奶牛CSF3基因遗传多态性筛查及其生物信息学分析

发布时间：2024-03-31 18:20

　　为探究奶牛集落刺激因子3(CSF3)基因的遗传免疫功能,采用DNA混合池扩增后用直接测序法对奶牛CSF3基因的5个外显子进行单核苷酸多态性(SNP)位点筛选,并采用生物信息学方法对CSF3基因开放阅读框(ORF)区、编码蛋白质信号肽跨膜区、氨基酸理化性质、蛋白质亲/疏水性、mRNA二级结构、蛋白质二级和三级结构进行预测分析。结果显示,奶牛CSF3基因外显子2上存在3个SNP位点,分别为T⁶⁶C、C⁶⁷A、C¹¹⁸A,全部为错义突变,分别导致丝氨酸(Ser)、脯氨酸(Pro)变为组氨酸(His)。mRNA二级结构预测结果表明,T⁶⁶C和C⁶⁷A降低了奶牛CSF3基因mRNA二级结构稳定性,而C¹¹⁸A增大了其稳定性。理化特征分析结果表明,奶牛CSF3基因全长为1 460 bp,共编码195个氨基酸,是一种混合型可溶蛋白,编码产物存在信号肽跨膜区,其二级结构的主要成分为α-螺旋和无规则卷曲。

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

图1奶牛CSF3基因PCR扩增产物检测

奶牛CSF3基因与NCBI中的该基因序列(NM_174028.1)进行比对,结果如图2、图3所示,奶牛CSF3基因共有3个SNP位点,均位于外显子2上,分别为T66C、C67A、C118A,全部为错义突变,分别导致丝氨酸(Ser)、脯氨酸(Pro)变为组氨酸(His)[10]。图....

图2奶牛CSF3基因扩增产物测序发现的SNP位点

图1奶牛CSF3基因PCR扩增产物检测图3奶牛CSF3基因突变位点示意图

图3奶牛CSF3基因突变位点示意图

图2奶牛CSF3基因扩增产物测序发现的SNP位点2.3奶牛CSF3基因SNP位点基因频率

图4奶牛CSF3基因各个位点mRNA二级结构

表2奶牛CSF3基因SNP位点基因频率Table2CSF3geneSNPlocusgenefrequencySNPs所处位置Location等位基因频率AllelefrequencyT66C外显子2Exon2T(0.79)C(0.21)C67....

本文编号：3944326