基于转录组和蛋白质组分析鸡对肠炎沙门氏菌感染的表达调控
发布时间：2021-09-16 19:31
肠炎沙门氏菌（Salmonella enteritidis,SE）是常见的人畜共患病原菌,能够侵染家禽消化道,引起消化系统急性炎症甚至发病致死,亦可引起人类感染,造成人食物中毒,严重影响家禽业的健康发展,同时对人类健康带来严重威胁。提高鸡对肠炎沙门氏菌感染的遗传抗性,是提高家禽健康养殖水平、降低食源性病原菌对公共卫生的危害的有效途径。转录调控是鸡对肠炎沙门氏菌感染的重要调控方式。测序技术的发展使得我们能够从组学水平研究鸡对肠炎沙门氏菌感染的调控机制。目前已有多个关于鸡对肠炎沙门氏菌感染的转录组调控的报告,然而从转录到蛋白表达是一个复杂的过程,对于鸡感染沙门氏菌引起的转录水平和蛋白组水平变化的差异了解甚少。本研究采用转录组测序和iTRAQ蛋白定量分析技术揭示济宁百日鸡在转录和蛋白水平对肠炎沙门菌感染的表达调控机制。结果显示:（1）转录组测序共获得49.27G原始数据。与参考基因组比对后,共得到16190个基因,筛选到365个显著差异表达基因（Fold Change>2,P<0.05）,其中上调基因200个,下调基因165个。差异表达基因共显著富集到28个生物过程（P<0...
【文章来源】：山东农业大学山东省
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
iTRAQ工作流程
山东农业大学硕士学位论文2.2 差异表达基因的鉴定我们将鉴定到的基因根据其表达量进行 Log2 转换，得到鉴定基因表达量分布图。通过 RNA-seq 共鉴定到 16190 个基因，通过筛选，共得到显著差异表达基因（Fold change ≥ 2，P＜ 0.05），其中包括上调基因 200 个，下调基因 165 个（图
GO(Gene Ontology)是用来对基因的功能进行分类的国际标准分类体系。GO 主要包括主要三部分，即：分子功能(Molecular function)；生物过程(Biological process)；细胞组成(Cellular component)。本试验6个样品的差异基因GO注释分类结果见图4。在GO-BP中差异表达基因显著富集的生物学过程主要有炎症反应、免疫反应、炎症反应调节、toll样受体 6 信号通路、氧化损伤过程、谷胱甘肽代谢过程等免疫过程和部分代谢过程。GO-CC 中主要富集到的细胞组分是钠通道复合物、外泌体、细胞外空间等组分；在GO-MF 中富集到的分子功能主要是 GTP 酶活性、受体活性等。其中生物过程中主要富集在免疫相关过程（图 4）。图 4 差异表达基因 GO 功能富集图Figure.4 The enriched Gene Ontology (GO) terms of differentially expressed genes3.2.5 差异表达基因显著功能富集KEGG 通路富集分析能准确的将单个基因富集在某个代谢途径中的某一个确切的位置节点上。我们通过 DAVID 对差异表达基因进行 KEGG 通路富集分析。结果表明共富集到 6 条通路，主要富集在药物代谢-细胞色素 P450、细胞因子-细胞因子受体互作及Jak-STAT 信号通路等通路上（图 5）
【参考文献】：
期刊论文
[1]禽副伤寒的诊断和防治[J]. 薛强. 畜牧兽医科技信息. 2017(08)
[2]食源性沙门氏菌的研究进展[J]. 杨怀珍,牟亚,罗薇. 黑龙江畜牧兽医. 2016(07)
[3]禽沙门氏菌病防控策略及其疫苗研究概述[J]. 王真,成杰,沈思,宋俊辽,鲁琳. 北京农学院学报. 2015(02)
[4]敲除Meq基因的重组鸡马立克氏病毒与CVI988/Rispens疫苗株免疫保护效力的比较[J]. 段伦涛,苏帅,王一新,李思菲,孙鹏,陈文青,崔治中. 微生物学报. 2014(11)
[5]转录组与RNA-Seq技术[J]. 张春兰,秦孜娟,王桂芝,纪志宾,王建民. 生物技术通报. 2012(12)
[6]奶牛乳铁蛋白基因PCR-RFLP与隐性乳房炎的相关性分析[J]. 赵长红,何高明,王彦亮,张兆霞. 畜禽业. 2008(12)
[7]基因芯片与高通量DNA测序技术前景分析[J]. 滕晓坤,肖华胜. 中国科学（C辑:生命科学）. 2008(10)
[8]欧洲家禽沙门氏菌病的流行现状及其控制[J]. 本刊编辑部. 中国家禽. 2007(11)
[9]同位素标记相对和绝对定量技术研究进展[J]. 罗治文,朱樑,谢谓芬. 中国生物工程杂志. 2006(10)
[10]树突状细胞在沙门氏菌感染获得性免疫中的作用[J]. 潘志明,黄金林. 国外医学(免疫学分册). 2005(06)
硕士论文
[1]雌雄鸡胚性腺RNA测序分析[D]. 何川.上海交通大学 2011
本文编号：3397164
【文章来源】：山东农业大学山东省
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
iTRAQ工作流程
山东农业大学硕士学位论文2.2 差异表达基因的鉴定我们将鉴定到的基因根据其表达量进行 Log2 转换，得到鉴定基因表达量分布图。通过 RNA-seq 共鉴定到 16190 个基因，通过筛选，共得到显著差异表达基因（Fold change ≥ 2，P＜ 0.05），其中包括上调基因 200 个，下调基因 165 个（图
GO(Gene Ontology)是用来对基因的功能进行分类的国际标准分类体系。GO 主要包括主要三部分，即：分子功能(Molecular function)；生物过程(Biological process)；细胞组成(Cellular component)。本试验6个样品的差异基因GO注释分类结果见图4。在GO-BP中差异表达基因显著富集的生物学过程主要有炎症反应、免疫反应、炎症反应调节、toll样受体 6 信号通路、氧化损伤过程、谷胱甘肽代谢过程等免疫过程和部分代谢过程。GO-CC 中主要富集到的细胞组分是钠通道复合物、外泌体、细胞外空间等组分；在GO-MF 中富集到的分子功能主要是 GTP 酶活性、受体活性等。其中生物过程中主要富集在免疫相关过程（图 4）。图 4 差异表达基因 GO 功能富集图Figure.4 The enriched Gene Ontology (GO) terms of differentially expressed genes3.2.5 差异表达基因显著功能富集KEGG 通路富集分析能准确的将单个基因富集在某个代谢途径中的某一个确切的位置节点上。我们通过 DAVID 对差异表达基因进行 KEGG 通路富集分析。结果表明共富集到 6 条通路，主要富集在药物代谢-细胞色素 P450、细胞因子-细胞因子受体互作及Jak-STAT 信号通路等通路上（图 5）
【参考文献】：
期刊论文
[1]禽副伤寒的诊断和防治[J]. 薛强. 畜牧兽医科技信息. 2017(08)
[2]食源性沙门氏菌的研究进展[J]. 杨怀珍,牟亚,罗薇. 黑龙江畜牧兽医. 2016(07)
[3]禽沙门氏菌病防控策略及其疫苗研究概述[J]. 王真,成杰,沈思,宋俊辽,鲁琳. 北京农学院学报. 2015(02)
[4]敲除Meq基因的重组鸡马立克氏病毒与CVI988/Rispens疫苗株免疫保护效力的比较[J]. 段伦涛,苏帅,王一新,李思菲,孙鹏,陈文青,崔治中. 微生物学报. 2014(11)
[5]转录组与RNA-Seq技术[J]. 张春兰,秦孜娟,王桂芝,纪志宾,王建民. 生物技术通报. 2012(12)
[6]奶牛乳铁蛋白基因PCR-RFLP与隐性乳房炎的相关性分析[J]. 赵长红,何高明,王彦亮,张兆霞. 畜禽业. 2008(12)
[7]基因芯片与高通量DNA测序技术前景分析[J]. 滕晓坤,肖华胜. 中国科学（C辑:生命科学）. 2008(10)
[8]欧洲家禽沙门氏菌病的流行现状及其控制[J]. 本刊编辑部. 中国家禽. 2007(11)
[9]同位素标记相对和绝对定量技术研究进展[J]. 罗治文,朱樑,谢谓芬. 中国生物工程杂志. 2006(10)
[10]树突状细胞在沙门氏菌感染获得性免疫中的作用[J]. 潘志明,黄金林. 国外医学(免疫学分册). 2005(06)
硕士论文
[1]雌雄鸡胚性腺RNA测序分析[D]. 何川.上海交通大学 2011
本文编号：3397164
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3397164.html
