静原鸡miR-107的靶基因预测及生物信息学分析
发布时间：2022-01-02 02:05
为探究miR-107在静原鸡肌肉组织肌苷酸特异性沉积过程中的调控机制,本研究利用相关生物信息学软件和数据库对静原鸡miR-107进行了靶基因预测与生物信息学分析。通过转录组测序获取静原鸡miR-107序列,进行序列比对和保守性分析;通过TargetScan、miRDB和PicTar预测结果的交集并结合miRTarbase中已证实的靶基因集合,取二者并集,采用OmicShare工具对基因集合进行GO功能富集和信号通路富集分析,并讨论HMED数据库中miR-107在不同组织和疾病中的表达水平。结果显示,miR-107序列在各物种间高度保守,miR-107调控的靶基因GO功能富集主要包括细胞过程、生物调节、代谢过程、刺激反应等生物学过程和结合、催化活性、转录调节活性等分子功能;靶基因存在于细胞的多个组分中,包括细胞器、细胞膜、含蛋白质复合物。信号转导通路显著富集于癌症中的microRNAs途径（microRNAs in cancer）、人乳头瘤病毒感染（human papillomavirus infection）、癌症中途径（pathways in cancer）、PI3K-Akt信号通路...
【文章来源】：中国畜牧兽医. 2020,47(09)北大核心
【文章页数】：11 页
【部分图文】：
miR-107在不同组织和疾病中的表达水平
表2 不同物种miR-107成熟序列一致性分析Table 2 Consistency analysis of miR-107 mature sequence in different species 名称Names 成熟序列 Μaturesequences( 5 ′ → 3 ′ ) 片段长度Fragment length/bp cfa-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAU 21 bta-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUC 22 hsa-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 ggo-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 ssc-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 xtr-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 rno-miR-107-3p AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 mmu-miR-107-3p AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 mml-miR-107-3p AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 gga-miR-107-3p AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23表3 miR-107的靶基因统计Table 3 Statistics of target genes of miR-107 来源Source 数目Number/个 靶基因Target genes TargetScan(T) 835 RNF38、PPP6R2、TRIAP1、MED26、NPAS3、ANO3、ARIH2等 miRDB(M) 821 DICER1、SCN8A、AGFG1、KIF21A、NPAS3、MED26、ANO3等 PicTar(P) 586 ARL2、DICER1、LUZP1、KIF1B、MAMSTR、BCL2L2、ZNRF2等 miRTarbase(R) 44 PLAG1、BACE1、CDK6、MYB、VEGFA、HIF1A、ARNT、CDCA4等 T∩P∩M 112 COBLL1、BTG2、CNTNAP1、VAMP8、RNF38、RAB1B、HIC2等 T∩P∩M∪R 147 COBLL1、BTG2、CNTNAP1、VAMP8、RNF38、HIC2、HERC2等
对miR-107的147个靶基因进行GO功能富集分析,结果发现,在生物学过程层面,细胞过程富集基因最多,生物调节、生物过程调节和代谢过程次之;在分子功能层面,靶基因显著富集的功能条目为结合,其次是催化活性;在细胞成分层面,靶基因显著富集的功能条目有细胞组分、细胞、细胞器、细胞器组分等(P<0.05)(图2)。2.4 miR-107靶基因KEGG富集分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]静原鸡ELOVL5基因遗传多样性研究[J]. 张娟,母童,赵平,陈佳萍,冯小芳,郭鹏,武泽文,刘丽元,蒋秋斐,顾亚玲. 浙江农业学报. 2019(02)
[2]蛋白质水平对牛肉肌苷酸含量的影响[J]. 徐英,李石友,李琦华,段刚,杨国荣,梁应海. 西南农业学报. 2011(01)
[3]PI3K/Akt信号通路的调控与肿瘤血管生成[J]. 费洪荣,王凤泽. 生命的化学. 2010(01)
[4]鸡肉的鲜度与K值（上）[J]. 野崎义孝,南基哲,蒋国文. 国外畜牧科技. 1994(03)
博士论文
[1]miR-378a-3p、miR-107和相关circRNA调控牛肌细胞发育的机制研究[D]. 魏雪锋.西北农林科技大学 2017
[2]鸡肉肌苷酸和肌内脂肪含量遗传规律及相关候选基因的研究[D]. 陈继兰.中国农业大学 2004
[3]鸡肉肌苷酸沉积规律及营养调控研究[D]. 王述柏.中国农业科学院 2004
硕士论文
[1]PI3K/AKT信号通路在周期性张应力诱导的成肌细胞凋亡中的作用及机制研究[D]. 王芳.青岛大学 2017
[2]共轭亚油酸对荣昌猪肉质相关基因及肌肉microRNAs表达的影响[D]. 吴泳江.西南大学 2017
[3]人类microRNA特异性表达分析方法与靶基因功能分析工具开发[D]. 张宪桐.华中科技大学 2015
本文编号：3563253
【文章来源】：中国畜牧兽医. 2020,47(09)北大核心
【文章页数】：11 页
【部分图文】：
miR-107在不同组织和疾病中的表达水平
表2 不同物种miR-107成熟序列一致性分析Table 2 Consistency analysis of miR-107 mature sequence in different species 名称Names 成熟序列 Μaturesequences( 5 ′ → 3 ′ ) 片段长度Fragment length/bp cfa-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAU 21 bta-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUC 22 hsa-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 ggo-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 ssc-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 xtr-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 rno-miR-107-3p AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 mmu-miR-107-3p AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 mml-miR-107-3p AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 gga-miR-107-3p AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23表3 miR-107的靶基因统计Table 3 Statistics of target genes of miR-107 来源Source 数目Number/个 靶基因Target genes TargetScan(T) 835 RNF38、PPP6R2、TRIAP1、MED26、NPAS3、ANO3、ARIH2等 miRDB(M) 821 DICER1、SCN8A、AGFG1、KIF21A、NPAS3、MED26、ANO3等 PicTar(P) 586 ARL2、DICER1、LUZP1、KIF1B、MAMSTR、BCL2L2、ZNRF2等 miRTarbase(R) 44 PLAG1、BACE1、CDK6、MYB、VEGFA、HIF1A、ARNT、CDCA4等 T∩P∩M 112 COBLL1、BTG2、CNTNAP1、VAMP8、RNF38、RAB1B、HIC2等 T∩P∩M∪R 147 COBLL1、BTG2、CNTNAP1、VAMP8、RNF38、HIC2、HERC2等
对miR-107的147个靶基因进行GO功能富集分析,结果发现,在生物学过程层面,细胞过程富集基因最多,生物调节、生物过程调节和代谢过程次之;在分子功能层面,靶基因显著富集的功能条目为结合,其次是催化活性;在细胞成分层面,靶基因显著富集的功能条目有细胞组分、细胞、细胞器、细胞器组分等(P<0.05)(图2)。2.4 miR-107靶基因KEGG富集分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]静原鸡ELOVL5基因遗传多样性研究[J]. 张娟,母童,赵平,陈佳萍,冯小芳,郭鹏,武泽文,刘丽元,蒋秋斐,顾亚玲. 浙江农业学报. 2019(02)
[2]蛋白质水平对牛肉肌苷酸含量的影响[J]. 徐英,李石友,李琦华,段刚,杨国荣,梁应海. 西南农业学报. 2011(01)
[3]PI3K/Akt信号通路的调控与肿瘤血管生成[J]. 费洪荣,王凤泽. 生命的化学. 2010(01)
[4]鸡肉的鲜度与K值（上）[J]. 野崎义孝,南基哲,蒋国文. 国外畜牧科技. 1994(03)
博士论文
[1]miR-378a-3p、miR-107和相关circRNA调控牛肌细胞发育的机制研究[D]. 魏雪锋.西北农林科技大学 2017
[2]鸡肉肌苷酸和肌内脂肪含量遗传规律及相关候选基因的研究[D]. 陈继兰.中国农业大学 2004
[3]鸡肉肌苷酸沉积规律及营养调控研究[D]. 王述柏.中国农业科学院 2004
硕士论文
[1]PI3K/AKT信号通路在周期性张应力诱导的成肌细胞凋亡中的作用及机制研究[D]. 王芳.青岛大学 2017
[2]共轭亚油酸对荣昌猪肉质相关基因及肌肉microRNAs表达的影响[D]. 吴泳江.西南大学 2017
[3]人类microRNA特异性表达分析方法与靶基因功能分析工具开发[D]. 张宪桐.华中科技大学 2015
本文编号：3563253
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