猪全基因组范围ETS基因家族成员的鉴定、进化与表达分析

发布时间：2021-05-16 16:52

　　ETS转录因子家族在动物中广泛存在,参与细胞分化调控、细胞周期控制、细胞调亡等多个生物学过程。文章采用生物信息学方法系统分析猪ETS家族成员进化关系和调控图谱,结合RNA-Seq数据分析其组织表达规律。研究利用Pfam鉴定ETS保守结构域序列检索猪（Sus scrofa）蛋白序列,最终在猪基因组上鉴定得到23个ETS家族基因。分析ETS家族基因、蛋白一级结构和高级结构及亚细胞定位预测。基于最大似然法,构建ETS家族系统发育树发现,可分为11个子家族,子家族成员保守结构域、基因结构、理化性质相似。通过生信分析构建由ETS家族、靶基因和miRNA构成的基因调控网络,筛选出40个"ETS家族基因-miRNA-靶基因"前馈回路。转录表达谱提示ETS家族基因在成年公猪和母猪28种不同类型组织中均有表达,且ETS1基因在免疫组织（淋巴、脾脏）和外周血单核细胞中高表达,SPIC基因在免疫组织（淋巴、脾脏）高表达。研究结果为揭示ETS家族成员生物学功能奠定基础。 

【文章来源】：东北农业大学学报. 2020,51(05)北大核心CSCD

【文章页数】：12 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 ETS基因家族鉴定及特征分析
    1.2 ETS家族基因结构与亚细胞定位预测分析
    1.3 系统进化分析
    1.4 ETS家族参与“转录因子-miRNA-靶基因”前馈回路预测
    1.5 ETS家族成员在猪不同组织中表达特征分析
    1.6 功能富集分析
2 结果与分析
    2.1 ETS基因家族鉴定及特征分析
    2.2 ETS基因家族蛋白质结构与亚细胞定位预测分析
    2.3 ETS基因家族系统进化分析
    2.4 ETS家族参与基因调控网络分析
    2.5 ETS基因家族成员在猪不同组织中表达特征分析
    2.6 ETS基因家族功能富集注释分析
3 讨论与结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]番茄YABBY基因家族的生物信息学分析[J]. 陈秀玲,刘思源,孙婷,刘智琛,陶金宝,赵迎新,王傲雪.  东北农业大学学报. 2017(10)
[2]大豆MIR156基因家族起源与进化模式研究[J]. 朱荣胜,金会会,王志豪,陈庆山.  东北农业大学学报. 2016(02)
[3]番茄PPR基因家族的鉴定与生物信息学分析[J]. 丁安明,李凌,屈旭,孙亭亭,陈雅琼,宗鹏,李尊强,龚达平,孙玉合.  遗传. 2014(01)



本文编号：3190055