牛ISG15基因、IL8基因遗传多态性及其与乳质性状和体细胞评分的关联分析

发布时间：2023-04-11 19:27

　　不同泌乳时期水(奶)牛外周血白细胞牛全基因组表达谱芯片的数据分析表明,牛泌乳前期到中期、中期到后期有多个基因的表达量呈现2倍的上调或下调,其中ISG15和IL8均呈现泌乳前期到中期的表达下降,然后中期到后期的表达上升这样一种趋势。鉴于ISG15和IL8在先天性免疫和获得性免疫中的重要作用,我们将ISG15和IL8基因作为牛疾病抗性的重要候选基因,利用cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends, RACE)技术克隆温州水牛1SG15和IL8基因全长序列,分别设计覆盖牛ISG15和IL8基因的聚合酶链式反应-单链构象多态(Polymerase Chain Reaction-Single Strand Conformation Polymorphism, PCR-SSCP)引物,对比了中国荷斯坦牛、温岭高峰牛、天台黄牛、鲁西黄牛和温州水牛1L8基因的单核苷酸多态性,中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和温州水牛ISG15基因的单核苷酸多态性,并进行了这些单核苷酸多态性与泌乳性状的关联分析,为提高牛抗病性能和改善泌乳性能提供理论基础。 1温州水牛1SG15基因克隆...

【文章页数】：155 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
英文缩写说明
第一章 文献综述
    1. 试验品种概况
        1.1 温州水牛
        1.2 中国荷斯坦牛
        1.3 鲁西黄牛
        1.4 温岭高峰牛
        1.5 天台黄牛
    2 奶牛产奶性状与乳房炎
    3 干扰素刺激基因ISG15(IFN-STIMULATED GENE 15,ISG15)
        3.1 ISG15与病毒、细菌及寄生虫感染
        3.2 ISG15与肿瘤
        3.3 ISG15与母体妊娠
    4 白细胞介素-8(INTERLEUKIN-8,IL8)
        4.1 IL8与感染和炎症反应
        4.3 IL8与脂质代谢
        4.4 IL8与疾病
    5. 研究目的及意义
第二章 温州水牛ISG15基因克隆与序列分析
    1 材料与方法
        1.1 试验材料与采样方法
        1.2 牛外周血白细胞总RNA的提取与纯化
        1.3 RNA的反转录
        1.4 温州水牛ISG15基因克隆引物的设计
        1.5 应用RACE技术扩增温州水牛ISG15基因
        1.6 牛ISG15基因(含3'和5’侧翼区)DNA序列的克隆
        1.7 目的片段的纯化、克隆和测序
        1.8 温州水牛ISG15 MRNA序列拼接及反刍动物ISG15基因MRNA序列的多重比对
        1.9 哺乳动物ISG15 DNA序列的多重比对
        1.10 哺乳动物ISG15蛋白序列的多重比对及温州水牛ISG15蛋白的生物信息学分析
    2 结果
        2.1 温州水牛ISG15基因克隆
        2.2 温州水牛ISG15序列拼接及ORF分析
        2.3 反刍动物ISG15基因的多重比较
        2.4 温州水牛ISG15蛋白序列与生物信息学分析
        2.5 哺乳动物ISG15蛋白的多重比较
        2.6 温州水牛ISG15蛋白功能分析
    3 讨论
        3.1 ISG15蛋白功能域分析
        3.2 哺乳动物ISG15蛋白的成熟
        3.3 ISG15蛋白的信号肽
第三章 温州水牛IL8基因克隆与序列分析
    1 材料与方法
        1.1 试验材料与采样方法
        1.2 牛外周血总RNA的提取
        1.3 RNA的反转录
        1.4 温州水牛IL8基因克隆引物的设计
        1.5 应用RACE技术扩增温州水牛IL8基因
        1.6 牛IL8基因(含3'和5'侧翼区)DNA序列的克隆
        1.7 目的片段的纯化、克隆和测序
        1.8 温州水牛IL8 MRNA序列拼接及反刍动物IL8基因MRNA序列的多重比对
        1.9 哺乳动物IL8 DNA序列的多重比对
        1.10 哺乳动物IL8蛋白序列的多重比对及温州水牛IL8蛋白的生物信息学分析
    2 结果
        2.1 温州水牛IL8基因克隆
        2.2 温州水牛IL8序列拼接及ORF分析
        2.3 反刍动物IL8基因的多重比对
        2.4 温州水牛IL8蛋白序列与生物信息学分析
        2.5 哺乳动物IL8蛋白的多重比对
        2.6 温州水牛IL8蛋白功能分析
    3 讨论
        3.1 温州水牛IL8 MRNA不稳定基序
        3.2 IL8的蛋白分析
            3.2.1 IL8与信号肽
            3.2.2 IL8蛋白功能域分析
        3.3 IL8与乳房炎
第四章 牛ISG15基因单核苷酸多态性及其与产奶性状关联分析
    1 材料与方法
        1.1 试验动物及采样方法
        1.2 DNA提取
        1.3 温州水牛和中国荷斯坦牛ISG15基因的PCR扩增及检测
        1.4 PCR-SSCP分析
        1.5 PCR产物的纯化、回收及测序
        1.6 序列分析
        1.7 统计分析
    2 结果
        2.1 牛ISG15基因PCR-SSCP引物设计及PCR扩增
        2.2 牛ISG15基因PCR-SSCP检测与突变区域测序
        2.3 牛ISG15基因SNPs的群体遗传学分析
        2.4 牛ISG15基因SNPs对转录因子结合位点的影响
        2.5 ISG15基因SNPs与中国荷斯坦牛泌乳性状的关联分析
    3 讨论
        3.1 ISG15基因SNPs对转录因子结合位点的影响
        3.2 牛ISGl5基因突变
第五章 牛IL8基因单核苷酸多态性及其与中国荷斯坦奶产奶性状关联分析
    1 材料与方法
        1.1 试验动物及采样方法
        1.2 DNA提取
        1.3 温州水牛和中国荷斯坦牛IL8基因的PCR扩增及检测
        1.4 PCR-SSCP分析
        1.5 PCR产物的纯化回收及克隆及测序
        1.6 序列分析
        1.7 统计分析
    2 结果
        2.1 中国荷斯坦牛和温州水牛IL8基因PCR-SSCP引物设计及PCR扩增
        2.2 温州水牛IL8基因PCR-SSCP检测
        2.3 中国荷斯坦牛、天台黄牛、温岭高峰牛IL8基因PCR-SSCP检测及测序(含鲁西黄牛)
        2.4 中国荷斯坦牛IL8基因SNPs对转录因子结合位点的影响
        2.5 牛IL8基因SNPs的群体遗传学分析
        2.6 IL8基因内的SNPs与中国荷斯坦牛乳质性状的关联分析
    3 讨论
        3.1 牛IL8基因突变分析
        3.2 IL8基因内的SNP对转录因子结合位点的影响
第六章 全文结论
参考文献
附录1 反刍动物ISG15基因MRNA的多重比对(CLUSTALX 1.83)
附录2 哺乳动物ISG15蛋白的多重比对(CLUSTALX 1.83)
附录3 反刍动物IL8基因MRNA的多重比对(CLUSTALX 1.83)
附录4 哺乳动物IL8蛋白的多重比对(CLUSTALX 1.83)
附录5 温州水牛ISG15基因与反刍动物标准序列的多重比对(CLUSTALX 1.83)
附录6 温州水牛IL8基因与反刍动物标准序列的多重比对(CLUSTALX 1.83)
附录7 温州水牛ISG15基因内的转录因子结合位点预测
附录8 中国荷斯坦奶牛IL8基因(NC₀00163)内的转录因子结合位点预测
致谢
攻读学位期间取得的研究成果



本文编号：3789614