安格斯牛下丘脑和垂体转录组学的分析及与繁殖性状的相关验证

发布时间：2021-09-19 02:36

　　畜禽的繁殖性能直接影响了后代品质及经济效益,只有尽可能的发挥牛的繁殖潜力,加快牛群的繁殖速度,才能降低生产成本,发挥经济效益。因此,为了提高畜禽的繁殖性能,在此方面的研究一直没有停下。关于性腺轴对繁殖行为的调控机理已经有一定理解,但是尚不完全清楚哪个基因或哪些基因的相互作用影响了不同发育阶段的繁殖性能差异。安格斯牛优点众多,生长迅速,泌乳力强,性成熟早,平均12-14月龄时达到性成熟,18月龄基本上可以进行初配,30月龄完成头胎生产。目前由于安格斯牛优质的肉用性能和种用价值,受到养殖业者的热烈追捧。因此,进一步提高对生殖调控网络的认识,应用于安格斯牛的生产实践,是提高繁殖力增加经济价值的重点。本课题挑选了6月龄、18月龄和30月龄的安格斯母牛按月龄分为3组,每组各3头,组内牛的生理状态、体型体态相近。取垂体和下丘脑组织用于高通量测序,根据基因表达量系统挖掘影响安格斯牛繁殖性能的差异基因,为后续育种改良及重要候选基因的挖掘提供理论基础,也为安格斯牛生殖调控网络的完善提供有效依据。经过测序质量控制,在18个样品的转录组分析中,共获得129.18Gb Clean Data,各样品Clean ... 

【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

HISAT2比对流程表

20用BLAST软件，将目的基因与STRING数据库中的蛋白质进行序列比对，寻找同源蛋白，根据同源蛋白的互作关系对构建互作网络。构建完成的蛋白质互作网络可导入Cytoscape软件进行可视化。1.3结果分析1.3.1CleanReads概述在18个样品的转录组分析中，共获得129.18GbCleanData，各样品CleanData均达到6.30Gb，且Q30的碱基百分率均不小于94.19％,GC含量大于47.61％。比对效率指MappedReads占CleanReads的百分比，是转录组数据利用率的最直接体现。比对效率除了受数据测序质量影响外，还与指定的参考基因组组装的优劣、参考基因组与测序样品的生物学分类关系远近（亚种）有关。本试验在保证参考基因组质量的前提下，转录组数据和参考基因组序列的比较，各样品的CleanReads和参考基因组的比对效率在95.06％-96.53％（表1.3），表明所选参考基因组装配符合信息分析需求。同时，对指定参考基因组不同区域（外显子，内含子和基因间区域）的MappedReads进行计数。理论上，来自成熟mRNA的Reads应比对到外显子区，在这项研究中，有65％的读段与该区域对齐；由于mRNA前体和可变剪切力的不变保留，18.4％的读段与内含子区域对齐，因为不完善的基因组注释，有16.6％的读段与基因间区域对齐（图1.2）。图1.2基因组不同区域Reads分布图Fig1.2Distributionofreadsindifferentregionsofthegenome1.3.2SNP/Indel分析SNP/Indel网站信息见附录注释表A。在这里，根据碱基取代的不同方法，对每个样品的SNP转换和颠换进行计数。在各样品中，大多数碱基取代均为碱基A和G之间的替换，

21且各样品碱基转换的可能性均超过70％，远远超过了颠换，同时，杂合SNP位点超过37.68％（表1.4）。18个样品的SNP密度集中在每1000bp序列0-2个碱基取代处的基因均是最多的，且随着SNP密度的增加，基因数量减少。此外，通过SNP/Indel注释分析，我们发现每个样品中都出现了一定程度的同义突变，这可能与蛋白质功能的变化有关（图1.3）。图1.3SNP密度分布及注释信息分布图Fig1.3SNPdensitydistributionandannotationinformationdistribution

【参考文献】：
期刊论文
[1]安格斯牛的选育[J]. 李付强,刘莹莹,张佰忠,罗新国,肖兵南.  中国畜禽种业. 2009(04)

硕士论文
[1]引进安格斯牛在新疆北部地区的适应性观察[D]. 王凯.石河子大学 2017
[2]安格斯牛主要卵巢疾病的调查、B超诊断及其中药治疗的研究[D]. 王海滨.石河子大学 2016



本文编号：3400837