巴马香猪产活仔数性状全基因组关联分析

发布时间：2023-07-28 10:19

　　为寻找与巴马香猪产活仔数相关的分子标记,试验利用全基因组关联分析(GWAS)定位并筛选了影响产活仔数性状的候选基因,采集297头具有多胎产仔记录的巴马香猪耳组织样品,提取DNA并利用猪50K SNP芯片进行基因分型,分型结果经质控与基因型填充后,使用Tassel软件对巴马香猪产活仔数性状进行全基因组关联分析。结果显示,巴马香猪平均窝产活仔数在1～9胎内随着胎次增加逐渐升高;经质控过滤后共获得32 816个SNPs位点,利用全基因组关联分析共筛选到8个与巴马香猪产活仔数相关的SNPs位点,分别在基因组或染色体水平达到显著;对关联显著SNP位点上下游500 kb内的编码基因进行富集分析,并依据猪繁殖性状相关QTL区域及基因功能,最终筛选到4个基因(CAPZB、MSH3、CITED2和HSD17B7)作为影响巴马香猪产活仔数的候选基因。

【文章页数】：11 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 试验动物
    1.2 DNA提取与芯片分型
    1.3 数据整理
    1.4 芯片数据质控和基因型填充
    1.5 全基因组关联分析
    1.6 R语言绘图
    1.7 富集分析
    1.8 候选基因确定
2 结 果
    2.1 巴马香猪各胎次平均窝产活仔数统计
    2.2 混合线性模型分析
    2.3 富集分析
    2.4 QTL分析
3 讨 论
4 结 论



本文编号：3837725