绵羊全基因组连锁不平衡分析和选择信号检测
发布时间：2021-04-11 11:29
选择信号是物种在进化过程中,经历长期的自然和人工选择在基因组上所留下的印迹。通过绵羊全基因组选择信号检测,不仅能够寻找受正向选择（positive selection）相关的候选基因,还能为绵羊品种培育过程中受正向选择的性状所经历过长期的人工选育提供遗传学证据。本研究对苏尼特羊、德国肉用美利奴羊（德美羊）和杜泊羊三个品种,利用Illumina OvineSNP50K芯片数据进行连锁不平衡分析和有效群体大小估计,并利用整合单倍型得分（integrated haplotype score, iHS）方法对绵羊进行全基因组选择信号检测。对SNP芯片数据进行质控后,苏尼特羊、德美羊和杜泊羊分别剩余42616、41371和40734个SNP标记用于LD分析和单倍型推断。利用r2计算LD值,其中苏尼特羊、德美羊和杜泊羊相邻标记之间的平均r2值分别为0.13、0.20和0.22,并构建了基于r2的连锁不平衡衰减图谱。结果表明r2随着标记间距离的增大而减小,但也发现某些远距离标记之间存在较高水平的连锁不平衡。其中苏尼特羊的LD下降的最快；杜泊羊的r2值要略高于德美羊,但是明显的大于苏尼特羊的r2值。在...
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：78 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
绵羊基因组DNA琼脂糖凝胶电泳图（M为15000的标记）
估计标记间距离>10 Mb的连锁不平衡系数。将10 Mb划分为100 kb的间隔，分别计算位于这些标记间距中的所有标记间的连锁不平衡系数的均值。绵羊全基因组范围内的连锁不平衡如图3.4所示，LD随着标记间距离增大而减小，不同品种之间LD下降的程度不同，其中苏尼特羊的LD下降最明显，随后依次是德美羊和杜泊羊；标记间距相同的情况下，不同品种的LD也有所差别，从图中可以看出LD最高的是杜泊羊，其次是德美羊，苏尼特羊的LD最低。I - ? SUN? GMM? DORir>CNi _do ?CNJ -d <m ?■I^,,,■■■■,J0 2000 4000 6000 8000 10000t'liiclfnj距(kb)图3.4三个绵羊品种的连锁不平衡衰减图谱Fig 3.4 Decay map of linkage disequilibrium of three sheep breeds在本研究中，我们也绘制了苏尼特羊的全基因组连锁不平衡分布图，具体信息见图3.5。从图中可以看出绵羊全基因组不同距离SNP间的连锁不平衡变化规律。总体而言
Fig 3.4 Decay map of linkage disequilibrium of three sheep breeds在本研究中，我们也绘制了苏尼特羊的全基因组连锁不平衡分布图，具体信息见图3.5。从图中可以看出绵羊全基因组不同距离SNP间的连锁不平衡变化规律。总体而言，随着标记之间物理距离的增加，LD呈递减趋势，并且LD的变异程度随着标记间物理距离的增大而减小。但是距离较远的SNP之间也存在着较强的连锁不平衡，这说明不仅近距离的标记存在着连锁不平衡，远距离的某些标记也存在着强连锁不平衡(Famir et al. 2000; Smith et al. 2006)。表3.2三个绵羊品种中不同标记距离之间的r2Table 3.2 Average at different intervals in three sheep breeds19
【参考文献】：
期刊论文
[1]利用全基因组连锁不平衡估计中国荷斯坦牛有效群体大小[J]. 尼桂琰,张哲,姜力,马裴裴,张勤,丁向东. 遗传. 2012(01)
[2]内蒙古绒山羊Hox基因家族成员在毛囊中表达的研究[J]. 张燕军,李金泉,尹俊,高爱琴,张文广,赵艳红. 中国畜牧兽医. 2010(04)
[3]中国古代家养动物的动物考古学研究[J]. 袁靖. 第四纪研究. 2010 (02)
[4]内源性绵羊肺腺瘤病毒NM株pol基因的克隆与序列分析[J]. 王宇,刘淑英,韩敏,李建云. 中国兽医杂志. 2007(12)
本文编号：3131173
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：78 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
绵羊基因组DNA琼脂糖凝胶电泳图（M为15000的标记）
估计标记间距离>10 Mb的连锁不平衡系数。将10 Mb划分为100 kb的间隔，分别计算位于这些标记间距中的所有标记间的连锁不平衡系数的均值。绵羊全基因组范围内的连锁不平衡如图3.4所示，LD随着标记间距离增大而减小，不同品种之间LD下降的程度不同，其中苏尼特羊的LD下降最明显，随后依次是德美羊和杜泊羊；标记间距相同的情况下，不同品种的LD也有所差别，从图中可以看出LD最高的是杜泊羊，其次是德美羊，苏尼特羊的LD最低。I - ? SUN? GMM? DORir>CNi _do ?CNJ -d <m ?■I^,,,■■■■,J0 2000 4000 6000 8000 10000t'liiclfnj距(kb)图3.4三个绵羊品种的连锁不平衡衰减图谱Fig 3.4 Decay map of linkage disequilibrium of three sheep breeds在本研究中，我们也绘制了苏尼特羊的全基因组连锁不平衡分布图，具体信息见图3.5。从图中可以看出绵羊全基因组不同距离SNP间的连锁不平衡变化规律。总体而言
Fig 3.4 Decay map of linkage disequilibrium of three sheep breeds在本研究中，我们也绘制了苏尼特羊的全基因组连锁不平衡分布图，具体信息见图3.5。从图中可以看出绵羊全基因组不同距离SNP间的连锁不平衡变化规律。总体而言，随着标记之间物理距离的增加，LD呈递减趋势，并且LD的变异程度随着标记间物理距离的增大而减小。但是距离较远的SNP之间也存在着较强的连锁不平衡，这说明不仅近距离的标记存在着连锁不平衡，远距离的某些标记也存在着强连锁不平衡(Famir et al. 2000; Smith et al. 2006)。表3.2三个绵羊品种中不同标记距离之间的r2Table 3.2 Average at different intervals in three sheep breeds19
【参考文献】：
期刊论文
[1]利用全基因组连锁不平衡估计中国荷斯坦牛有效群体大小[J]. 尼桂琰,张哲,姜力,马裴裴,张勤,丁向东. 遗传. 2012(01)
[2]内蒙古绒山羊Hox基因家族成员在毛囊中表达的研究[J]. 张燕军,李金泉,尹俊,高爱琴,张文广,赵艳红. 中国畜牧兽医. 2010(04)
[3]中国古代家养动物的动物考古学研究[J]. 袁靖. 第四纪研究. 2010 (02)
[4]内源性绵羊肺腺瘤病毒NM株pol基因的克隆与序列分析[J]. 王宇,刘淑英,韩敏,李建云. 中国兽医杂志. 2007(12)
本文编号：3131173
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