CRTC家族3个基因SNP检测及其与秦川肉牛生长性状和胴体性状的关联性分析

发布时间：2017-05-26 13:12

  本文关键词：CRTC家族3个基因SNP检测及其与秦川肉牛生长性状和胴体性状的关联性分析，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：CRTC(CREB Regulated Transcription Coactivator)是一个保守的真核蛋白质家族,包括CRTC1、CRTC2和CRTC3,主要调节CREB转录因子的活性。研究发现CRTC能在细胞核质间穿梭并整合多个通路的信号,CREB-CRTC通路在动物体内的激素和能量平衡的中心调解过程中发挥重要的作用。本研究利用生物信息学方法分析了CRTC家族CRTC1、CRTC2、CRTC3基因的DNA结构特征和蛋白质序列特征;采用GAPDH和β-actin双内参基因对秦川肉牛的CRTC1、CRTC2、CRTC3基因的13个不同组织部位进行了表达谱的构建;运用限制性片段长度多态性技术和DNA测序技术进行CRTC家族3个基因的多态性分析;应用生物统计学软件对检测到的突变位点不同基因型及单倍型组合与秦川肉牛的生长性状和胴体性状进行相关分析。筛选出CRTC家族基因中对秦川牛肉用新品系(简称秦川肉牛)生长和胴体性状有益的分子标记,为选育更为优异生长和胴体性状的秦川肉牛新品系提供理论依据。本研究主要结果如下:1、CRTC1基因在成年秦川肉牛的肺、脂肪、脾脏中相对高表达;在成年秦川肉牛肾脏、肝脏、肌肉、大肠、心脏中相对中度表达;在成年秦川肉牛的小肠、瓣胃、网胃、瘤胃、皱胃和心脏中相对微量表达。2、CRTC2在成年秦川肉牛的肺、脂肪、肾脏、脾脏、肝脏中相对高表达;在成年秦川肉牛大肠、小肠、网胃、瘤胃、肌肉、瓣胃、皱胃中相对中度表达;在成年秦川肉牛心脏中相对微量表达。3、CRTC3在成年成年秦川肉牛肺、脂肪、肾脏、脾脏中相对高表达;在成年秦川肉牛肝脏、肌肉、大肠、小肠、网胃、瘤胃、瓣胃和皱胃中相对中度表达;在成年秦川肉牛心脏相对微量表达。4、在275头秦川肉牛个体中测序发现了CRTC1基因第8外显子上存在2个SNP位点,分别为SNP1g.68206 GA和SNP2 g.68230CA。关联性分析发现这2个SNP位点均能显著影响秦川肉牛部分生长性状,但未发现对胴体性状有显著影响;CRTC1基因单倍型组合H3H3(GGAA)对秦川肉牛的生长性状和胴体性状有显著影响。5、在302头秦川肉牛个体中测序发现CRTC2基因的第2外显子区域附近存在3个SNP位点,分别为SNP1 g.3001 CT、SNP2 g.3034 GA和SNP3 g.3467 TC。统计分析发现,SNP1 g.3001 CT、SNP2 g.3034 GA和SNP3 g.3467 TC均能显著影响秦川肉牛部分生长和胴体性状;CRTC2基因单倍型组合H2H4(CCAGTT)对秦川肉牛的生长性状和胴体性状有显著影响。6、通过PCR-RFLP方法,在395头秦川肉牛样本中检测出CRTC3基因扩增区域上存在4个SNP位点(SNP1 g.62652AG、SNP2 g.62730CT、SNP3 g.66478GC和SNP4g.91297CT)。关联性分析发现:SNP1g.62652AG、SNP2 g.62730CT、SNP3 g.66478GC和SNP4g.91297CT均与秦川肉牛部分生长和胴体性状紧密关联;CRTC3基因单倍型组合H1H1(AACCCCTT)对秦川肉牛的生长性状和胴体性状有显著影响。
【关键词】：秦川肉牛 CRTC基因 多态性 生长性状 胴体性状 组织表达
【学位授予单位】：西北农林科技大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S823
【目录】：

• 摘要6-8
• ABSTRACT8-12
• 第一章 文献综述12-21
• 1.1 前言12
• 1.2 CRTC家族基因的研究进展12-16
• 1.2.1 环磷腺苷反应元件结合物（CREB）12-13
• 1.2.2 CRTC家族概述13
• 1.2.3 CRTC家族基因结构以及染色体定位13-14
• 1.2.4 CRTC家族基因研究现状14-16
• 1.3 荧光定量PCR介绍16-18
• 1.3.1 荧光定量PCR原理16
• 1.3.2 荧光定量PCR分类16-17
• 1.3.3 荧光定量PCR在家畜动物上研究应用17-18
• 1.4 单核苷酸多态性(SNP)分子标记辅助选择在动物育种中的应用18-20
• 1.5 研究目的和意义20-21
• 第二章 CRTC家族基因生物信息学分析21-31
• 2.1 引言21
• 2.2 材料与方法21
• 2.3 结果与分析21-29
• 2.3.1 牛CRTC1基因生物信息学分析21-24
• 2.3.2 牛CRTC2基因生物信息学分析24-26
• 2.3.3 牛CRTC3基因生物信息学分析26-29
• 2.4 讨论29-30
• 2.5 小结30-31
• 第三章 秦川肉牛CRTC家族基因组织差异性表达研究31-37
• 3.1 引言31
• 3.2 材料与方法31-32
• 3.2.1 试验样品采集31
• 3.2.2 秦川肉牛组织RNA提取31
• 3.2.3 组织RNA反转录31
• 3.2.4 引物设计31-32
• 3.2.5 荧光实时定量32
• 3.2.6 数据统计及分析32
• 3.3 结果32-35
• 3.3.1 总RNA检测32-33
• 3.3.2 CRTC1基因在秦川肉牛不同组织中相对表达分析33
• 3.3.3 CRTC2基因在秦川肉牛不同组织中相对表达分析33-34
• 3.3.4 CRTC3基因在秦川肉牛不同组织中相对表达分析34-35
• 3.4 讨论35
• 3.5 小结35-37
• 第四章 CRTC家族基因SNP位点与秦川肉牛生长性状和胴体性状的关联性分析37-60
• 4.1 引言37
• 4.2 材料方法37-39
• 4.2.1 秦川肉牛血样采集和生长性状和胴体性状的测量（附录四）37
• 4.2.2 主要仪器和试剂37
• 4.2.3 基因组DNA制备37
• 4.2.4 秦川肉牛CRTC基因分型37-39
• 4.2.5 统计分析39
• 4.3 CRTC1基因多态位点与秦川肉牛生长性状和胴体性状的关联分析39-46
• 4.3.1 秦川肉牛CRTC1基因的多态位点的遗传多样性39-41
• 4.3.2 CRTC1基因多态与秦川肉牛生长性状和胴体性状的关联分析41-43
• 4.3.3 秦川肉牛CRTC1基因的多态位点连锁不平衡分析及单倍型分析43-44
• 4.3.4 CRTC1基因单倍型组合与秦川肉牛生长性状和胴体性状的关联分析44-46
• 4.4 CRTC2基因多态位点与秦川肉牛生长性状和胴体性状的关联分析46-52
• 4.4.1 秦川肉牛CRTC2基因的多态位点的遗传多样性46-47
• 4.4.2 CRTC2基因多态性与秦川肉牛生长性状和胴体性状关联分析47-49
• 4.4.3 秦川肉牛CRTC2基因的多态位点连锁不平衡分析及单倍型分析49-50
• 4.4.4 CRTC2基因单倍型组合与秦川肉牛生长性状和胴体性状的关联分析50-52
• 4.5 CRTC3基因多态位点与秦川肉牛生长性状和胴体性状的关联分析52-58
• 4.5.1 秦川肉牛CRTC3的多态位点的遗传多样性52-53
• 4.5.2 CRTC3基因多态性与秦川肉牛生长性状和胴体性状的关联分析53-54
• 4.5.3 秦川肉牛CRTC3基因的多态位点连锁不平衡分析及单倍型分析54-55
• 4.5.4 CRTC3基因单倍型组合与秦川肉牛生长性状和胴体性状的关联分析55-58
• 4.6 讨论58-59
• 4.7 小结59-60
• 第五章 结论60-61
• 创新 点61-62
• 参考文献62-66
• 附录66-76
• 致谢76-77
• 作者简介77

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