新城疫病毒感染鸡胚miRNAs和mRNAs表达谱分析与抗病毒基因的筛选
发布时间：2021-05-08 08:58
新城疫（Newcastle disease）是由新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）引起的一种严重危害养禽业的病毒性传染病,临床症状以高热、呼吸困难、下痢、神经紊乱、黏膜及浆膜出血等为特征,死亡率高,传染性强。该病自1926年发现以来,已经在全球范围内暴发4次大流行,给养禽业带来了巨大的经济损失。由于NDV存在基因型多、变异快及免疫易失败等原因,使得传统疫苗保护力不足,不能有效地控制NDV的感染,因此迫切需要探索新的防治策略。microRNA（miRNA）及基因转录在病毒感染宿主的过程中发挥着重要的调控作用,研究NDV感染后miRNAs和mRNAs表达谱,有利于阐明NDV感染与宿主之间的相互作用,为寻找新的防控靶点和方法提供新的思路和策略。本课题主要研究内容和结果如下:1.鸡胚感染NDV后内脏组织miRNAs表达谱测序及分析通过small RNA测序技术获得NDV强毒株（F48E9）和弱毒株（La Sota）感染的鸡胚内脏组织miRNAs表达谱。对差异表达的miRNAs进行筛选,发现F48E9感染引起了33个miRNAs上调,31个miRNAs下调;La...
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：139 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
abstract
第一章 文献综述
1.1 新城疫病毒的研究进展
1.1.1 NDV的分类及病原学
1.1.2 NDV的分子生物学特征
1.2 高通量测序技术在NDV感染中的应用
1.2.1 转录组测序
1.2.2 microRNA
1.2.3 高通量测序技术在NDV感染中的研究进展
1.3 本研究的目的与意义
第二章 鸡胚感染NDV后内脏组织miRNAs表达谱测序及分析
2.1 材料
2.1.1 SPF鸡胚、细胞与病毒
2.1.2 主要试剂
2.1.3 主要仪器及常用试剂配制
2.2 方法
2.2.1 NDV感染试验及测序样品准备
2.2.2 小RNA测序
2.2.3 数据处理及分析
2.2.4 测序结果验证
2.2.5 质粒构建及细胞转染
2.2.6 NDV感染细胞及病毒滴度测定
2.2.7 Westernblot
2.2.8 双荧光素酶报告基因检测
2.2.9 Real-timequantitativePCR检测目的基因表达
2.2.10 统计学分析
2.3 结果
2.3.1 NDV的感染
2.3.2 SmallRNA测序结果概述
2.3.3 miRNAs差异分析及RT-qPCR结果验证
2.3.4 差异表达miRNAs靶基因的预测及生物信息学分析
2.3.5 差异表达基因gga-miR-375对NDV复制的影响
2.4 讨论
2.5 小结
第三章 鸡胚感染NDV后内脏组织转录组测序分析及抗病毒基因筛选
3.1 材料
3.1.1 SPF鸡、鸡胚、细胞与病毒
3.1.2 主要试剂
3.1.3 主要仪器及常用试剂配制
3.2 方法
3.2.1 NDV感染试验及测序样品准备
3.2.2 转录组测序
3.2.3 数据处理及分析
3.2.4 测序结果验证
3.2.5 基因扩增、质粒构建及细胞转染
3.2.6 IFI35序列分析
3.2.7 组织表达谱检测
3.2.8 NDV感染细胞及病毒滴度测定
3.2.9 Westernblot
3.2.10 间接免疫荧光
3.2.11 统计学分析
3.3 结果
3.3.1 NDV的感染与样品收集
3.3.2 转录组测序结果概述
3.3.3 mRNAs差异分析及RT-qPCR结果验证
3.3.4 差异表达基因生物信息学分析
3.3.5 宿主免疫应答NDV感染相关差异表达基因筛选
3.3.6 NDV逃逸宿主免疫反应差异表达基因筛选
3.3.7 差异表达基因IFI35对NDV复制的影响
3.4 讨论
3.5 小结
第四章 miRNAs-mRNAs关联分析及抗病毒基因筛选
4.1 材料
4.1.1 SPF鸡胚、细胞与病毒
4.1.2 主要试剂
4.1.3 主要仪器及常用试剂的配制
4.2 方法
4.2.1 miRNAs-mRNAs关联分析
4.2.2 靶基因生物信息学分析
4.2.3 质粒构建及细胞转染
4.2.4 NDV感染细胞及病毒滴度测定
4.2.5 Westernblot
4.2.6 双荧光素酶报告基因检测
4.2.7 Real-timequantitativePCR检测目的基因表达
4.2.8 rAd-miR-203a感染鸡胚实验
4.2.9 统计学分析
4.3 结果
4.3.1 NDV感染共同差异表达miRNAs的筛选
4.3.2 NDV感染共同差异表达mRNAs的筛选
4.3.3 miRNAs-mRNAs关联分析
4.3.4 gga-miR-203a与TGM2相关性研究
4.4 讨论
4.5 小结
第五章 病毒基因转录高通量测序研究
5.1 材料
5.1.1 SPF鸡胚、细胞与病毒
5.1.2 主要试剂
5.1.3 主要仪器及常用试剂的配制
5.2 方法
5.2.1 转录组病毒P/V/W转录分析
5.2.2 样品收集及测序样品准备
5.2.3 高通量测序及序列分析
5.3 结果
5.3.1 转录组测序P/V/W频率变化分析
5.3.2 P基因编辑频率研究
5.4 讨论
5.5 小结
全文总结
本研究创新点
参考文献
附录1 主要仪器及常见试剂配方
附录2 小RNA测序数据分析方法
附录3 转录组测序数据分析方法
附录4 数据补充材料
主要缩略词及中英文对照表
致谢
作者简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于新一代高通量测序的环境微生物转录组学研究进展[J]. 蔡元锋,贾仲君. 生物多样性. 2013(04)
[2]Paramyxovirus evasion of innate immunity: Diverse strategies for common targets[J]. Michelle D Audsley,Gregory W Moseley. World Journal of Virology. 2013(02)
[3]鸡胚在生物医学研究中的应用[J]. 王永,李力,李涛,段勇刚. 中国组织工程研究. 2012(11)
[4]转录组研究新技术:RNA-Seq及其应用[J]. 祁云霞,刘永斌,荣威恒. 遗传. 2011(11)
[5]转录组平台技术及其在代谢工程中的应用[J]. 史硕博,陈涛,赵学明. 生物工程学报. 2010(09)
[6]新城疫病毒LaSota疫苗株的蚀斑纯化[J]. 楚电峰,杜元钊,刘相娥,周洁,刘思思,朱吕昌. 畜牧与兽医. 2009(05)
[7]鸡胚模型在生物研究中的应用进展[J]. 王恒,殷慧群,章孝荣. 生命科学. 2009(02)
[8]新城疫病毒（NDV）在免疫鸡胚中增殖条件的优化[J]. 张兴晓,沈志强,马景霞. 中国兽医学报. 2001(02)
博士论文
[1]PHEV感染小鼠大脑皮质mRNA和microRNA表达谱变化及其诱导细胞凋亡机制的研究[D]. 兰云刚.吉林大学 2014
[2]不同宿主来源新城疫病毒全基因组特征及其V蛋白对DF-1细胞IFN-β生成的影响[D]. 陈胜利.西北农林科技大学 2013
[3]新城疫病毒VG/GA毒株反向遗传系统的建立及最佳外源基因表达位置的确定[D]. 赵伟.西北农林科技大学 2013
[4]基于高通量RNA测序的大鼠转录组注释研究[D]. 赵琛.华东师范大学 2013
硕士论文
[1]基于RNA-Seq数据的基因预测和长非编码DNA鉴定的分析方法[D]. 李丽萍.浙江大学 2014
本文编号：3175050
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：139 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
abstract
第一章 文献综述
1.1 新城疫病毒的研究进展
1.1.1 NDV的分类及病原学
1.1.2 NDV的分子生物学特征
1.2 高通量测序技术在NDV感染中的应用
1.2.1 转录组测序
1.2.2 microRNA
1.2.3 高通量测序技术在NDV感染中的研究进展
1.3 本研究的目的与意义
第二章 鸡胚感染NDV后内脏组织miRNAs表达谱测序及分析
2.1 材料
2.1.1 SPF鸡胚、细胞与病毒
2.1.2 主要试剂
2.1.3 主要仪器及常用试剂配制
2.2 方法
2.2.1 NDV感染试验及测序样品准备
2.2.2 小RNA测序
2.2.3 数据处理及分析
2.2.4 测序结果验证
2.2.5 质粒构建及细胞转染
2.2.6 NDV感染细胞及病毒滴度测定
2.2.7 Westernblot
2.2.8 双荧光素酶报告基因检测
2.2.9 Real-timequantitativePCR检测目的基因表达
2.2.10 统计学分析
2.3 结果
2.3.1 NDV的感染
2.3.2 SmallRNA测序结果概述
2.3.3 miRNAs差异分析及RT-qPCR结果验证
2.3.4 差异表达miRNAs靶基因的预测及生物信息学分析
2.3.5 差异表达基因gga-miR-375对NDV复制的影响
2.4 讨论
2.5 小结
第三章 鸡胚感染NDV后内脏组织转录组测序分析及抗病毒基因筛选
3.1 材料
3.1.1 SPF鸡、鸡胚、细胞与病毒
3.1.2 主要试剂
3.1.3 主要仪器及常用试剂配制
3.2 方法
3.2.1 NDV感染试验及测序样品准备
3.2.2 转录组测序
3.2.3 数据处理及分析
3.2.4 测序结果验证
3.2.5 基因扩增、质粒构建及细胞转染
3.2.6 IFI35序列分析
3.2.7 组织表达谱检测
3.2.8 NDV感染细胞及病毒滴度测定
3.2.9 Westernblot
3.2.10 间接免疫荧光
3.2.11 统计学分析
3.3 结果
3.3.1 NDV的感染与样品收集
3.3.2 转录组测序结果概述
3.3.3 mRNAs差异分析及RT-qPCR结果验证
3.3.4 差异表达基因生物信息学分析
3.3.5 宿主免疫应答NDV感染相关差异表达基因筛选
3.3.6 NDV逃逸宿主免疫反应差异表达基因筛选
3.3.7 差异表达基因IFI35对NDV复制的影响
3.4 讨论
3.5 小结
第四章 miRNAs-mRNAs关联分析及抗病毒基因筛选
4.1 材料
4.1.1 SPF鸡胚、细胞与病毒
4.1.2 主要试剂
4.1.3 主要仪器及常用试剂的配制
4.2 方法
4.2.1 miRNAs-mRNAs关联分析
4.2.2 靶基因生物信息学分析
4.2.3 质粒构建及细胞转染
4.2.4 NDV感染细胞及病毒滴度测定
4.2.5 Westernblot
4.2.6 双荧光素酶报告基因检测
4.2.7 Real-timequantitativePCR检测目的基因表达
4.2.8 rAd-miR-203a感染鸡胚实验
4.2.9 统计学分析
4.3 结果
4.3.1 NDV感染共同差异表达miRNAs的筛选
4.3.2 NDV感染共同差异表达mRNAs的筛选
4.3.3 miRNAs-mRNAs关联分析
4.3.4 gga-miR-203a与TGM2相关性研究
4.4 讨论
4.5 小结
第五章 病毒基因转录高通量测序研究
5.1 材料
5.1.1 SPF鸡胚、细胞与病毒
5.1.2 主要试剂
5.1.3 主要仪器及常用试剂的配制
5.2 方法
5.2.1 转录组病毒P/V/W转录分析
5.2.2 样品收集及测序样品准备
5.2.3 高通量测序及序列分析
5.3 结果
5.3.1 转录组测序P/V/W频率变化分析
5.3.2 P基因编辑频率研究
5.4 讨论
5.5 小结
全文总结
本研究创新点
参考文献
附录1 主要仪器及常见试剂配方
附录2 小RNA测序数据分析方法
附录3 转录组测序数据分析方法
附录4 数据补充材料
主要缩略词及中英文对照表
致谢
作者简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于新一代高通量测序的环境微生物转录组学研究进展[J]. 蔡元锋,贾仲君. 生物多样性. 2013(04)
[2]Paramyxovirus evasion of innate immunity: Diverse strategies for common targets[J]. Michelle D Audsley,Gregory W Moseley. World Journal of Virology. 2013(02)
[3]鸡胚在生物医学研究中的应用[J]. 王永,李力,李涛,段勇刚. 中国组织工程研究. 2012(11)
[4]转录组研究新技术:RNA-Seq及其应用[J]. 祁云霞,刘永斌,荣威恒. 遗传. 2011(11)
[5]转录组平台技术及其在代谢工程中的应用[J]. 史硕博,陈涛,赵学明. 生物工程学报. 2010(09)
[6]新城疫病毒LaSota疫苗株的蚀斑纯化[J]. 楚电峰,杜元钊,刘相娥,周洁,刘思思,朱吕昌. 畜牧与兽医. 2009(05)
[7]鸡胚模型在生物研究中的应用进展[J]. 王恒,殷慧群,章孝荣. 生命科学. 2009(02)
[8]新城疫病毒（NDV）在免疫鸡胚中增殖条件的优化[J]. 张兴晓,沈志强,马景霞. 中国兽医学报. 2001(02)
博士论文
[1]PHEV感染小鼠大脑皮质mRNA和microRNA表达谱变化及其诱导细胞凋亡机制的研究[D]. 兰云刚.吉林大学 2014
[2]不同宿主来源新城疫病毒全基因组特征及其V蛋白对DF-1细胞IFN-β生成的影响[D]. 陈胜利.西北农林科技大学 2013
[3]新城疫病毒VG/GA毒株反向遗传系统的建立及最佳外源基因表达位置的确定[D]. 赵伟.西北农林科技大学 2013
[4]基于高通量RNA测序的大鼠转录组注释研究[D]. 赵琛.华东师范大学 2013
硕士论文
[1]基于RNA-Seq数据的基因预测和长非编码DNA鉴定的分析方法[D]. 李丽萍.浙江大学 2014
本文编号：3175050
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3175050.html
