展[J]. 李聪,曹文广. 生物工程学报. 2015(11)
[6]碳水化合物活性酶数据库（CAZy）及其研究趋势[J]. 王帅,陈冠军,张怀强,王禄山. 生物加工过程. 2014(01)
[7]绵羊肺炎支原体p113基因的序列分析及功能预测[J]. 杨发龙,张焕容,汤承,岳华. 华南农业大学学报. 2013(01)
[8]第三代测序基本原理[J]. 李明爽,赵敏. 现代生物医学进展. 2012(10)
[9]绵羊肺炎支原体免疫蛋白质组学的初步研究[J]. 许健,储岳峰,高鹏程,赵萍,贺英,剡根强,逯忠新. 中国兽医科学. 2012(02)
[10]冬春羊支原体肺炎的科学防治[J]. 张月宗. 现代农村科技. 2011(03)
博士论文
[1]蒙古羊全基因组测序及基于转录组分析的抗寒性状遗传基础研究[D]. 侯成林.内蒙古农业大学 2014
硕士论文
[1]绵羊肺炎支原体的分离鉴定及全基因组序列的测定和分析[D]. 郝瑞霞.内蒙古农业大学 2012
[2]羊肺炎支原体内蒙古分离株的同源性研究及双重PCR检测方法的建立[D]. 张明月.内蒙古农业大学 2012
[3]绵羊肺炎支原体HSP70基因遗传多样性及其在分子检测中的应用[D]. 韩笑.西南民族大学 2012
[4]猪肺炎支原体SYBR GREEN荧光定量PCR检测技术研究[D]. 同戈.中国农业科学院 2007
本文编号：3094337
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：53 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
PacBioSMRT测序原理
法对 30 份临床样品进行检测，比较两种方法的检出率，以验证其实用性。2.3 结果2.3.1 常规 PCR 扩增结果将电泳后的琼脂糖凝胶置于紫外凝胶成像系统中观察，结果如图 2 所示，电泳条带出现位置与预期一致，目的片段大小约为 107 bp。2.3.2 重组质粒 PCR 鉴定结果HSP70 重组质粒的 PCR 产物经凝胶电泳试验后的结果如图 3 所示，电泳条带出现位置与预期一致，大小约为 107 bp，表明 HSP70 的目的基因片段与 pMD19-T 克隆载体连接成功。
法对 30 份临床样品进行检测，比较两种方法的检出率，以验证其实用性。2.3 结果2.3.1 常规 PCR 扩增结果将电泳后的琼脂糖凝胶置于紫外凝胶成像系统中观察，结果如图 2 所示，电泳条带出现位置与预期一致，目的片段大小约为 107 bp。2.3.2 重组质粒 PCR 鉴定结果HSP70 重组质粒的 PCR 产物经凝胶电泳试验后的结果如图 3 所示，电泳条带出现位置与预期一致，大小约为 107 bp，表明 HSP70 的目的基因片段与 pMD19-T 克隆载体连接成功。
【参考文献】：
期刊论文
[1]国内部分地区羊支原体肺炎血清学调查及分析[J]. 吴锦艳,尚佑军,陈妍,王光祥,田宏,曹小安,尹双辉,樊天喜,臧金凤,栾志舫,王耀杰,王雪莹,刘湘涛,张志东. 中国预防兽医学报. 2017(02)
[2]绵羊肺炎支原体、丝状支原体山羊亚种和精氨酸支原体多重PCR检测方法的建立及应用[J]. 郑佳琪,黄海碧,王晓晖,刘文浩,麻昌姣,岳全占,郝永清. 中国兽医学报. 2016(07)
[3]绵羊肺炎支原体P71蛋白分段表达及其间接ELISA方法的建立[J]. 黄海碧,郑佳琪,王仁超,王晓晖,陈德浩,王灵芮,郭逸贤,郝永清. 中国预防兽医学报. 2015(08)
[4]羊支原体肺炎综合性防治措施[J]. 王岩. 畜牧兽医科技信息. 2015(06)
[5]CRISPR/Cas9介导的基因编辑技术研究进展[J]. 李聪,曹文广. 生物工程学报. 2015(11)
[6]碳水化合物活性酶数据库（CAZy）及其研究趋势[J]. 王帅,陈冠军,张怀强,王禄山. 生物加工过程. 2014(01)
[7]绵羊肺炎支原体p113基因的序列分析及功能预测[J]. 杨发龙,张焕容,汤承,岳华. 华南农业大学学报. 2013(01)
[8]第三代测序基本原理[J]. 李明爽,赵敏. 现代生物医学进展. 2012(10)
[9]绵羊肺炎支原体免疫蛋白质组学的初步研究[J]. 许健,储岳峰,高鹏程,赵萍,贺英,剡根强,逯忠新. 中国兽医科学. 2012(02)
[10]冬春羊支原体肺炎的科学防治[J]. 张月宗. 现代农村科技. 2011(03)
博士论文
[1]蒙古羊全基因组测序及基于转录组分析的抗寒性状遗传基础研究[D]. 侯成林.内蒙古农业大学 2014
硕士论文
[1]绵羊肺炎支原体的分离鉴定及全基因组序列的测定和分析[D]. 郝瑞霞.内蒙古农业大学 2012
[2]羊肺炎支原体内蒙古分离株的同源性研究及双重PCR检测方法的建立[D]. 张明月.内蒙古农业大学 2012
[3]绵羊肺炎支原体HSP70基因遗传多样性及其在分子检测中的应用[D]. 韩笑.西南民族大学 2012
[4]猪肺炎支原体SYBR GREEN荧光定量PCR检测技术研究[D]. 同戈.中国农业科学院 2007
本文编号：3094337
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