细毛羊毛性状候选基因遗传效应的研究

发布时间：2023-08-05 19:26

　　本研究以细毛羊754个个体为材料,采用DNA池和第二代重测序技术相结合,测序筛选候选基因FZD3、SFRP4、Notch1和PTPN13的SNPs,同时筛选出可能与毛性状显著相关的SNPs,运用MassArray技术对显著的2个SNPs以及候选基因的9个SNPs进行基因型分型,采用SAS 9.1最小二乘方法分析11个SNPs与毛性状关联性,以期筛选与细毛羊经济性状相关的分子标记,为今后培育细毛羊新品种提供试验依据。主要研究结果如下:1.利用DNA池检测与细毛羊毛性状相关SNPs利用重测序技术对两个极细和极粗的DNA池中筛选出与毛性状相关的SNPs:T19381438G和G19381838T,这两个位点距离ACAN基因120kb处;FZD3基因筛选出32个非同义突变位点,4个同义突变位点,1个密码终止子;Notch1基因筛选出3个非同义突变位点,9个同义突变位点;PTPN13基因筛选出9个非同义突变位点,19个同义突变位点;而SFRP4在编码区只发现1个同义突变位点。2.连锁不平衡分析以及单倍型分析ACAN基因的两个突变位点:T19381438G和G19381838T处于强连锁不平衡状态...

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【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
第1章 绪论
    1.1 绵羊羊毛资源概况
        1.1.1 世界羊毛现状
        1.1.2 国内羊毛供求现状分析
        1.1.3 羊毛生产趋势
    1.2 细羊毛主要经济性状
        1.2.1 羊毛纤维直径
        1.2.2 羊毛纤维直径变异
        1.2.3 羊毛纤维直径离散
        1.2.4 羊毛纤维弯曲数
        1.2.5 羊毛纤维自然长度
        1.2.6 剪毛量
    1.3 细毛羊育种历程
    1.4 绵羊毛性状研究进展
        1.4.1 羊遗传连锁图谱进展
        1.4.2 绵羊毛性状QTL定位研究进展
        1.4.3 绵羊候选基因法的研究进展
        1.4.4 调控毛囊发育相关通路研究进展
    1.5 SNPs研究进展
        1.5.1 单核苷酸多态性概念及特点
        1.5.2 SNPs检测技术
    1.6 本研究的目的和意义
        1.6.1 本研究的目的
        1.6.2 本研究的意义
    1.7 技术路线
第2章 材料与方法
    2.1 试验材料
        2.1.1 试验动物
        2.1.2 表型数据的整理
        2.1.3 主要仪器设备
        2.1.4 试剂盒及普通试剂
    2.2 试验方法
        2.2.1 毛性状的测定
        2.2.2 基因组DNA的分离与质量检测
        2.2.3 样品DNA池的构建
        2.2.4 重测序筛选SNPs
        2.2.5 Sequenom MassARRAY^@SNP检测
    2.3 数据统计分析
        2.3.1 遗传多态性分析
        2.3.2 基因频率和基因型频率分布的卡方独立性检验
        2.3.3 连锁不平衡与单倍型分析
        2.3.4 不同基因型对羊毛性状影响的效应分析
第3章 结果与分析
    3.1 基因组DNA的提取
    3.2 细毛羊毛性状SNP检测
        3.2.1 DNA池的重测序数据筛选
        3.2.2 毛性状相关基因SNP筛选结果
    3.3 细毛羊群体飞行时间质谱分型分析
        3.3.1 飞行时间质谱的SNP分型
        3.3.2 基因多态性分析
        3.3.3 基因和基因型频率以及Hard-Weinberg平衡检验
        3.3.4 SNP的连锁不平衡分析
        3.3.5 SNP与毛性状的关联分析
第4章 讨论与结论
    4.1 讨论
        4.1.1 编码区突变的生物学意义
        4.1.2 细毛羊候选基因遗传效应分析
        4.1.3 连锁不平衡和单倍型效应分析
        4.1.4 SNP基因型的分子检测平台
    4.2 结论
    4.3 论文创新点
    4.4 下一步工作设想
参考文献
致谢
作者简介



本文编号：3839202