位置候选基因HMGA1、C6orf106和ENSSSCG00000023160与猪肢蹄结实度的关联性研究

发布时间：2023-06-03 20:58

　　肢蹄软弱一直困扰我国的养猪业。肢蹄软弱会造成猪只跛行、卧地不起，严重地影响猪正常的生长发育。每年因肢蹄软弱淘汰的种猪数目非常大，给养猪业造成巨大经济损失，同时也降低了猪的福利。此外，研究猪肢蹄结实度能为人类四肢健康的研究提供借鉴。因此，研究猪肢蹄结实度不仅具有经济价值，而且具有重要的科学意义。 国内外研究结果显示肢蹄结实度的发生病因复杂多样，有品种、病原体感染、营养水平、人为选育及环境因素等，但多数学者认为肢蹄结实度与遗传密切相关。目前，对猪肢蹄结实度的遗传解析还不是很深入，只有几篇QTL定位及GWAS报道。本实验室对自己构建的白色杜洛克×二花脸资源家系进行全基因组扫描，定位了16个基因组1%显著水平影响肢蹄结实度的QTL，其中7号染色体上的QTL效应最强，且影响多个肢蹄结实度相关的性状。利用猪60K SNP芯片，对F2和苏太群体进行基因型检测，通过全基因组关联分析，把7号染色体上的QTL精细定位到一个2.15Mb的区域内。 本研究在上述研究的基础上，通过对7号染色体上2.15Mb的区域内基因功能的分析，筛选出位于QTL峰值区域的三个基因HMGA1、 C6orf106和ENSSSCG0...

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【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
    1 引言
    2 肢蹄结实度
        2.1 肢蹄结实度的定义
        2.2 肢蹄软弱的危害
            2.2.1 肢蹄软弱给种猪带来的危害
            2.2.2 肢蹄软弱给商品猪带来的危害
        2.3 影响肢蹄结实度因素
            2.3.1 品种和人为选育
            2.3.2 疾病
            2.3.3 繁殖因素
            2.3.4 营养因素
            2.3.5 饲养管理方式
            2.3.6 运动缺乏
        2.4 肢蹄结实度的遗传力
        2.5 肢蹄结实度的评估手段
    3 软骨病
        3.1 软骨病的简介
        3.2 软骨病的生理生化
        3.3 肢蹄软弱和软骨病相关性研究
        3.4 软骨病的评定方法
        3.5 软骨病的研究进展
    4 肢蹄结实度的研究进展
        4.1 QTL 定位结果
        4.2 全基因组关联分析的研究结果
        4.3 候选基因法的研究
    5 基因型填补
        5.1 基因型填补的主要作用
        5.2 基因型填补的主要原理
        5.3 基因型填补的在其他物种中的主要运用
    6 候选基因法的原理
    7 软骨发育调节通路
    8 本研究的前期工作基础
        8.1 QTL 定位结果
        8.2 全基因组关联分析结果
        8.3 2.15 Mb 中的候选基因介绍
            8.3.1 HMGA1 基因的研究进展
            8.3.2 C6orf106 基因的研究进展
            8.3.3 ENSSSCG00000023160 基因的研究进展
    9 本研究的目的
    参考文献
第二章 实验内容
    1 实验材料和方法
        1.1 实验材料
            1.1.1 资源群体
            1.1.2 苏太群体
            1.1.3 杜长大商业群体
        1.2 表型性状测定
        1.3 DNA 的提取
        1.4 候选基因多态位点的搜寻
            1.4.1 引物设计
            1.4.2 PCR 扩增
            1.4.3 测序
            1.4.4 多态位点的鉴别
        1.5 基因多态位点基因型判定
            1.5.1 C6orf106 基因
            1.5.2 HMGA1 基因
    2 统计分析方法
        2.1 基因型填补
            2.1.1 ENSSSCG00000023160 基因型填补
            2.1.2 基因型填补准确性评估
        2.2 简单统计量的计算
        2.3 关联分析模型的确定
        2.4 关联分析
    3 实验结果
        3.1 多态位点搜寻结果
            3.1.1 C6orf106 基因
            3.1.2 ENSSSCG00000023160 基因
        3.2 肢蹄结实度相关性状的简单统计量
        3.3 C6orf106 基因与关节和蹄趾评分关联分析结果
        3.4 11 个多态位点与肱二头肌长度和重量关联分析结果
        3.5 11 个多态位点与肢步态评分关联分析结果
        3.6 11 个多态位点与肢蹄评分关联分析结果
    4 讨论
        4.1 杜长大商品猪表型性状分析
        4.2 基因型检测位点的筛选
            4.2.1 HMGA1 基因
            4.2.2 C6orf106 基因
            4.2.3 ENSSSCG00000023160 基因
        4.3 基因填补
            4.3.1 基因填补的准确性
            4.3.2 基因填补程序的选择
        4.4 关联分析的临界值
        4.5 关联分析结果讨论
            4.5.1 HMGA1 基因
            4.5.2 C6orf106 基因
            4.5.3 ENSSSCG00000023160 基因
    小结
    参考文献
附录
论文发表情况
致谢



本文编号：3830031