NGS技术用于引起奶牛乳房炎的液化沙雷菌的耐药基因的筛选

发布时间：2021-06-10 00:42

　　奶牛乳房炎是成年奶牛最常见的多发性疾病,可从自发病例中分离到多种细菌、真菌、支原体。但是,许多乳房炎的临床病例中,乳汁的细菌培养呈阴性。临床型奶牛乳房炎表现为乳腺肿胀、发热、疼痛或发硬;乳汁可能形成凝块,有时带有血液等。如今对于引起奶牛乳房的细菌的研究集中在大肠杆菌,金黄色葡萄球菌等,对于沙雷菌的研究是很少的,本研究针对广谱耐药的沙雷菌展开研究,采用了 OptiRead自动微生物鉴定及药敏分析系统和Ion torrent S5测序仪,通过全基因组测序,分析吉林省液化沙雷菌的基因表型与耐药表型的相关性。本课题在吉林省15个奶牛场采集300份临床奶牛乳房炎乳样进行细菌分离与革兰氏染色,然后使用OptiRead自动微生物鉴定及药敏分析系统进行鉴定及药敏试验,300份的乳样中分离到了 144株革兰氏阴性菌,其中18株为沙雷菌。然后,选择了 8类14种抗生素进行药敏试验,其中3株沙雷菌表现为完全耐药,其他沙雷菌也有不同程度的耐药情况,最少的也达到了对10种抗生素完全耐药。将完全耐药的3株沙雷菌进行核酸提取并构建了基因利用NGS测序,测序后经系统拼接得到3株液化沙雷菌的全基因组序列,分别将序列与耐... 

【文章来源】：延边大学吉林省 211工程院校

【文章页数】：50 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１血琼脂平板?

图１血琼脂平板?图２革兰氏染色图（１０ｘ１００）??Ｆｉｇ．?１?Ｂｌｏｏｄ?ａｇａｒ?ｐｌａｔｅ?Ｆｉｇ．２?Ｇｒａｍ＇ｓ?ｓｔａｉｎｉｎｇ?（１０ｘ１００）??．１．２生化鉴定??３００份乳样通过血琼脂培养后分离获得１４４株革兰氏阴性菌，１４４株革兰阴性菌再经生化鉴定确定其中大肠杆菌６０株，克雷伯菌４０株，阴沟肠杆菌，沙雷菌１８株，柯氏枸橼酸杆菌３株，产气肠杆菌２株，河生肠杆菌２株，??他菌属１３株（见表９）。??

ＤＮＡ?３７．６３８?０．７３５?０．４５７?１．６４７?１．７８１?５０．０ＤＮＡ?５０．１７０?１．００３?０．６０５?１．６５９?１．４８４?５０．０〇ＮＡ?３３．１６５?０．６６３?０．４２２?１．５７１?１．１９３?５０．０制备结果??管电泳结果??倍稀释的ＤＮＡ样品和未经稀释的ＤＮＡ样品进行毛细管电未经稀释的ＤＮＡ样品因浓度较大，无法直接观察到具体的无法测得浓度结果。５倍稀释过的ＤＮＡ样品得到了理想的，有相对集中的ＤＮＡ片段存在，泳道３在３４１?ｂｐ处有最高３６９．９１?ｎｇ／ｐＬ，泳道４在３１４?ｂｐ和３３３?ｂｐ处有最高浓度，浓Ｌ和２４．３９?ｎｇ／队。泳道６在２４２?ｂｐ－３１７?ｂｐ区域有分散的Ｄ在８６．７４?ｎｇ／ｐＬ。泳道７在２９０?ｂｐ和３０６?ｂｐ处有最高浓度，?３２．５３?ｎｇ／＾Ｌ。泳道?９?在?３２２?ｂｐ?处有最高浓度，为?２１６．７４?ｎｇ９?ｂｐ处有最高浓度，为２２．８５?ｎｇ／叫。??ｎｃｃ????ｍｍｍ??．二?“??


本文编号：3221661