2015-2016年中国猪流行性腹泻病毒S1基因分子流行病学调查及病毒分离与鉴定

发布时间：2023-08-08 18:33

　　猪流行性腹泻病毒(PEDV)是引起猪病毒性腹泻的主要病原之一。大量流行病学调查数据表明,S1基因的突变导致PEDV致病力的改变,S1蛋白的插入缺失突变对病毒致病性和组织嗜性的改变至关重要。因此,针对S1基因开展分子流行病学调查,对代表性变异毒株进行分离,有利于阐明PEDV的遗传演化规律,提供基础防控信息。为调查2015-2016年中国PEDV毒株遗传演化情况,在中国20个省、直辖市或自治区的78个规模化猪场,收集疑似感染PEDV的仔猪肠道组织样品。利用基于ORF3基因的RT-PCR方法对样品进行检测,然后对PEDV阳性样品S1基因进行扩增与测序,进一步对S1基因序列进行遗传进化分析、S1蛋白插入缺失突变图谱(S1-IDMP)、S1蛋白同源性建模以及重组性分析。结果显示,共243份为PEDV阳性样品,其中97个S1基因成功测序,覆盖了中国18个省、直辖市或自治区。序列分析结果表明,S1基因的核苷酸同源性为95.9¹00%,推导氨基酸序列同源性为95.9¹00%;与PEDV CV777毒株进行序列比对结果显示核苷酸同源性为91.6⁹

【文章页数】：74 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
1 文献综述
    1.1 PED概述
        1.1.1 PED流行病学
        1.1.2 临床症状
        1.1.3 发病机理及病理变化
        1.1.4 诊断及预防
    1.2 PEDV生物学特征
        1.2.1 分类及形态结构
        1.2.2 基因组结构
        1.2.3 基因组编码蛋白及功能
        1.2.4 遗传变异现状
    1.3 研究目的与意义
2 PEDV检测及S1基因遗传进化分析
    2.1 材料
        2.1.1 样品来源
        2.1.2 主要生化试剂
        2.1.3 主要仪器设备
    2.2 方法
        2.2.1 样品的处理
        2.2.2 目的基因扩增与测序
        2.2.3 S1基因序列分析及进化树构建
    2.3 结果
        2.3.1 目的基因的扩增
        2.3.2 PCR产物回收纯化结果
        2.3.3 菌落PCR鉴定
        2.3.4 序列分析和系统进化树分析
    2.4 讨论
3 PEDVS1基因插入缺失突变图谱分析
    3.1 材料
        3.1.1 生物信息学软件
    3.2 方法
        3.2.1 S1-IDMPs分析
        3.2.2 S1-IDMPs分子模型建立与分析
        3.2.3 重组分析
    3.3 结果
        3.3.1 S1-IDMPs分析
        3.3.2 S蛋白建模分析
        3.3.3 重组分析
    3.4 讨论
4 PEDV变异毒株的分离与鉴定
    4.1 材料
        4.1.1 样品来源、细胞
        4.1.2 主要试剂
        4.1.3 仪器设备
    4.2 方法
        4.2.1 样品的处理
        4.2.2 病毒的分离
        4.2.3 病毒的鉴定
    4.3 结果
    4.4 讨论
5 结论
参考文献
致谢
附录
个人简历



本文编号：3840269