1月龄五指山猪与长白猪骨骼肌miRNA转录组比较
发布时间：2022-02-12 22:32
为研究microRNA（miRNA）在五指山猪和长白猪肌肉生长发育中的差异和探究差异miRNA对骨骼肌发育转录后调控的影响,以1月龄的五指山猪和长白猪背最长肌为材料,通过转录组测序和生物信息学分析筛选与骨骼肌发育相关的差异miRNA。结果显示,从2个文库中共鉴定获得318种己知的猪miRNA,五指山猪和长白猪分别鉴定出312个和306个已知miRNA,同时分别发现了83个和88个新的miRNA。获得17个差异显著的miRNA,其中16个miRNA表达上调,1个miRNA表达下调。靶基因预测和生物学功能预测发现17个差异miRNA,共预测到535个靶基因,靶向作用于mTOR信号通路和肌动蛋白细胞骨架调控的ssc-miR-486,ssc-miR-204,ssc-miR-338和ssc-miR-885-3p 4个miRNA可能参与骨骼肌生长发育过程。
【文章来源】：江苏农业学报. 2020,36(03)北大核心CSCD
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
表达量前10的猪miRNA统计
经过对原始数据(Raw data)的过滤筛选和质量评估,共构建了五指山小型猪和长白猪的2个背最长肌miRNA文库。从2个miRNA文库中分别获得21 178 739条和20 725 847条miRNA原始序列,去除低质量Read后,分别获得高质量Clean reads 20 165 360条和19 565 284条,分别占总Read的95.22%和94.4%。能够定位到猪基因组上的特异性Unique序列分别有420 645条和678 594条,分别达到59.47%和61.44%。由图1可知,这些读段序列长度大多数分布在20～23 nt,其中序列长度22 nt所占比例最大,与典型的miRNA长度分布相符。同时我们对已知miRNA 碱基偏向性进行统计,发现五指山猪和长白猪背肌中18～26 nt miRNA首位碱基对U具有强烈的偏好性(图2),与前人的研究结果相同[3]。2.2 已知的猪miRNA的鉴定和统计分析
首先,将测序所得的Clean reads与miRbase21.0中已知的猪miRNA前体序列进行比对,结果显示,从2个文库中共鉴定获得318种己知的猪miRNA,从五指山猪和长白猪中分别鉴定出312个和306个已知miRNA,其中有300个miRNA共表达,这些miRNA分别能被定位到280个和277个已知的猪miRNA前体上。对于比对上的猪基因组但未注释上任何RNA类型的Clean reads,结合miRNA的生物学特征,运用Mireap 预测软件对其进行新miRNA预测分析,在五指山猪中发现了83个新miRNA,在长白猪中发现了88个新miRNA。对miRNA表达量进行统计后发现, ssc-miR-206、ssc-miR-1、ssc-miR-let7家族、ssc-miR-26a、ssc-miR-10a等多个miRNA在1月龄五指山猪和长白猪背肌组织中均高表达(图3)。而作为肌肉特异性ssc-miR-133a-3p在1月龄五指山猪和长白猪背肌组织样品中表达量分别排在第14和20位。这些新发现的miRNA表达量都很低,RPKM>300的miRNA仅有2个,分别为ssc-novel-miR-4和novel-miR-45。图3 表达量前10的猪miRNA统计
【参考文献】：
期刊论文
[1]桑树NBS-LRR类基因家族的全基因组鉴定及其调控microRNAs分析[J]. 刘潮,褚洪龙,韩利红,杨云锦,高永,唐利洲. 江苏农业学报. 2019(03)
[2]p53基因3′UTR双荧光素酶报告质粒的构建及其与miRNA-2127靶向关系的验证[J]. 张玉霞,袁小远,王友令,孟凯. 山东农业科学. 2019(01)
[3]饲粮中添加共轭亚油酸对猪肌肉组织miRNA表达谱的影响[J]. 王琪,齐仁立,刘虹,王敬,黄金秀. 畜牧兽医学报. 2018(09)
[4]植物抗逆和开花相关miRNA研究进展及在丝瓜上的应用[J]. 刘哲,许园园,娄丽娜,苏小俊. 江苏农业科学. 2018(16)
[5]miRNAs对骨骼肌调控的研究进展[J]. 凌笑笑,唐朋,梁春年,吴晓云,褚敏,阎萍. 中国畜牧兽医. 2018(06)
[6]动物肌肉生长发育相关microRNAs的表达模式和调控机制[J]. 王敬,王琪,黄金秀,齐仁立. 动物营养学报. 2016(03)
[7]MicroRNAs在畜禽肌肉生长发育中的研究进展[J]. 张春兰,秦孜娟,纪志宾,王桂芝. 中国畜牧兽医. 2012(10)
博士论文
[1]猪骨骼肌miRNA转录组分析及miR-486功能的初步研究[D]. 郭晓萍.广西大学 2015
[2]莱芜猪和大白猪背最长肌miRNA与mRNA转录组测序及特征分析[D]. 陈伟.山东农业大学 2014
硕士论文
[1]miR-204-5p对C2C12细胞成肌分化的影响[D]. 游路.四川农业大学 2016
[2]猪肌肉生长相关microRNA-1a，133b和206a的表达分析[D]. 王睿琪.湖南农业大学 2011
本文编号：3622504
【文章来源】：江苏农业学报. 2020,36(03)北大核心CSCD
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
表达量前10的猪miRNA统计
经过对原始数据(Raw data)的过滤筛选和质量评估,共构建了五指山小型猪和长白猪的2个背最长肌miRNA文库。从2个miRNA文库中分别获得21 178 739条和20 725 847条miRNA原始序列,去除低质量Read后,分别获得高质量Clean reads 20 165 360条和19 565 284条,分别占总Read的95.22%和94.4%。能够定位到猪基因组上的特异性Unique序列分别有420 645条和678 594条,分别达到59.47%和61.44%。由图1可知,这些读段序列长度大多数分布在20～23 nt,其中序列长度22 nt所占比例最大,与典型的miRNA长度分布相符。同时我们对已知miRNA 碱基偏向性进行统计,发现五指山猪和长白猪背肌中18～26 nt miRNA首位碱基对U具有强烈的偏好性(图2),与前人的研究结果相同[3]。2.2 已知的猪miRNA的鉴定和统计分析
首先,将测序所得的Clean reads与miRbase21.0中已知的猪miRNA前体序列进行比对,结果显示,从2个文库中共鉴定获得318种己知的猪miRNA,从五指山猪和长白猪中分别鉴定出312个和306个已知miRNA,其中有300个miRNA共表达,这些miRNA分别能被定位到280个和277个已知的猪miRNA前体上。对于比对上的猪基因组但未注释上任何RNA类型的Clean reads,结合miRNA的生物学特征,运用Mireap 预测软件对其进行新miRNA预测分析,在五指山猪中发现了83个新miRNA,在长白猪中发现了88个新miRNA。对miRNA表达量进行统计后发现, ssc-miR-206、ssc-miR-1、ssc-miR-let7家族、ssc-miR-26a、ssc-miR-10a等多个miRNA在1月龄五指山猪和长白猪背肌组织中均高表达(图3)。而作为肌肉特异性ssc-miR-133a-3p在1月龄五指山猪和长白猪背肌组织样品中表达量分别排在第14和20位。这些新发现的miRNA表达量都很低,RPKM>300的miRNA仅有2个,分别为ssc-novel-miR-4和novel-miR-45。图3 表达量前10的猪miRNA统计
【参考文献】：
期刊论文
[1]桑树NBS-LRR类基因家族的全基因组鉴定及其调控microRNAs分析[J]. 刘潮,褚洪龙,韩利红,杨云锦,高永,唐利洲. 江苏农业学报. 2019(03)
[2]p53基因3′UTR双荧光素酶报告质粒的构建及其与miRNA-2127靶向关系的验证[J]. 张玉霞,袁小远,王友令,孟凯. 山东农业科学. 2019(01)
[3]饲粮中添加共轭亚油酸对猪肌肉组织miRNA表达谱的影响[J]. 王琪,齐仁立,刘虹,王敬,黄金秀. 畜牧兽医学报. 2018(09)
[4]植物抗逆和开花相关miRNA研究进展及在丝瓜上的应用[J]. 刘哲,许园园,娄丽娜,苏小俊. 江苏农业科学. 2018(16)
[5]miRNAs对骨骼肌调控的研究进展[J]. 凌笑笑,唐朋,梁春年,吴晓云,褚敏,阎萍. 中国畜牧兽医. 2018(06)
[6]动物肌肉生长发育相关microRNAs的表达模式和调控机制[J]. 王敬,王琪,黄金秀,齐仁立. 动物营养学报. 2016(03)
[7]MicroRNAs在畜禽肌肉生长发育中的研究进展[J]. 张春兰,秦孜娟,纪志宾,王桂芝. 中国畜牧兽医. 2012(10)
博士论文
[1]猪骨骼肌miRNA转录组分析及miR-486功能的初步研究[D]. 郭晓萍.广西大学 2015
[2]莱芜猪和大白猪背最长肌miRNA与mRNA转录组测序及特征分析[D]. 陈伟.山东农业大学 2014
硕士论文
[1]miR-204-5p对C2C12细胞成肌分化的影响[D]. 游路.四川农业大学 2016
[2]猪肌肉生长相关microRNA-1a，133b和206a的表达分析[D]. 王睿琪.湖南农业大学 2011
本文编号：3622504
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