基于密码子偏性对应分析数据的牛病毒性腹泻病毒分型研究

发布时间：2024-04-25 20:59

　　【目的】牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的分型对于阐明病毒的致病机理、分析其流行规律以及其进化意义重大,本文旨在探索一种基于密码子使用偏性的BVDV分型鉴定方法.【方法】应用CodonW计算102株不同BVDV病毒株基因组序列的相对同义密码子使用度(RSCU)等相关参数,并用Excel和STATISTICA软件对其中的对应分析数据进行统计分析,对BVDV毒株在密码子使用偏性方面的差异进行聚类,将结果与基于BVDV RNA聚合酶基因和5′非翻译区序列的分子进化树进行比较.【结果】分析表明,BVDV的对应分析数据分布相对集中于不同象限中,具有型特异性;密码子偏性表现高度的型内相似性,BVDV-1、BVDV-2、BVDV-3分别聚集成一类,与分子进化树分析结果一致.【结论】结果提示,基于密码子使用偏性对应分析数据的聚类分析可以应用于BVDV的分型研究.

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【部分图文】：

图1BVDV分子进化树

CodonW计算所得BVDV密码子使用对应分析(COA)数据分析显示,不同类型的BVDV在RSCU、密码子使用和氨基酸使用方面具有型特异性(图2).BVDV-1、BVDV-2、BVDV-3在RSCU和密码子使用上的COA数据分布模式高度相似,3个基因型的分布相对集中于不同象限中,....

图2对应分析数据分布图

图1BVDV分子进化树2.3BVDV密码子数据聚类分析结果

图3BVDV密码子COA数据聚类分析

瘟病毒基因组的遗传进化主要来自3个不同的过程:由病毒RNA依赖性RNA聚合酶的易错性导致的点突变的积累;非同源RNA的重组;同源RNA的重组[14].WeberMN等再对125个完整的瘟病毒序列分析后指出,其中2个BVDV-1、1个BVDV-2和4个CSFV毒株的基因组是由同....

本文编号：3964242