转IGF-1基因超细毛羊与非转基因羊肠道粪便菌群多样性及组成差异分析
发布时间：2021-04-02 05:49
旨在探究超细毛羊转入IGF-1基因后是否会引起超细毛羊肠道微生物菌群群落改变而导致转基因羊生物安全存在隐患的问题。本研究在同一羊场随机选取临床健康羊3组,其中转IGF-1基因阳性组（GP组）41只（24母（GDF）,17公（GPM））,转基因阴性羊（GN组）43只（25母（GNF）,18公（GNM））,非转基因超细毛羊（NG组）29只（18母（NGF）,11公（NGM））。取直肠粪样,应用IIlumina HiSeq高通量测序技术测定粪便样本中细菌的16S rRNA V3-V4区序列,分析转基因超细毛羊与非转基因羊间肠道粪样细菌群落组成。结果表明,共计得到17个门,32个纲,56个目,94个科,228个属及185个种;LEfSe分析显示,GPF组有10个生物标记物;GPM组有5个,均是反刍动物肠道菌群的常见定植菌;NGF组的生物标记物为拟杆菌BS11科;NGM组为厚壁菌门。均为反刍动物肠道菌群的主要优势菌。3组肠道菌群的共享菌分析显示,在门纲目科属种6个分类水平拥有共享菌比例高达91%～94%。本研究证实,转入IGF-1基因并未改变超细毛羊肠道菌群的整体结构分布,转基因羊具有生物安全及...
【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(10)北大核心CSCD
【文章页数】：16 页
【部分图文】：
GP和NG组肠道菌群LEfSe分析进化分枝图
所有样本均一化处理后3组样本的Venn图显示(图2),3个组共有OTUs为2 455个,GP、GN和NG组独有的OTUs分别有5、1、8个。3组共享OTUs数占全部OTUs总数的98.55%(2 455/2 491), 各组特有的OTUs数仅占OTUs总数的0.562%(14/2 491)。各组间粪样中OTUs组成相似度极高,说明超细毛羊肠道微生态系统相对稳定,受转基因影响的个体差异很微弱。肠道菌群多样性由高到底顺序为NG组>GP组>GN组,但差异不显著。表3 样品测序有效数据统计Table 3 Statistics of effective data for sequencing of samples 样本分组Group 测序序列数PE_read 原始序列数Raw tag 高质量序列标签Clean tag 有效序列数Effective tag 平均测序读长/bpAverage length GC含量/%GC Q20/% Q30/% 有效序列数比率/% Effective GP(n=41) 79 222 76 831 72 591 71 846 415 52.55 97.10 94.55 90.689 5 GN(n=43) 78 537 76 169 71 973 71 160 415 52.67 97.12 94.58 90.607 0 NG(n=29) 79 059 76 757 72 587 71 739 415 52.60 97.13 94.609 90.738 6 P值 P-value 0.842 1 0.764 7 0.797 3 0.865 7 - - 0.935 2 0.961 6 0.926 8 Q30．碱基质量值大于30（测序错配率小于0.1%);Q20．碱基质量值大于20（测序错配率小于1%)Q30means base mass value is greater than 30(sequencing mismatch rate is less than 0.1%);Q20 means base mass value is greater than 20(sequencing mismatch rate is less than 1%)
表3 样品测序有效数据统计Table 3 Statistics of effective data for sequencing of samples 样本分组Group 测序序列数PE_read 原始序列数Raw tag 高质量序列标签Clean tag 有效序列数Effective tag 平均测序读长/bpAverage length GC含量/%GC Q20/% Q30/% 有效序列数比率/% Effective GP(n=41) 79 222 76 831 72 591 71 846 415 52.55 97.10 94.55 90.689 5 GN(n=43) 78 537 76 169 71 973 71 160 415 52.67 97.12 94.58 90.607 0 NG(n=29) 79 059 76 757 72 587 71 739 415 52.60 97.13 94.609 90.738 6 P值 P-value 0.842 1 0.764 7 0.797 3 0.865 7 - - 0.935 2 0.961 6 0.926 8 Q30．碱基质量值大于30（测序错配率小于0.1%);Q20．碱基质量值大于20（测序错配率小于1%)Q30means base mass value is greater than 30(sequencing mismatch rate is less than 0.1%);Q20 means base mass value is greater than 20(sequencing mismatch rate is less than 1%)2.3 各组样品粪便菌群α多样性和组间差异分析
本文编号：3114712
【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(10)北大核心CSCD
【文章页数】：16 页
【部分图文】：
GP和NG组肠道菌群LEfSe分析进化分枝图
所有样本均一化处理后3组样本的Venn图显示(图2),3个组共有OTUs为2 455个,GP、GN和NG组独有的OTUs分别有5、1、8个。3组共享OTUs数占全部OTUs总数的98.55%(2 455/2 491), 各组特有的OTUs数仅占OTUs总数的0.562%(14/2 491)。各组间粪样中OTUs组成相似度极高,说明超细毛羊肠道微生态系统相对稳定,受转基因影响的个体差异很微弱。肠道菌群多样性由高到底顺序为NG组>GP组>GN组,但差异不显著。表3 样品测序有效数据统计Table 3 Statistics of effective data for sequencing of samples 样本分组Group 测序序列数PE_read 原始序列数Raw tag 高质量序列标签Clean tag 有效序列数Effective tag 平均测序读长/bpAverage length GC含量/%GC Q20/% Q30/% 有效序列数比率/% Effective GP(n=41) 79 222 76 831 72 591 71 846 415 52.55 97.10 94.55 90.689 5 GN(n=43) 78 537 76 169 71 973 71 160 415 52.67 97.12 94.58 90.607 0 NG(n=29) 79 059 76 757 72 587 71 739 415 52.60 97.13 94.609 90.738 6 P值 P-value 0.842 1 0.764 7 0.797 3 0.865 7 - - 0.935 2 0.961 6 0.926 8 Q30．碱基质量值大于30（测序错配率小于0.1%);Q20．碱基质量值大于20（测序错配率小于1%)Q30means base mass value is greater than 30(sequencing mismatch rate is less than 0.1%);Q20 means base mass value is greater than 20(sequencing mismatch rate is less than 1%)
表3 样品测序有效数据统计Table 3 Statistics of effective data for sequencing of samples 样本分组Group 测序序列数PE_read 原始序列数Raw tag 高质量序列标签Clean tag 有效序列数Effective tag 平均测序读长/bpAverage length GC含量/%GC Q20/% Q30/% 有效序列数比率/% Effective GP(n=41) 79 222 76 831 72 591 71 846 415 52.55 97.10 94.55 90.689 5 GN(n=43) 78 537 76 169 71 973 71 160 415 52.67 97.12 94.58 90.607 0 NG(n=29) 79 059 76 757 72 587 71 739 415 52.60 97.13 94.609 90.738 6 P值 P-value 0.842 1 0.764 7 0.797 3 0.865 7 - - 0.935 2 0.961 6 0.926 8 Q30．碱基质量值大于30（测序错配率小于0.1%);Q20．碱基质量值大于20（测序错配率小于1%)Q30means base mass value is greater than 30(sequencing mismatch rate is less than 0.1%);Q20 means base mass value is greater than 20(sequencing mismatch rate is less than 1%)2.3 各组样品粪便菌群α多样性和组间差异分析
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