采用DNA条形码技术鉴定宁乡猪个体身份的研究
发布时间：2022-02-22 22:38
随着当代高通量测序技术的发展,DNA（deoxyribonucleic acid）条形码技术已经逐渐被用于肉类产品的溯源系统建立中。有利于保护生物多样性,促进物种资源的可持续利用以及为生物来源的新产品的开发提供知识和理论基础。为了保护湖南当地的特色品种,本研究选用了我省宁乡县的优质品种——宁乡猪,对宁乡猪个体身份的DNA识别进行了研究,用于猪个体身份识别及其产品的溯源。本研究结果如下:1.引物1（+122）、引物1（+242）、引物2（+42）、引物3（+254）这4个SNP位点在宁乡猪和陆川猪两个不同品种中的基因型频率和基因频率均具有不同程度的差异。其中在引物1（+122）位置,CC、CT、TT在宁乡猪中分布差异不大,在陆川猪中CC占据主要地位,CT有极少量分布,没有TT基因型。在引物1（+242）位置,SNP在宁乡、陆川这2个中国地方特色猪种中,基因频率也呈现极端分布,C基因的频率在宁乡猪中占82.0%,在陆川猪中达到100%,基因型频率则由CC基因型占据绝对优势。在引物2（+42）位置,在宁乡猪中GG占主导地位,AG、AA极少数分布,在陆川猪中全部表现为GG基因型。在引物3（+2...
【文章来源】：湖南农业大学湖南省
【文章页数】：56 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Absrtact
英文缩写
第一章 文献综述
1 动物产品可追溯技术的研究进展
1.1 可追溯技术的定义
1.2 可追溯技术的分类
1.3 国外可追溯系统的研究进展
1.4 国内可追溯系统的研究进展
2 SNP标记的研究进展
2.1 SNP的定义
2.2 SNP的检测方法
2.3 SNP的优势和特点
3 DNA条形码的研究进展
3.1 发展DNA条形码的原由
3.2 DNA条形码的定义、优点及原理
3.3 DNA条形码的开发程序
3.4 DNA条形码的发展历程
3.5 DNA条形码的应用领域
3.6 DNA条形码的展望
4 研究目的与意义
第二章 宁乡猪个体身份识别
1 实验材料
1.1 实验样品的采集
1.2 实验相关仪器设备
1.3 实验相关试剂及配制
2 实验方法
2.1 耳样DNA的提取
2.2 检测DNA浓度以及质量
2.3 引物设计
2.4 PCR扩增
2.5 PCR产物琼脂糖凝胶电泳检测
2.6 PCR产物的测序
3 数据分析
3.1 SNP等位基因频率计算
3.2 杂合度计算
3.3 连锁不平衡分析
4 结果与分析
4.1 分光光度计检测DNA纯度
4.2 DNA的琼脂糖凝胶电泳检测
4.3 PCR扩增产物的电泳检测
4.4 PCR扩增产物的测序峰图分析
4.5 SNP的检测
4.6 宁乡猪和陆川猪4个SNP位点的比较分析
4.7 SNP连锁不平衡分析
4.8 用于制作条形码的SNP筛选结果
4.9 SNP条形码及数字条形码编制
4.10 基因型分析
5 讨论及结论
5.1 DNA提取及PCR扩增
5.2 测序峰图
5.3 猪个体身份识别
5.4 SNP位点的杂合度筛选以及连锁不平衡分析
参考文献
致谢
作者简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]单核苷酸多态性在寄生虫上的应用[J]. 陈婷,韩红玉,朱顺海,董辉,赵其平,黄兵. 中国动物传染病学报. 2017(06)
[2]化学方法在农产品产地溯源中的研究进展[J]. 项洋,柴沙驼,郝力壮,牛建章,张晓卫,孙璐,刘书杰. 食品工业科技. 2015(20)
[3]SNP检测方法的研究进展[J]. 许家磊,王宇,后猛,李强. 分子植物育种. 2015(02)
[4]牙周病相关研究及组织工程应用的研究进展[J]. 税艳青,张睿. 昆明医科大学学报. 2014(11)
[5]识别杜洛克猪个体身份的DNA条形码[J]. 丁潜,邢光东,胡肄农,纪红军,赵庆顺,徐银学. 江苏农业学报. 2014(05)
[6]苏钟猪个体身份SNP识别的数字条形码编制[J]. 胡肄农,丁潜,纪红军,王晓晓,朱振坤,赵庆顺,邢光东. 江苏农业学报. 2014(04)
[7]外源和内源微生物在营养剂激活过程中丰度变化及对原油作用研究[J]. 王大威,张健,马挺,齐义彬. 生物技术通报. 2013(11)
[8]黄连产小檗碱内生真菌的分离鉴定[J]. 厉秀秀,方玉鹏,赖毕,梁洁,李勤凡. 草地学报. 2013(05)
[9]弓形虫棒状体蛋白18的原核表达及鉴定[J]. 鞠爱萍,吴亮,沈进,李礼,姜旭淦,陈盛霞. 江苏大学学报(医学版). 2013(03)
[10]响应面法优化牡丹花真空冷冻干燥工艺[J]. 陈志宏,朱文学,易军鹏,张玉先,康帅飞. 农产品加工(学刊). 2012(08)
博士论文
[1]基于miR-223/PPRs途径的活血化痰方对冠心病痰瘀互结证大鼠炎症保护机制研究[D]. 陈中.北京中医药大学 2016
[2]仿刺参（Apostichopus japonicus）高密度遗传连锁图谱构建及生长性状QTL精细定位[D]. 田梅琳.中国海洋大学 2015
[3]有机铋（锑）配合物的合成、表征及其促肺腺癌细胞凋亡的相关研究[D]. 陈懿.中南大学 2014
[4]小麦抗白粉病基因同源序列的分离鉴定及分子标记的研究[D]. 李爱丽.河北农业大学 2002
硕士论文
[1]应用DNA条形码技术对广西和云南树鼩群体物种鉴定的初步探讨[D]. 王谷洋.广西医科大学 2017
[2]乳及乳制品中结核分枝杆菌检测方法—荧光定量PCR法[D]. 刘钊.华南农业大学 2016
[3]猪GLP2R和MYO6基因cDNA克隆、SNP筛选及其与部分生长性状关联研究[D]. 柴玉兰.湖南农业大学 2016
[4]CXCL10基因与奶牛乳腺炎易感性/抗性相关功能性分子标记的研究[D]. 李虹.山东师范大学 2016
[5]基于NGS、MLPA和Sanger测序的FBN1基因突变研究[D]. 卢鑫鑫.福建医科大学 2016
[6]LIM蛋白FHL1C/KyoT2抑制Notch信号及调控巨噬细胞极化的分子机制研究[D]. 刘娟.第四军医大学 2016
[7]秦川牛PSMC基因家族遗传变异、可变剪切及启动子区甲基化研究[D]. 梁巍.西北农林科技大学 2016
[8]猪SLC13A5和Wnt10b基因的克隆、组织表达及其与生长性状的关联分析[D]. 王玲玉.湖南农业大学 2015
[9]禽蛋食品的全产业链追溯系统的设计与实现[D]. 沈振华.北京邮电大学 2015
[10]滩羊OB基因多态性及其与生长性状关联性的研究[D]. 李靖.宁夏大学 2015
本文编号：3640320
【文章来源】：湖南农业大学湖南省
【文章页数】：56 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Absrtact
英文缩写
第一章 文献综述
1 动物产品可追溯技术的研究进展
1.1 可追溯技术的定义
1.2 可追溯技术的分类
1.3 国外可追溯系统的研究进展
1.4 国内可追溯系统的研究进展
2 SNP标记的研究进展
2.1 SNP的定义
2.2 SNP的检测方法
2.3 SNP的优势和特点
3 DNA条形码的研究进展
3.1 发展DNA条形码的原由
3.2 DNA条形码的定义、优点及原理
3.3 DNA条形码的开发程序
3.4 DNA条形码的发展历程
3.5 DNA条形码的应用领域
3.6 DNA条形码的展望
4 研究目的与意义
第二章 宁乡猪个体身份识别
1 实验材料
1.1 实验样品的采集
1.2 实验相关仪器设备
1.3 实验相关试剂及配制
2 实验方法
2.1 耳样DNA的提取
2.2 检测DNA浓度以及质量
2.3 引物设计
2.4 PCR扩增
2.5 PCR产物琼脂糖凝胶电泳检测
2.6 PCR产物的测序
3 数据分析
3.1 SNP等位基因频率计算
3.2 杂合度计算
3.3 连锁不平衡分析
4 结果与分析
4.1 分光光度计检测DNA纯度
4.2 DNA的琼脂糖凝胶电泳检测
4.3 PCR扩增产物的电泳检测
4.4 PCR扩增产物的测序峰图分析
4.5 SNP的检测
4.6 宁乡猪和陆川猪4个SNP位点的比较分析
4.7 SNP连锁不平衡分析
4.8 用于制作条形码的SNP筛选结果
4.9 SNP条形码及数字条形码编制
4.10 基因型分析
5 讨论及结论
5.1 DNA提取及PCR扩增
5.2 测序峰图
5.3 猪个体身份识别
5.4 SNP位点的杂合度筛选以及连锁不平衡分析
参考文献
致谢
作者简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]单核苷酸多态性在寄生虫上的应用[J]. 陈婷,韩红玉,朱顺海,董辉,赵其平,黄兵. 中国动物传染病学报. 2017(06)
[2]化学方法在农产品产地溯源中的研究进展[J]. 项洋,柴沙驼,郝力壮,牛建章,张晓卫,孙璐,刘书杰. 食品工业科技. 2015(20)
[3]SNP检测方法的研究进展[J]. 许家磊,王宇,后猛,李强. 分子植物育种. 2015(02)
[4]牙周病相关研究及组织工程应用的研究进展[J]. 税艳青,张睿. 昆明医科大学学报. 2014(11)
[5]识别杜洛克猪个体身份的DNA条形码[J]. 丁潜,邢光东,胡肄农,纪红军,赵庆顺,徐银学. 江苏农业学报. 2014(05)
[6]苏钟猪个体身份SNP识别的数字条形码编制[J]. 胡肄农,丁潜,纪红军,王晓晓,朱振坤,赵庆顺,邢光东. 江苏农业学报. 2014(04)
[7]外源和内源微生物在营养剂激活过程中丰度变化及对原油作用研究[J]. 王大威,张健,马挺,齐义彬. 生物技术通报. 2013(11)
[8]黄连产小檗碱内生真菌的分离鉴定[J]. 厉秀秀,方玉鹏,赖毕,梁洁,李勤凡. 草地学报. 2013(05)
[9]弓形虫棒状体蛋白18的原核表达及鉴定[J]. 鞠爱萍,吴亮,沈进,李礼,姜旭淦,陈盛霞. 江苏大学学报(医学版). 2013(03)
[10]响应面法优化牡丹花真空冷冻干燥工艺[J]. 陈志宏,朱文学,易军鹏,张玉先,康帅飞. 农产品加工(学刊). 2012(08)
博士论文
[1]基于miR-223/PPRs途径的活血化痰方对冠心病痰瘀互结证大鼠炎症保护机制研究[D]. 陈中.北京中医药大学 2016
[2]仿刺参（Apostichopus japonicus）高密度遗传连锁图谱构建及生长性状QTL精细定位[D]. 田梅琳.中国海洋大学 2015
[3]有机铋（锑）配合物的合成、表征及其促肺腺癌细胞凋亡的相关研究[D]. 陈懿.中南大学 2014
[4]小麦抗白粉病基因同源序列的分离鉴定及分子标记的研究[D]. 李爱丽.河北农业大学 2002
硕士论文
[1]应用DNA条形码技术对广西和云南树鼩群体物种鉴定的初步探讨[D]. 王谷洋.广西医科大学 2017
[2]乳及乳制品中结核分枝杆菌检测方法—荧光定量PCR法[D]. 刘钊.华南农业大学 2016
[3]猪GLP2R和MYO6基因cDNA克隆、SNP筛选及其与部分生长性状关联研究[D]. 柴玉兰.湖南农业大学 2016
[4]CXCL10基因与奶牛乳腺炎易感性/抗性相关功能性分子标记的研究[D]. 李虹.山东师范大学 2016
[5]基于NGS、MLPA和Sanger测序的FBN1基因突变研究[D]. 卢鑫鑫.福建医科大学 2016
[6]LIM蛋白FHL1C/KyoT2抑制Notch信号及调控巨噬细胞极化的分子机制研究[D]. 刘娟.第四军医大学 2016
[7]秦川牛PSMC基因家族遗传变异、可变剪切及启动子区甲基化研究[D]. 梁巍.西北农林科技大学 2016
[8]猪SLC13A5和Wnt10b基因的克隆、组织表达及其与生长性状的关联分析[D]. 王玲玉.湖南农业大学 2015
[9]禽蛋食品的全产业链追溯系统的设计与实现[D]. 沈振华.北京邮电大学 2015
[10]滩羊OB基因多态性及其与生长性状关联性的研究[D]. 李靖.宁夏大学 2015
本文编号：3640320
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