长白山野杂猪和东北民猪背最长肌的mRNA转录组比较分析

发布时间：2021-05-07 21:00

　　本研究通过RNA-seq技术对3个长白山野杂猪与3个东北民猪背最长肌样本进行了mRNA测序和差异分析,从而为筛选长白山野杂猪肉质性状功能基因奠定基础。结果显示:在长白山野杂猪与东北民猪中均有100%以上的序列能完全比对到猪的基因组上,而所转录的基因占总基因的比例在3头长白山野杂猪中平均为59.67%,3头东北民猪为58.73%,而在不同个体间SNP位点数为14 299～19 671;在2个品种猪背最长肌中共表达基因有15 842个,仅在长白山野杂猪中表达的基因有619个,仅在东北民猪中表达的基因有710个;在2个品种猪背最长肌中共获得显著差异表达的基因153个,其中在长白山野杂猪中上调表达的基因有55个,下调表达的基因有98个;GO分析显示,153个差异表达基因被注释到33条GO条目中,其中11条被注释到生物学过程中,11条被注释到细胞组分,11条被注释到分子功能;KEGG分析显示,这些差异表达基因被富集到130条通路中,其中主要与脂肪代谢相关的信号通路有关。结果表明,长白山野杂猪与东北民猪背最长肌中mRNA表达存在差异,这些差异表达基因将是将来研究2个品种猪间肉质差异的主要靶标之一。 

【文章来源】：中国畜牧杂志. 2020,56(09)北大核心

【文章页数】：6 页

【文章目录】：
1 材料和方法
    1.1 实验材料
        1.1.1 实验动物
        1.1.2 采样
        1.1.3 试剂
    1.2 背最长肌总RNA的提取
    1.3 mRNA的高通量测序
        1.3.1 cDNA文库的构建
        1.3.2 cDNA文库的RNA-seq测序与质量控制
        1.3.3 测序序列比对分析与表达水平确定
        1.3.4 差异表达转录本的鉴定
        1.3.5 GO和KEGG富集分析
    1.4 数据分析
2 结果与分析
    2.1 原始序列数据的质量控制
    2.2 测序序列比对
    2.3 转录本表达水平分析
    2.4 差异表达基因分析
    2.5 差异表达基因的GO分析
    2.6 差异基因的KEGG分析
3 讨论
4 结论


【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3174052