家兔MHC Ⅱ DQ基因的分子克隆及其表达分析
发布时间：2022-12-04 02:10
主要组织相容性复合物（MHC）是一种高度多态性的基因组,编码脊椎动物中发现的免疫球蛋白样受体,其表达产物分布在各种细胞的表面。它被称为MHC分子,在人体免疫系统中起着非常重要的抗原呈递作用。它不仅与移植排斥有关,而且与动物的某些经济特征密切相关。MHC抗原参与机体的免疫反应,在机体的免疫反应调节,抗原识别和呈递中发挥重要作用。同时,MHC的遗传背景和不同个体之间的多样性水平的差异可导致个体对疾病的抗性和易感性的差异。因此,MHC作为抗病性和易感性的候选基因已成为遗传育种研究的热点,并且它也越来越受到生态学家群体遗传学家和动物遗传学育种者的关注。本研究以家兔为实验材料,为更加完整的了解MHCⅡDQ基因的结构和功能,采用RACE技术,获得了家兔MHCⅡDQ基因的完整cDNA序列,并进行了克隆测序,采用生物信息学技术,分析并预测了基因的结构和功能。主要研究结果如下:1.使用RACE技术克隆获得了家兔MHCⅡDQ基因的完整cDNA序列,采用生物信息学技术,分析和预测基因的结构和功能。MHCⅡDQ基因cDNA全长1148bp（GenBank登录号:XM002714510.3...
【文章页数】：59 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
英文缩略词
中文摘要
Abstract
1 引言
1.1 家兔及其研究进展
1.2 兔类免疫系统
1.2.1 免疫器官
1.2.2 免疫细胞
1.2.3 体液免疫因子
1.2.4 MHC基因
1.3 试验技术
1.3.1 cDNA末端快速克隆技术
1.3.2 巢式 PCR 和降落 PCR
1.3.3 实时荧光定量PCR
1.4 本研究的目的和意义
2 材料与方法
2.1 试验材料
2.1.1 试验动物及样品采集处理
2.1.2 主要仪器
2.1.3 网络资源和软件
2.1.4 主要试剂的配制
2.2 实验方法
2.2.1 MHC Ⅱ DQ基因的c DNA全长扩增
2.2.2 MHC Ⅱ DQ基因c DNA全长测序
2.2.3 生物信息学分析
2.2.4 荧光定量PCR的检测分析
3 结果与分析
3.1 MHC Ⅱ DQ基因的CDNA全长的克隆
3.1.1 总RNA的提取与质量检测
3.1.2 5 '反应RACE、3'RACE和中间片段的PCR扩增
3.1.3 菌液PCR结果
3.2 测序结果分析
3.2.1 序列拼接
3.3 生物信息学分析
3.3.1 ORF预测
3.3.2 蛋白质理化性质分析
3.3.3 蛋白质疏水性与二级结构
3.3.4 蛋白质跨膜区和亚细胞定位预测
3.3.5 蛋白质信号肽预测
3.3.6 蛋白质糖基化和磷酸化位点预测
3.3.7 蛋白质三级结构预测
3.3.8 蛋白质氨基酸分子进化树
3.4 家兔MHC Ⅱ DQ基因的表达检测分析
3.4.1 荧光定量PCR标准曲线和熔解曲线绘制
3.4.2 家兔MHC Ⅱ DQ基因的组织表达谱分析
4 讨论
4.1 家兔MHC ⅡDQ的生物信息学分析
4.2 MHC Ⅱ DQ基因mRNA的组织表达差异
5 结论
参考文献
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]草鱼MHC class Ⅰ等位基因克隆及其多态性分析[J]. 夏春,徐广贤,林常有,胡团军,阎若潜,高福. 自然科学进展. 2004(01)
[2]牙鲆MHC class ⅡB基因多态性及其与鱼体抗病力关系的分析[J]. 张玉喜,陈松林. 水产学报. 2006(05)
[3]应用于染色体步移的PCR扩增技术的研究进展[J]. 刘博,苏乔,汤敏谦,袁晓东,安利佳. 遗传. 2006(05)
[4]MHC基因与奶牛乳房炎相关性研究进展[J]. 赵福斌,李建斌,王洪梅,李秋玲,胡桂学,仲跻峰. 中国奶牛. 2007(07)
[5]鱼类主要组织相容性Ⅱ类基因的研究进展[J]. 于辉,李波,李华,郭照良. 中国水产科学. 2007(02)
[6]赤点石斑鱼（Epinephelus akaara）MHC IIB基因的克隆与表达多态性分析[J]. 丁少雄,张之文,杜佳莹,王军,曾华嵩,王颖,陈晓峰. 海洋学报(中文版). 2009(02)
[7]青石斑鱼MHCclassI基因的克隆与分析[J]. 王海燕,刘勇,张甲,张冰. 中国比较医学杂志. 2008(11)
[8]鸡MHC Ⅰ多态性与马立克氏病遗传抗性相关性的研究进展[J]. 金元昌,韦平,李娅,韦信贤. 中国家禽. 2008(02)
[9]实时荧光定量PCR技术研究进展及其应用[J]. 陈旭,齐凤坤,康立功,李景富. 东北农业大学学报. 2010(08)
[10]大珠母贝组织蛋白酶D的cDNA克隆、序列特征分析及应激表达研究[J]. 潘俐玲,黄桂菊,喻达辉,成书营,王晓宁. 广东农业科学. 2011(10)
硕士论文
[1]草鱼MHC II B和组织蛋白酶D基因的克隆、表达及多态性分析[D]. 董忠典.山东农业大学 2013
[2]草鱼β2m基因的分子克隆与MHC class Ⅰ多态性分析及其重组蛋白的鉴定[D]. 杨天耀.中国农业大学 2005
本文编号：3707410
【文章页数】：59 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
英文缩略词
中文摘要
Abstract
1 引言
1.1 家兔及其研究进展
1.2 兔类免疫系统
1.2.1 免疫器官
1.2.2 免疫细胞
1.2.3 体液免疫因子
1.2.4 MHC基因
1.3 试验技术
1.3.1 cDNA末端快速克隆技术
1.3.2 巢式 PCR 和降落 PCR
1.3.3 实时荧光定量PCR
1.4 本研究的目的和意义
2 材料与方法
2.1 试验材料
2.1.1 试验动物及样品采集处理
2.1.2 主要仪器
2.1.3 网络资源和软件
2.1.4 主要试剂的配制
2.2 实验方法
2.2.1 MHC Ⅱ DQ基因的c DNA全长扩增
2.2.2 MHC Ⅱ DQ基因c DNA全长测序
2.2.3 生物信息学分析
2.2.4 荧光定量PCR的检测分析
3 结果与分析
3.1 MHC Ⅱ DQ基因的CDNA全长的克隆
3.1.1 总RNA的提取与质量检测
3.1.2 5 '反应RACE、3'RACE和中间片段的PCR扩增
3.1.3 菌液PCR结果
3.2 测序结果分析
3.2.1 序列拼接
3.3 生物信息学分析
3.3.1 ORF预测
3.3.2 蛋白质理化性质分析
3.3.3 蛋白质疏水性与二级结构
3.3.4 蛋白质跨膜区和亚细胞定位预测
3.3.5 蛋白质信号肽预测
3.3.6 蛋白质糖基化和磷酸化位点预测
3.3.7 蛋白质三级结构预测
3.3.8 蛋白质氨基酸分子进化树
3.4 家兔MHC Ⅱ DQ基因的表达检测分析
3.4.1 荧光定量PCR标准曲线和熔解曲线绘制
3.4.2 家兔MHC Ⅱ DQ基因的组织表达谱分析
4 讨论
4.1 家兔MHC ⅡDQ的生物信息学分析
4.2 MHC Ⅱ DQ基因mRNA的组织表达差异
5 结论
参考文献
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]草鱼MHC class Ⅰ等位基因克隆及其多态性分析[J]. 夏春,徐广贤,林常有,胡团军,阎若潜,高福. 自然科学进展. 2004(01)
[2]牙鲆MHC class ⅡB基因多态性及其与鱼体抗病力关系的分析[J]. 张玉喜,陈松林. 水产学报. 2006(05)
[3]应用于染色体步移的PCR扩增技术的研究进展[J]. 刘博,苏乔,汤敏谦,袁晓东,安利佳. 遗传. 2006(05)
[4]MHC基因与奶牛乳房炎相关性研究进展[J]. 赵福斌,李建斌,王洪梅,李秋玲,胡桂学,仲跻峰. 中国奶牛. 2007(07)
[5]鱼类主要组织相容性Ⅱ类基因的研究进展[J]. 于辉,李波,李华,郭照良. 中国水产科学. 2007(02)
[6]赤点石斑鱼（Epinephelus akaara）MHC IIB基因的克隆与表达多态性分析[J]. 丁少雄,张之文,杜佳莹,王军,曾华嵩,王颖,陈晓峰. 海洋学报(中文版). 2009(02)
[7]青石斑鱼MHCclassI基因的克隆与分析[J]. 王海燕,刘勇,张甲,张冰. 中国比较医学杂志. 2008(11)
[8]鸡MHC Ⅰ多态性与马立克氏病遗传抗性相关性的研究进展[J]. 金元昌,韦平,李娅,韦信贤. 中国家禽. 2008(02)
[9]实时荧光定量PCR技术研究进展及其应用[J]. 陈旭,齐凤坤,康立功,李景富. 东北农业大学学报. 2010(08)
[10]大珠母贝组织蛋白酶D的cDNA克隆、序列特征分析及应激表达研究[J]. 潘俐玲,黄桂菊,喻达辉,成书营,王晓宁. 广东农业科学. 2011(10)
硕士论文
[1]草鱼MHC II B和组织蛋白酶D基因的克隆、表达及多态性分析[D]. 董忠典.山东农业大学 2013
[2]草鱼β2m基因的分子克隆与MHC class Ⅰ多态性分析及其重组蛋白的鉴定[D]. 杨天耀.中国农业大学 2005
本文编号：3707410
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