家鸡SSR和MHC位点的进化关系及群体遗传结构分析

发布时间：2021-11-15 14:47

　　DNA分子多态性为鉴定物种的遗传多样性和群体结构提供了重要信息。在研究各种家养动物的群体内遗传多样性和群体间遗传关系和结构中，微卫星DNA标记（SSR）是应用最为广泛的遗传标记之一。迄今为止，有许多研究应用这些中性基因座对来自全世界各大洲和不同生产、管理及历史背景的家鸡群体遗传多样性和群体遗传结构进行了评估和分析，发现群体遗传结构与它们的地理分布基本一致，而遗传多样性水平则与其管理背景相关。鸡主要组织相容性复合物（MHC）位于鸡16号染色体上，是基因组中最高变异区域。MHC区域编码的基因在免疫系统内起到主要作用，许多MHC基因编码的蛋白参与抗原与T细胞呈递过程。所以研究MHC区域的多样性有助于理解病原与宿主间的相互作用。目前，尽管MHC区域的受选择的性质还不清楚，但已有三种假设，如杂合优势、稀有等位基因优势和波动选择，用于解释MHC的高度遗传多样性。本研究旨在比较MHC区域多态性和常染色体微卫星体系所代表的基因组水平遗传多样性和群体结构的异同，探索MHC的进化机制，评价MHC区域的遗传多样性是否适用于研究群体的遗传关系。本研究通过对来自不同大洲、不同背景及培育历史的25个家鸡和野生原鸡... 

【文章来源】：中国农业科学院北京市

【文章页数】：151 页

【学位级别】：博士

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摘要
Abstract
第一章 引言
    1.1 鸡的起源
        1.1.1 单起源学说
        1.1.2 多起源学说
    1.2 家鸡的遗传多样性的研究进展
        1.2.1 线粒体 DNA 遗传多样性
        1.2.2 微卫星 DNA 遗传多样性水平
        1.2.3 SNP 多样性分析
    1.3 微卫星标记及其应用
        1.3.1 微卫星分子技术简介
        1.3.2 SSR DNA 结构概述
        1.3.3 微卫星的形成
        1.3.4 SSR DNA 在基因组中的功能
        1.3.5 SSR DNA 位点信息获取
        1.3.6 SSR DNA 的应用
    1.4 MHC 研究进展
        1.4.1 MHC 基因结构
        1.4.2 MHC 基因功能
        1.4.3 MHC 的遗传特性
        1.4.4 MHC 基因在动物遗传学基础研究上的意义
        1.4.5 MHC 与进化相关
        1.4.6 鸡 MHC 研究进展
    1.5 研究目的和意义
第二章 SSR 和 MHC 比较分析世界范围内鸡种群体遗传结构
    2.1 实验材料与方法
        2.1.1 样品的采集
        2.1.2 主要仪器和设备
        2.1.3 主要药品
        2.1.4 试剂配置
        2.1.5 遗传标记信息及 PCR 反应体系
        2.1.6 数据分析
    2.2 结果与分析
        2.2.1 MHC 位点基因型判定及多样性分析
        2.2.2 群体多样性分析
        2.2.3 群体间差异结果
        2.2.4 MHC 与 SSR 间群体差异程度相关分析结果
        2.2.5 STRUCTURE 群体结构分析结果
第三章 远距离大样本群体 MHC 遗传结构差异分析
    3.1 实验材料与方法
        3.1.1 样品的采集
        3.1.2 主要实验仪器
        3.1.3 主要试剂
        3.1.4 主要试剂配制
        3.1.5 遗传标记信息及反应体系
        3.1.6 等位基因片段长度分析
        3.1.7 数据统计分析
    3.2 结果与分析
        3.2.1 基因组 DNA 的检测
        3.2.2 微卫星多态性的检测
        3.2.3 群体内 MHC 遗传多样性评估
        3.2.4 MHC 群体遗传结构差异
第四章 讨论
第五章 全文结论
参考文献
附录
致谢
作者简历


【参考文献】：
期刊论文
[1]文昌鸡线粒体DNA控制区序列遗传多样性分析[J]. 廖承红,王华伟,梁浩,张建行,韦双双,周海龙.  广东农业科学. 2012(12)
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[3]基于线粒体CO Ⅰ基因15个鸡种的DNA编码研究[J]. 高玉时,唐修君,屠云洁,陆俊贤,薛茂云,施祖灏,张小燕.  中国农业科学. 2011(03)
[4]基于线粒体COⅠ基因的2个新发现鸡种资源DNA编码研究[J]. 唐修君,高玉时,屠云洁,陆俊贤,张小燕.  中国畜牧兽医. 2011(01)
[5]中国家鸡和红色原鸡mtDNA控制区遗传多态性及系统进化分析[J]. 包文斌,束婧婷,王存波,张红霞,Steffen Weigend,陈国宏.  畜牧兽医学报. 2008(11)
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[7]MHC及其在动物遗传与育种方面的应用[J]. 张婷.  贵州畜牧兽医. 2008(03)
[8]中国6个地方鸡品种的母系起源[J]. 宋春红,陈红菊,马月辉,唐辉,曹顶国,樊新忠,姜运良.  畜牧兽医学报. 2007(07)
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硕士论文
[1]南阳牛BoLA-DRA基因克隆、序列分析及表达[D]. 楚秋霞.西北农林科技大学 2010
[2]两种果蝠微卫星位点筛选及通用性研究[D]. 邵伟伟.广西师范大学 2008



本文编号：3496982