肠炎沙门氏菌感染后不同时间点鸡盲肠组织转录组分析

发布时间：2021-08-21 00:22

　　肠炎沙门氏菌（Salmonella enteritidis,SE）是一种常见的人畜共患病原菌,不仅能够引起畜禽的肠胃炎疾病或致死,也对人类的健康造成严重威胁,给养禽业和社会造成了严重的经济损失和危害。家禽对肠炎沙门氏菌感染抗性受基因的转录调控,第二代测序技术的高通量、快速、低成本特点加快了转录调控的研究进展。本研究拟通过高通量测序技术分析肠炎沙门氏菌感染济宁百日鸡后不同时间盲肠组织的转录调控。利用肠炎沙门氏菌感染2日龄沙门氏菌阴性济宁百日鸡,感染后第1、3、7、14天采集试验组和对照组盲肠组织样品,提取RNA,利用第二代测序技术进行测序,通过生物信息学分析鉴定不同时间点转录组变化、信号通路和功能。结果显示:（1）对测序原始数据进行过滤,24个样品中获得189.7Gb数据,平均每个样品为7.9Gb。对试验组与对照组进行差异表达基因的分析,感染后第1天（1dpi）共529个基因的表达显著差异（P<0.05、|log2 fold change|>1）,其中上调基因258个,下调基因271个;3dpi时显著差异表达基因数目最多,共1477个,其中上调基因782个,下调基因695个;... 

【文章来源】：山东农业大学山东省

【文章页数】：77 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

差异表达基因的数量和关系

山东农业大学硕士学位论文27图2四个时间点差异表达基因KEGG富集结果Figure.2EnrichedKEGGpathwaysofdifferentiallyexpressedgenesatfourtimepoints

肠炎沙门氏菌感染后不同时间点鸡盲肠组织转录组分析283.4.2GO富集分析将每个时间点显著上调和显著下调的差异基因分开，之后分别进行GO分析，有助于了解机体在该时间点的具体表达情况，也有助于动态比较不同时间的转录组的表达变化。在1dpi时上调的差异表达基因显著富集于阴离子转运（aniontransport）、有机阴离子转运（organicaniontransport）、离子转运（iontransport）、转运体（symporter）、活性离子跨膜转运活性（activeiontransmembranetransporteractivity）、羧酸跨膜转运活性（carboxylicacidtransmembranetransporteractivity）等terms（图3）。图31dpi上调基因显著富集的GOtermFigure.3TheenrichedGOtermofup-regulategenesat1dpi1dpi的下调基因显著富集于多细胞组织过程（multicellularorganismalprocess）、离子跨膜转运（iontransmembranetransport）、细胞投射（cellprojection）、肌节（sarcomera）等。还有7个通道活性相关term如离子通道活性（ionchannelactivity）、阳离子通道活性（cationchannelactivity）、门通道活性（gatechannelactivity）等（图4）。


本文编号：3354502