鸡黑色素过度沉积性状基因的定位与候选基因的表达分析研究
发布时间：2022-01-21 11:59
黑色素过度沉积是乌骨鸡等少数品种具有的一种独特性状,其显著特征就是在鸡的组织和器官会有大量的黑色素沉积。已知黑色素过度沉积受到真皮黑色素抑制基因（ID）和纤维黑色素基因（FM）的共同作用,而且ID基因对FM基因有上位作用,只有隐性纯合id+基因存在时,Fm基因才会促使黑色素过度沉积。为了精确定位FM和ID基因,了解它们影响黑色素过度沉积的分子机理,本研究分别构建了FM基因和ID基因特异的分离群体,并采用基因分型、连锁分析、捕获测序等方法对FM基因和1D基因进行了精确定位,通过genome-walker PCR、real-time PCR技术对目标区域的基因结构以及候选基因的表达模式进行了分析。对FM基因进行定位,将连锁区域定位于20号染色体9,400,989bp-11,758,733bp之间,共2,357,744bp的范围。在该范围内存在两个与FM关联的SNP位点Ggars16172768、Ggars16172722。进一步分析证明在具有黑色素过度沉积性状的鸡只中这两个位点均为杂合型,因其不符合孟德尔分离规律,提示我们这两个SNP位点所在区域...
【文章来源】：中国农业大学北京市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：129 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
目录
第一章 文献综述
1.1 鸡肤色性状研究进展
1.1.1 肤色性状在育种中的应用
1.1.2 肤色的孟德尔遗传研究
1.2 乌骨鸡的黑色素过度沉积性状
1.2.1 乌骨鸡的种类
1.2.2 乌骨鸡的经济价值
1.2.3 乌骨鸡的黑色素过度沉积
1.3 黑色素研究进展
1.3.1 成黑色素细胞的产生
1.3.2 成黑色素细胞的迁移
1.3.3 黑色素的合成及运输
1.3.4 黑色素的特性和功能
1.4 分子遗传标记的发展
1.5 全基因组SNP关联性研究(genome-wide association studies,GWAS)
1.6 SNP基因分型技术
1.6.1 焦磷酸测序法(Pyro-sequencing)
1.6.2 飞行时间质谱检测法(Sequenom)
1.6.3 目标区域捕获技术的应用
1.6.4 基因芯片法
1.7 拷贝数变异的研究
1.7.1 CNV的突变机理
1.7.2 CNV的研究进展
1.7.3 CNV的研究方法
1.8 本研究的目的和意义
第二章 材料与方法
2.1 实验材料
2.1.1 实验动物
2.1.2 实验用常规试剂
2.1.3 实验试剂盒
2.1.4 主要耗材
2.1.5 主要仪器设备
2.1.6 试剂的配制
2.1.7 常规应用软件及网站
2.2 实验方法
2.2.1 禽血DNA提取
2.2.2 组织总RNA提取
2.2.3 反转录
2.2.4 常规PCR反应
2.2.5 长片段PCR反应
2.2.6 Real-time荧光定量PCR反应
2.2.7 Genome Walker PCR反应
2.2.8 胶回收
2.2.9 Pyrosequencing焦磷酸测序反应
2.2.10 Sequenom基因分型
2.2.11 比较基因组杂交(aCGH)
2.2.12 目标基因区域片段捕获流程
2.2.13 数据分析
第三章 纤维黑色素基因(FM)的定位结果与分析
3.1 实验用FM资源家系
3.1.1 资源家系皮肤颜色的性状记录
3.1.2 基因分型的SNP标记设计
3.1.3 基因分型结果
3.2 单倍型的构建
3.3 黑色素过度沉积性状(FM)的全基因组分析的结果验证
3.4 第二次基因分型
3.5 aCGH分析
3.6 Duplication-CNV的验证
3.7 Duplication-CNV边界的确定及验证
3.7.1 Duplication-CNV边界的确定
3.7.2 Duplication-CNV边界的验证
3.8 Duplication-CNV内基因表达量分析
3.9 EDN3下游相关基因表达量分析
3.10 目标区域捕获-重测序-20号染色体
3.10.1 实验样品
3.10.2 捕获区域的选择
3.10.3 捕获数据的质量分析
3.10.4 20号染色体10,517,983-11,694,182bp的测序深度分析
3.10.5 Dup-CNV-1区域内SNP的分析
第四章 真皮黑色素抑制基因(1D)的定位结果与分析
4.1 实验用ID资源家系
4.1.1 ID资源家系脚胫颜色的性状记录
4.1.2 进行基因分型的SNP标记
4.1.3 基因分型实验结果
4.2 SNP标记与真皮黑色素抑制基因(ID)的连锁分析
4.2.1 CRIMAP软件对ID基因的连锁分析
4.2.2 单倍型的构建
4.3 两个零重组位点区域内基因组比对
4.4 候选基因分析
4.4.1 候选基因信息注释
4.4.2 基因表达量分析
4.4.2.1 成体脚胫皮肤各基因表达量的RT-PCR分析
4.4.2.2 胚胎期各基因表达量的Real-time PCR分析
4.5 目标区域捕获-重测序-Z染色体
4.5.1 实验样品
4.5.2 捕获区域的选择
4.5.3 乌骨鸡、金湖乌凤鸡、固始鸡特异的SNP筛选
第五章 讨论
第六章 结论
参考文献
附录1
附录2
附录3
致谢
个人简历
【参考文献】：
期刊论文
[1]黑色食品中黑色素的研究现状[J]. 应超. 科学教育. 2010 (01)
[2]单核苷酸多态性检测方法研究概述及其应用[J]. 李琳,杨德光,胡正,王永力. 玉米科学. 2009(03)
[3]乌骨鸡黑色素的形成与杂交应用[J]. 刘辉. 新疆农垦科技. 2008(06)
[4]乌鸡黑色素对果蝇的紫外辐射保护作用[J]. 王哲鹏,邓学梅,王安如. 中国农业大学学报. 2007(01)
[5]我国天然黑色素资源研究概况[J]. 付湘晋. 粮食与油脂. 2005(12)
[6]应用微卫星标记对12个中国地方乌骨鸡品种遗传多样性的研究[J]. 汤青萍,陈宽维,李慧芳,章双杰,赵东伟. 畜牧兽医学报. 2005(08)
[7]浅析乌鸡的药用及保健价值[J]. 王晓通,娄义洲,王晓娜. 北京农业. 2004(07)
[8]不同地方乌骨鸡种群遗传多样性的微卫星DNA分析[J]. 朱庆,李亮. 畜牧兽医学报. 2003(03)
[9]重要的生物资源黑色素及其功能的机理[J]. 王玉洁,符坚,刘楠,沈萍,彭珍荣. 氨基酸和生物资源. 2003(01)
[10]我国部分地方鸡种肤色伴性遗传初步观察[J]. 张学余,黄凡美,赵东伟,卜柱. 遗传学报. 2000(10)
博士论文
[1]丝羽乌骨鸡BAC文库的构建和黑色素相关基因TYRP1和ID的研究[D]. 刘薇.中国农业大学 2004
本文编号：3600217
【文章来源】：中国农业大学北京市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：129 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
目录
第一章 文献综述
1.1 鸡肤色性状研究进展
1.1.1 肤色性状在育种中的应用
1.1.2 肤色的孟德尔遗传研究
1.2 乌骨鸡的黑色素过度沉积性状
1.2.1 乌骨鸡的种类
1.2.2 乌骨鸡的经济价值
1.2.3 乌骨鸡的黑色素过度沉积
1.3 黑色素研究进展
1.3.1 成黑色素细胞的产生
1.3.2 成黑色素细胞的迁移
1.3.3 黑色素的合成及运输
1.3.4 黑色素的特性和功能
1.4 分子遗传标记的发展
1.5 全基因组SNP关联性研究(genome-wide association studies,GWAS)
1.6 SNP基因分型技术
1.6.1 焦磷酸测序法(Pyro-sequencing)
1.6.2 飞行时间质谱检测法(Sequenom)
1.6.3 目标区域捕获技术的应用
1.6.4 基因芯片法
1.7 拷贝数变异的研究
1.7.1 CNV的突变机理
1.7.2 CNV的研究进展
1.7.3 CNV的研究方法
1.8 本研究的目的和意义
第二章 材料与方法
2.1 实验材料
2.1.1 实验动物
2.1.2 实验用常规试剂
2.1.3 实验试剂盒
2.1.4 主要耗材
2.1.5 主要仪器设备
2.1.6 试剂的配制
2.1.7 常规应用软件及网站
2.2 实验方法
2.2.1 禽血DNA提取
2.2.2 组织总RNA提取
2.2.3 反转录
2.2.4 常规PCR反应
2.2.5 长片段PCR反应
2.2.6 Real-time荧光定量PCR反应
2.2.7 Genome Walker PCR反应
2.2.8 胶回收
2.2.9 Pyrosequencing焦磷酸测序反应
2.2.10 Sequenom基因分型
2.2.11 比较基因组杂交(aCGH)
2.2.12 目标基因区域片段捕获流程
2.2.13 数据分析
第三章 纤维黑色素基因(FM)的定位结果与分析
3.1 实验用FM资源家系
3.1.1 资源家系皮肤颜色的性状记录
3.1.2 基因分型的SNP标记设计
3.1.3 基因分型结果
3.2 单倍型的构建
3.3 黑色素过度沉积性状(FM)的全基因组分析的结果验证
3.4 第二次基因分型
3.5 aCGH分析
3.6 Duplication-CNV的验证
3.7 Duplication-CNV边界的确定及验证
3.7.1 Duplication-CNV边界的确定
3.7.2 Duplication-CNV边界的验证
3.8 Duplication-CNV内基因表达量分析
3.9 EDN3下游相关基因表达量分析
3.10 目标区域捕获-重测序-20号染色体
3.10.1 实验样品
3.10.2 捕获区域的选择
3.10.3 捕获数据的质量分析
3.10.4 20号染色体10,517,983-11,694,182bp的测序深度分析
3.10.5 Dup-CNV-1区域内SNP的分析
第四章 真皮黑色素抑制基因(1D)的定位结果与分析
4.1 实验用ID资源家系
4.1.1 ID资源家系脚胫颜色的性状记录
4.1.2 进行基因分型的SNP标记
4.1.3 基因分型实验结果
4.2 SNP标记与真皮黑色素抑制基因(ID)的连锁分析
4.2.1 CRIMAP软件对ID基因的连锁分析
4.2.2 单倍型的构建
4.3 两个零重组位点区域内基因组比对
4.4 候选基因分析
4.4.1 候选基因信息注释
4.4.2 基因表达量分析
4.4.2.1 成体脚胫皮肤各基因表达量的RT-PCR分析
4.4.2.2 胚胎期各基因表达量的Real-time PCR分析
4.5 目标区域捕获-重测序-Z染色体
4.5.1 实验样品
4.5.2 捕获区域的选择
4.5.3 乌骨鸡、金湖乌凤鸡、固始鸡特异的SNP筛选
第五章 讨论
第六章 结论
参考文献
附录1
附录2
附录3
致谢
个人简历
【参考文献】：
期刊论文
[1]黑色食品中黑色素的研究现状[J]. 应超. 科学教育. 2010 (01)
[2]单核苷酸多态性检测方法研究概述及其应用[J]. 李琳,杨德光,胡正,王永力. 玉米科学. 2009(03)
[3]乌骨鸡黑色素的形成与杂交应用[J]. 刘辉. 新疆农垦科技. 2008(06)
[4]乌鸡黑色素对果蝇的紫外辐射保护作用[J]. 王哲鹏,邓学梅,王安如. 中国农业大学学报. 2007(01)
[5]我国天然黑色素资源研究概况[J]. 付湘晋. 粮食与油脂. 2005(12)
[6]应用微卫星标记对12个中国地方乌骨鸡品种遗传多样性的研究[J]. 汤青萍,陈宽维,李慧芳,章双杰,赵东伟. 畜牧兽医学报. 2005(08)
[7]浅析乌鸡的药用及保健价值[J]. 王晓通,娄义洲,王晓娜. 北京农业. 2004(07)
[8]不同地方乌骨鸡种群遗传多样性的微卫星DNA分析[J]. 朱庆,李亮. 畜牧兽医学报. 2003(03)
[9]重要的生物资源黑色素及其功能的机理[J]. 王玉洁,符坚,刘楠,沈萍,彭珍荣. 氨基酸和生物资源. 2003(01)
[10]我国部分地方鸡种肤色伴性遗传初步观察[J]. 张学余,黄凡美,赵东伟,卜柱. 遗传学报. 2000(10)
博士论文
[1]丝羽乌骨鸡BAC文库的构建和黑色素相关基因TYRP1和ID的研究[D]. 刘薇.中国农业大学 2004
本文编号：3600217
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3600217.html
