猪流行性腹泻病毒遗传变异与进化分析
发布时间：2021-04-12 23:54
猪流行性腹泻（Porcine Epidemic Diarrhea,PED）是由猪流行性腹泻病毒（Porcine Epidemic Diarrhea Virus,PEDV）感染猪只所引起的以呕吐、急性水样腹泻、脱水和体重减轻为临床特征的高度接触性肠道传染病。自2010年底我国南方首先暴发新的PED疫情以来,PEDV迅速席卷了我国各省市地区,给我国养猪行业造成了巨大的经济损失。为了能够更加深入地了解我国现阶段PEDV的流行趋势、遗传变异及其分子演化历程,本研究对2016年底至2018年底所采集的疑似腹泻病料进行了检测和分析,并对部分毒株S基因和全基因组进行测序用以后续的遗传变异分析与分子演化研究。具体结果如下:1.现阶段我国PEDV流行情况本研究中,我们自2016年底至2018年底从湖北、山东、河南、湖南、浙江、广东等18省不同地区不同猪场采集肠组织、粪便病料共计898份,其中肠组织病料636份、粪便病料262份。经检测,PEDV肠组织病料阳性232份,阳性检测率为36.48%;粪便病料阳性81份,阳性检测率为30.92%;检测PEDV总阳性率为34.86%。选择不同发病猪场的部分强阳性样...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：84 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
PEDV基因组（Lee2015）
图 1-2 PEDV S 基因结构Fig.1-2 The structure of PEDV Spike gene冠状病毒能够感染多种哺乳动物，包括人、骆驼以及鸟类等（Fehr and Perlm015），但仅限于感染特定的宿主。冠状病毒对呼吸道和肠道上皮细胞有组织嗜Woo et al 2012, Reguera et al 2014），PEDV 也具有特定的组织趋向性，能在猪小毛上皮细胞或肠细胞中有效复制（Lee 2015）。PEDV S 蛋白主要负责病毒粒子附着于宿主细胞表面、与宿主细胞受体结合导膜融合、促使病毒基因组进入宿主细胞。S 蛋白是一种前体蛋白，其分子质 180-200kDa，能被宿主蛋白酶切割成两个亚基：S1 亚基（20-729aa）和 S2 亚730-1386aa）。S1 蛋白介导病毒粒子与细胞表面受体结合，而 S2 蛋白介导病毒与宿主细胞融合（Li 2012）。PEDV S1 亚基是一个模块化结构，具有四个离散结构域，其中包括一个具有液酸结合活性的 N-末端结构域（N-terminal domain，NTD）（20-324aa）和一个蛋白质受体相互作用的 C-末端结构域（C-terminal domain，CTD）（253-638aa）（
华中农业大学 2019 届硕士研究生学位（毕业）论文挑选部分强阳性病料进行 PEDV S 基因测序，对所挑选的强阳性病料进一步检测 PDCoV、TGEV、GARV 三种常见肠道病毒（图 4-1），排除其它病毒干扰，确保能扩增得到 PEDV 特异性 S 基因片段。PEDV S 基因全长序列被分为 S1-3 的 3 个片段扩增测序拼接，S1 片段长度为 1229bp，S2 片段长度为 2134bp，S3 片段长度为1457bp。将各片段与线性化载体 pBlueScript SK（+）连接，经菌落 PCR 鉴定是否正确，取鉴定正确的菌落摇菌培养，提取质粒后送测序。将测序所得到的碱基序列进行 Blast 同源性分析，确保其为 PEDV S 基因片段。用 SeqMan 软件将 S 基因三段碱基序列进行拼接，去除重叠区域碱基，最终获得 76 份 S 基因全长序列（详细信息可见附表三）。
本文编号：3134212
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：84 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
PEDV基因组（Lee2015）
图 1-2 PEDV S 基因结构Fig.1-2 The structure of PEDV Spike gene冠状病毒能够感染多种哺乳动物，包括人、骆驼以及鸟类等（Fehr and Perlm015），但仅限于感染特定的宿主。冠状病毒对呼吸道和肠道上皮细胞有组织嗜Woo et al 2012, Reguera et al 2014），PEDV 也具有特定的组织趋向性，能在猪小毛上皮细胞或肠细胞中有效复制（Lee 2015）。PEDV S 蛋白主要负责病毒粒子附着于宿主细胞表面、与宿主细胞受体结合导膜融合、促使病毒基因组进入宿主细胞。S 蛋白是一种前体蛋白，其分子质 180-200kDa，能被宿主蛋白酶切割成两个亚基：S1 亚基（20-729aa）和 S2 亚730-1386aa）。S1 蛋白介导病毒粒子与细胞表面受体结合，而 S2 蛋白介导病毒与宿主细胞融合（Li 2012）。PEDV S1 亚基是一个模块化结构，具有四个离散结构域，其中包括一个具有液酸结合活性的 N-末端结构域（N-terminal domain，NTD）（20-324aa）和一个蛋白质受体相互作用的 C-末端结构域（C-terminal domain，CTD）（253-638aa）（
华中农业大学 2019 届硕士研究生学位（毕业）论文挑选部分强阳性病料进行 PEDV S 基因测序，对所挑选的强阳性病料进一步检测 PDCoV、TGEV、GARV 三种常见肠道病毒（图 4-1），排除其它病毒干扰，确保能扩增得到 PEDV 特异性 S 基因片段。PEDV S 基因全长序列被分为 S1-3 的 3 个片段扩增测序拼接，S1 片段长度为 1229bp，S2 片段长度为 2134bp，S3 片段长度为1457bp。将各片段与线性化载体 pBlueScript SK（+）连接，经菌落 PCR 鉴定是否正确，取鉴定正确的菌落摇菌培养，提取质粒后送测序。将测序所得到的碱基序列进行 Blast 同源性分析，确保其为 PEDV S 基因片段。用 SeqMan 软件将 S 基因三段碱基序列进行拼接，去除重叠区域碱基，最终获得 76 份 S 基因全长序列（详细信息可见附表三）。
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