猪传染性胃肠炎病毒HQ2016毒株全基因组测序及半巢式RT-PCR检测方法建立
发布时间：2021-08-20 10:49
猪传染性胃肠炎病毒（Transmissible gastroenteritis virus,TGEV）作为猪传染性胃肠炎病原,是一种急性、高度接触性传染病,该病以呕吐、水样腹泻、脱水和对两周龄内死亡率较高（通常为100%）为特征。TGEV常在每年冬季和春季呈暴发流行,给养猪业造成较大的经济损失。为了获得临床分离毒株TGEV HQ2016全基因组序列,本研究利用Illumina二代测序法对TGEV HQ2016毒株进行全基因组测序,该毒株全序列长度为28 585 nt,全序列由5’端到3’端符合ORF（1a/1b）-S-3a-3b-sM-M-N-ORF7’的顺序。全序列分析显示TGEV HQ2016毒株核苷酸序列与AYU、HX、WH-1、PUR46-MAD、Purdue毒株同源性最高（100%）。全基因组进化树显示TGEV HQ2016毒株与Purdue普系毒株亲缘关系较近,与Miller谱系毒株的亲缘关系较远。重组性分析结果显示,TGEV HQ2016毒株中不存在重组区域。为建立一种检测猪传染性胃肠炎病毒的半巢式RT-PCR方法,本研究利用TGEV HQ2016与已发表于GenBank...
【文章来源】：黑龙江八一农垦大学黑龙江省
【文章页数】：72 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
TGEVS基因结构特点
猪传染性胃肠炎病毒HQ2016毒株全基因组测序及半巢式RT-PCT检测方法建立14AHHF、H16为丙氨酸，JS2012、attentuatedH、MillerM6、TS、PUR46-MAD为丝氨酸（图2-3）。序列分析表明TGEVHQ2016毒株在E、M和N中均没有缺失或者插入，核苷酸与Purdue群的毒株比较也没有发现突变。图2-1TGEVS基因结构特点Fig.2-1ThepropertyofTGEVSgene在1123nt-1128nt的位置TGEVHQ2016毒株与AYU、SC-Y、SHS、HX、WH-1、PUR46-MAD、HE-1、PurdueP115、Z、HB、Mex-145、Purdue相同，缺失6nt的核苷酸（图2-1）The6ntdeletioninSgeneofAYU,SC-Y,SHSB,HX,WH-1,PUR46-MAD、HE-1,PurdueP115,Z,HB,Mex-145andPurduewasfoundintheTGEVHQ2016stain(Fig.2-1).GroupPurdueGroupMiller图2-2TGEVS基因结构特点Fig.2-2ThepropertyofTGEVSgeneTGEVHQ2016毒株在2387-2389nt位置不存在连续3nt的核苷酸缺失现象与attentuatedH、H16、AHHF不同（图2-2）。The3ntdeletioninSgenewasnotfountintheTGEVHQ2016strain,WhichhasfoundinstrainvirulentPurdue、AHHF、JS2012(Fig.2-2).GroupPurdueGroupMiller
TGEVHQ2016的全基因组分析15GroupPurdueGroupMiller图2-3TGEVS基因结构特点Fig.2-3ThepropertyofTGEVSgene在585位氨基酸，HQ2016、AYU、SC-Y、SHSB、HX、WH-1、HE-1、PurdueP115、Z、HB、Mex-145、Purdue、Virulent-Purdue、AHHF、H16为丙氨酸，JS2012、attentuatedH、MillerM6、TS、PUR46-MAD为丝氨酸（图2-3）。TGEVHQ2016strainhadaalaineresidueatacide585ofSprotein,whichwasaslobeenfoundintheAYU,SC-Y,SHSB,HX,WH-1,PUR46-MAD,HE-1,PurdueP115,Z,HB,Mex-145,Purdue,Virulent-Purdue,AHHF,H16,whilethevirulentpurdue,JS2012,attentuatedH,MillerM6,TShadaserineresidue(Fig.2-3).2.3.3非结构基因分析TGEVHQ2016毒株的ORF1a基因分别编码4017个氨基酸和ORF1b编码2068个氨基酸，序列分析结果表明本实验毒株ORF3a编码71个氨基酸，ORF3b编码244个氨基酸，Miller谱系毒株attenuatedH，H16，MillerM6，TS和JS2012在ORF3a的起始密码子“ATG”前有16nt的缺失，在终止密码子“TAA”前和29nt的缺失，而TGEVHQ2016毒株与Purdue群相同不存在这两个位置的缺失（图2-4）。GroupPurduedGroupMiller
【参考文献】：
期刊论文
[1]猪传染性胃肠炎病毒RT-PCR检测方法的建立及应用[J]. 杜雅楠,李静,刘艳成,杜鹏,包福祥. 动物医学进展. 2019(09)
[2]基于DPO引物检测猪传染性胃肠炎病毒real-time RT-PCR方法的建立及应用[J]. 王以欣,王紫微,王丽,姜艳平,崔文,周晗,乔薪瑗,唐丽杰,李一经,徐义刚. 中国兽医学报. 2019(08)
[3]鸡细小病毒半巢式PCR检测方法的建立及初步应用[J]. 奉彬,谢芝勋,张艳芳,黄娇玲,王盛,范晴,黄莉,谢丽基,曾婷婷,罗思思,邓显文,谢志勤,刘加波,宋中宝,林二克. 中国畜牧兽医. 2017(05)
[4]应用巢式PCR法检测猪单个胚胎中的基因突变[J]. 任红艳,肖红卫,李晓敏,徐振宇,毕延震,华再东,郑新民. 中国畜牧兽医. 2016(10)
[5]猪瘟病毒巢式RT-PCR检测方法的建立与应用[J]. 刘梅芬,王淑娟,闫若潜,王东方,曹伟伟,赵雪丽,李勤楠,李宁. 中国畜牧兽医. 2016(09)
[6]国内首株猪德尔塔冠状病毒（Porcine deltacoronavirus）的分离鉴定[J]. 陈建飞,王潇博,焦贺勋,时洪艳,张鑫,刘建波,石达,冯力. 中国预防兽医学报. 2016(03)
[7]猪传染性胃肠炎的诊治[J]. 周兴忠,张金玉. 中国畜牧兽医文摘. 2016(03)
[8]猪传染性胃肠炎的综合防治[J]. 郭一学. 湖北畜牧兽医. 2016(02)
[9]猪传染性胃肠炎免疫胶体金诊断试剂条的研制[J]. 常亮,陈伯祥,杨明,李杰,豆林涛. 畜牧兽医杂志. 2014(06)
[10]猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒和猪博卡病毒多重PCR检测方法的建立[J]. 焦洋,姜焱,王凯民,张常印,雷治海,唐泰山. 动物医学进展. 2013(08)
硕士论文
[1]猪传染性胃肠炎病毒胶体金免疫层析试纸条的研制[D]. 畅丹.东北农业大学 2008
[2]猪传染性胃肠炎病毒四川分离株的分离鉴定及S基因片段克隆和序列分析[D]. 孙志勇.四川农业大学 2005
本文编号：3353360
【文章来源】：黑龙江八一农垦大学黑龙江省
【文章页数】：72 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
TGEVS基因结构特点
猪传染性胃肠炎病毒HQ2016毒株全基因组测序及半巢式RT-PCT检测方法建立14AHHF、H16为丙氨酸，JS2012、attentuatedH、MillerM6、TS、PUR46-MAD为丝氨酸（图2-3）。序列分析表明TGEVHQ2016毒株在E、M和N中均没有缺失或者插入，核苷酸与Purdue群的毒株比较也没有发现突变。图2-1TGEVS基因结构特点Fig.2-1ThepropertyofTGEVSgene在1123nt-1128nt的位置TGEVHQ2016毒株与AYU、SC-Y、SHS、HX、WH-1、PUR46-MAD、HE-1、PurdueP115、Z、HB、Mex-145、Purdue相同，缺失6nt的核苷酸（图2-1）The6ntdeletioninSgeneofAYU,SC-Y,SHSB,HX,WH-1,PUR46-MAD、HE-1,PurdueP115,Z,HB,Mex-145andPurduewasfoundintheTGEVHQ2016stain(Fig.2-1).GroupPurdueGroupMiller图2-2TGEVS基因结构特点Fig.2-2ThepropertyofTGEVSgeneTGEVHQ2016毒株在2387-2389nt位置不存在连续3nt的核苷酸缺失现象与attentuatedH、H16、AHHF不同（图2-2）。The3ntdeletioninSgenewasnotfountintheTGEVHQ2016strain,WhichhasfoundinstrainvirulentPurdue、AHHF、JS2012(Fig.2-2).GroupPurdueGroupMiller
TGEVHQ2016的全基因组分析15GroupPurdueGroupMiller图2-3TGEVS基因结构特点Fig.2-3ThepropertyofTGEVSgene在585位氨基酸，HQ2016、AYU、SC-Y、SHSB、HX、WH-1、HE-1、PurdueP115、Z、HB、Mex-145、Purdue、Virulent-Purdue、AHHF、H16为丙氨酸，JS2012、attentuatedH、MillerM6、TS、PUR46-MAD为丝氨酸（图2-3）。TGEVHQ2016strainhadaalaineresidueatacide585ofSprotein,whichwasaslobeenfoundintheAYU,SC-Y,SHSB,HX,WH-1,PUR46-MAD,HE-1,PurdueP115,Z,HB,Mex-145,Purdue,Virulent-Purdue,AHHF,H16,whilethevirulentpurdue,JS2012,attentuatedH,MillerM6,TShadaserineresidue(Fig.2-3).2.3.3非结构基因分析TGEVHQ2016毒株的ORF1a基因分别编码4017个氨基酸和ORF1b编码2068个氨基酸，序列分析结果表明本实验毒株ORF3a编码71个氨基酸，ORF3b编码244个氨基酸，Miller谱系毒株attenuatedH，H16，MillerM6，TS和JS2012在ORF3a的起始密码子“ATG”前有16nt的缺失，在终止密码子“TAA”前和29nt的缺失，而TGEVHQ2016毒株与Purdue群相同不存在这两个位置的缺失（图2-4）。GroupPurduedGroupMiller
【参考文献】：
期刊论文
[1]猪传染性胃肠炎病毒RT-PCR检测方法的建立及应用[J]. 杜雅楠,李静,刘艳成,杜鹏,包福祥. 动物医学进展. 2019(09)
[2]基于DPO引物检测猪传染性胃肠炎病毒real-time RT-PCR方法的建立及应用[J]. 王以欣,王紫微,王丽,姜艳平,崔文,周晗,乔薪瑗,唐丽杰,李一经,徐义刚. 中国兽医学报. 2019(08)
[3]鸡细小病毒半巢式PCR检测方法的建立及初步应用[J]. 奉彬,谢芝勋,张艳芳,黄娇玲,王盛,范晴,黄莉,谢丽基,曾婷婷,罗思思,邓显文,谢志勤,刘加波,宋中宝,林二克. 中国畜牧兽医. 2017(05)
[4]应用巢式PCR法检测猪单个胚胎中的基因突变[J]. 任红艳,肖红卫,李晓敏,徐振宇,毕延震,华再东,郑新民. 中国畜牧兽医. 2016(10)
[5]猪瘟病毒巢式RT-PCR检测方法的建立与应用[J]. 刘梅芬,王淑娟,闫若潜,王东方,曹伟伟,赵雪丽,李勤楠,李宁. 中国畜牧兽医. 2016(09)
[6]国内首株猪德尔塔冠状病毒（Porcine deltacoronavirus）的分离鉴定[J]. 陈建飞,王潇博,焦贺勋,时洪艳,张鑫,刘建波,石达,冯力. 中国预防兽医学报. 2016(03)
[7]猪传染性胃肠炎的诊治[J]. 周兴忠,张金玉. 中国畜牧兽医文摘. 2016(03)
[8]猪传染性胃肠炎的综合防治[J]. 郭一学. 湖北畜牧兽医. 2016(02)
[9]猪传染性胃肠炎免疫胶体金诊断试剂条的研制[J]. 常亮,陈伯祥,杨明,李杰,豆林涛. 畜牧兽医杂志. 2014(06)
[10]猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒和猪博卡病毒多重PCR检测方法的建立[J]. 焦洋,姜焱,王凯民,张常印,雷治海,唐泰山. 动物医学进展. 2013(08)
硕士论文
[1]猪传染性胃肠炎病毒胶体金免疫层析试纸条的研制[D]. 畅丹.东北农业大学 2008
[2]猪传染性胃肠炎病毒四川分离株的分离鉴定及S基因片段克隆和序列分析[D]. 孙志勇.四川农业大学 2005
本文编号：3353360
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