基于猪60K芯片数据鉴别藏猪的高原适应性选择信号

发布时间：2021-10-28 09:08

　　藏猪俗称“藏雪豚”，是生活在青藏高原的本地家养动物之一。由于青藏高原地理位置险峻，自然环境极端，比如低氧、强紫外线辐射和气温低等，藏猪为了适应这种环境生存和生产，已经形成了许多的特性如：适应低氧环境，抗紫外线辐射，抗病性，反应灵敏等。藏猪这些特性引起了越来越多科研工作人员的兴趣，目前已经有一些文章报道了藏猪高原适应性的分子遗传机理。但由于青藏高原地域辽阔，不同地域的藏猪进化历史略有不同，且藏猪高原适应性的遗传机理复杂，藏猪高原适应性的分子机理还需要更为深入的研究。本研究使用高密度SNP基因芯片对来自5个藏区和28个低原地区群体的共593头猪进行基因分型。同时我们整合了来自Dryad网站的6个中西方猪种共85头猪的60k基因芯片分型数据。通过一系列的遗传统计分析工具和基因组学方法，我们发现5个藏猪群体在进化和地理位置上有明显的分化，将其分为西藏藏猪（TT），甘肃藏猪（GST）和四川云南藏猪（SCYN）三个群体。通过使用基于种群分化系数FST的LSBL分析方法，应用0.5%的LSBL分布临界阈值，我们分别鉴定到207个藏猪群体特有的和共享的高原适应性正向选择候选位点。相对应地，在甘肃藏猪、... 

【文章来源】：江西农业大学江西省

【文章页数】：62 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
    1 青藏高原地貌特征
    2 藏猪的生物学特征及分布
        2.1 藏猪的生物学特征
        2.2 藏猪的分布
    3 藏猪近年来研究概况
    4 其他物种高原适应性研究概况
    5 EGLN1、EPAS1、和 ADAM17 基因
        5.1 EGLN1 基因
        5.2 EPAS1 基因
        5.3 ADAM17 基因
    6 藏猪高原适应性基础遗传机理尚未解决的问题
    7 本研究的目的及意义
第二章 研究正文
    1 引言
    2 实验材料和方法
        2.1 实验动物
        2.2 实验样品准备
        2.3 60k 芯片扫描实验
        2.4 EGLN1﹑EPAS1 和 ADAM17 基因区域中 56 个 SNPs 的挑选
        2.5 统计分析
        2.6 候选基因的注释及 GO、KEGG 分析
    3 结果
        3.1 不同藏猪群体特异的选择信号
        3.2 藏猪群体共享的全基因组选择信号
        3.3 EGLN1、EPAS1、ADAM17 三个基因在藏猪中的信号选择
    4 分析与讨论
        4.1 LSBL 统计方法
        4.2 藏猪群体特异性受选择的信号结果分析
        4.3 藏猪共享的受选择位点和基因
        4.4 EGLN1、EPAS1 和 ADAM17 三个基因在藏猪中选择信号
        4.5 展望
小结
参考文献
致谢
附录


【参考文献】：
期刊论文
[1]高原环境中藏猪血液生理指标测定与比较[J]. 强巴央宗,张浩,白玛央宗,刘金凤,商鹏,丹增旺久.  西南农业学报. 2011(06)
[2]藏猪在高山峡谷地区舍饲饲养观察[J]. 吴建平,李有智,冯卫东,王丽萍,杨定康.  畜禽业. 2010(05)
[3]两个藏猪类群微卫星DNA遗传多样性的研究[J]. 张亚妮,张恩平,吴迪,张涛,李相运,任战军,耿社民.  西北农林科技大学学报(自然科学版). 2004(06)
[4]青藏高原的主要环境效应[J]. 莫申国,张百平,程维明,谭娅,肖飞,武红智.  地理科学进展. 2004(02)
[5]初论陆-陆碰撞与成矿作用——以青藏高原造山带为例[J]. 侯增谦,吕庆田,王安建,李晓波,王宗起,王二七.  矿床地质. 2003(04)
[6]小型猪在医学实验中的应用[J]. 詹纯列,徐本法,白朝晖.  中国实验动物学杂志. 2000(02)
[7]藏猪起源和品种遗传独特性的研究[J]. 田志华,张成忠,钟金城,袁季广.  西南民族学院学报(自然科学版). 1999(04)
[8]藏猪血液蛋白多态性的研究[J]. 田志华,张成忠,钟金城,袁季广.  西南民族学院学报(自然科学版). 1999(03)
[9]藏猪调查研究报告[J]. 段诚中.  中国畜牧杂志. 1980(01)

博士论文
[1]藏猪β-珠蛋白基因与其低氧遗传适应的关系[D]. 杨会强.中国农业科学院 2010
[2]藏猪几个重要遗传特性基因的研究[D]. 应三成.四川大学 2007

硕士论文
[1]藏猪行为学观察及规模养殖工艺研究[D]. 康健.四川农业大学 2013



本文编号：3462598