藏鸡胚胎低氧适应的转录组差异表达分析

发布时间：2023-11-26 13:46

　　藏鸡是生活在青藏高原的古老鸡种,其对高原的低压低氧环境有良好的适应性。藏鸡低氧孵化率高于低地鸡。藏鸡低氧适应是由多个基因控制的复杂性状。虽然候选基因法增加了我们对藏鸡低氧适应的了解,但对藏鸡在低氧适应过程中,多个基因如何协同发挥作用不甚了解。为此,我们利用RNA-Seq技术筛选13%氧浓度下藏鸡和低地鸡胚胎心脏、肝脏的差异表达基因及其所在的相关信号通路,以期获得与藏鸡低氧适应相关联的候选基因。 利用RNA-Seq技术对13%氧浓度下,藏鸡和低地鸡胚胎心脏、肝脏进行了转录组测序分析。鸡胚心脏组织送测所有样品表达转录本注释得到的已知基因有26171个。心脏差异基因筛选的标准为Pvalue<0.05,藏鸡和白来航中差异基因652个,藏鸡和丝羽乌骨鸡的差异基因167个。经Real-time qPCR验证,藏鸡和低地鸡心脏差异基因表达模式定量结果与转录组测序结果一致。部分差异基因KEGG分析富集到了HIF信号通路、ECM-receptor interaction、脂肪酸代谢、亚油酸代谢等通路上。差异基因GO本体论注释结果表明差异基因在藏鸡胚胎的低氧信号感受、传导以及能量代谢过程发挥重要作用...

【文章页数】：142 页

【学位级别】：博士

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摘要
Abstract
目录
第一章 文献综述
    1.1 高原环境适应性的基因组水平分析
    1.2 转录组测序技术
    1.3 HIF通路相关研究
    1.4 藏鸡低氧适应生理及遗传基础研究进展
    1.5 研究目的和意义
    1.6 技术路线
第二章 低氧孵化鸡胚心脏RNA-seq分析
    2.1 前言
    2.2 材料与方法
    2.3 试验结果
    2.4 讨论
    2.5 小结
第三章 低氧孵化鸡胚肝脏RNA-seq分析
    3.1 前言
    3.2 材料与方法
    3.3 试验结果
    3.4 讨论
    3.5 小结
第四章 藏鸡和低地鸡胚胎谷胱甘肽系统相关酶的功能差异
    4.1 前言
    4.2 材料与方法
    4.3 试验结果
    4.4 讨论
    4.5 小结
第五章 EGLN1基因的鉴定及差异表达分析
    5.1 前言
    5.2 材料与方法
    5.3 试验结果
    5.4 讨论
    5.5 小结
第六章 结论
参考文献
致谢
附录
作者简介



本文编号：3867897