基于高通量测序技术的藏系绵羊瘤胃与粪便微生物群落结构差异分析

发布时间：2024-06-14 05:01

　　为探究藏系绵羊瘤胃和粪便的微生物群落结构特征及差异,以5只6月龄体况相近及体质量为(21.50±0.59)kg的藏系绵羊为研究对象,分别采集其瘤胃液和粪便样品,利用高通量测序技术对16S rRNA基因V3-V4区段进行测序和生物信息学分析。结果表明,从藏系绵羊瘤胃液和粪便10个样品中共获得729 326条原始序列,经过滤后平均每个样品产生(64 145±320)条优化序列,平均长度(435.20±2.78) bp,聚类后共得到1 207个OTU。藏系绵羊瘤胃微生物的Chao 1指数和ACE指数显著高于粪便微生物,而Simpson指数和Shannon指数在两组之间差异均不显著,且两组的菌群结构有显著分化。在门分类水平上,瘤胃中相对丰度最高的优势菌门为拟杆菌门,粪便中相对丰度最高的优势菌门为厚壁菌门;在属分类水平上,瘤胃中相对丰度最高的属为细菌和普雷沃氏菌属₁,粪便中相对丰度最高的属为瘤胃球菌科Ruminococcaceae_UCG₀10。对瘤胃和粪便的微生物群落进行功能预测,发现有显著性差异的代谢通路34个,主要富集在代谢、...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 试验动物
    1.2 样品的采集与处理
    1.3 DNA提取及高通量测序
    1.4 微生物多样性的生物信息学分析
2 结果与分析
    2.1 各样品测序结果
    2.2 微生物群落多样性分析
        2.2.1 α多样性分析
        2.2.2 β多样性分析
    2.3 不同分类水平微生物群落结构差异分析
        2.3.1 门水平微生物群落结构差异
        2.3.2 属水平微生物群落结构差异
    2.4 微生物基因功能预测分析
3 讨 论
    3.1 瘤胃和粪便的微生物群落多样性
    3.2 瘤胃和粪便微生物在不同分类水平上的群落结构差异
    3.3 瘤胃和粪便微生物功能预测
4 结 论



本文编号：3994181