猪胚胎骨骼肌中基因间长非编码RNA的鉴定、特征及功能的初步分析

发布时间：2024-06-29 06:57

　　猪胚胎骨骼肌的发育对肌肉的生长速度和肉质都具有重要的作用。现阶段对猪的胚胎骨骼肌的研究主要集中在蛋白编码基因和小非编码RNA上，而对长非编码RNA的研究较少。此前的研究表明长非编码RNA对肌肉的发育和分化也具有重要作用。本文利用RNA测序技术首次系统的在猪的胚胎骨骼肌中鉴定了基因间长非编码RNA并对其分子特征进行了分析。此外对一个物种间保守的基因间长非编码RNA的功能进行了分析，主要研究结果如下： 1RNA测序得到的reads经过tophat比对基因组和cufflinks组装后一共得到54550条转录本，经过我们的过滤流程最终得到570条lincRNA，其对应于476个基因座。这些lincRNA的平均长度为1043bp，平均外显子数为2.5个，其中只有两个外显子的lincRNA的比例达到了65.7%。lincRNA的平均FPKM值为12，其中低于15的占到了总数的91.2%。除了Y染色体，lincRNA在不同的染色体上都有分布。经过BLASTN比对后，有28条猪lincRNA能在人lincRNA找到orthologs，有6条能在小鼠lincRNA找到orthologs (E value...

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【学位级别】：博士

【部分图文】：

图1猪骨骼肌发育的示意图（(Zhaoetal.,2011),有修改）

例如，仔猪刚出生的时候其骨骼肌纤维大部分类型是氧化型，随着仔猪的不断生长，肌纤维开始转变为酵解型，此外肌纤维的直径也是迅速变大的。猪的骨骼肌的发育主要分为以下四个步骤（图1）：（1）成肌前体细胞向成肌细胞的转变；（2）成肌细胞的增殖、分化形成肌管，肌管进一步融合形成初级肌纤维；（....

图2lncRNA的种类(Moranetal.,2012)

中国农业科学院博士学位论文第一章文献综述术的广泛应用以及人类ENCODE计划的基本完成，人们发现了的越来越多的lncRNA(Maedaeta2006;Guttmanetal.,2010;Cabilietal.,2011;Derrienetal.,2....

图3长链非编码RNA的生物学功能(Merceretal.,2009)

反义链会转录一条lncRNA，该RNA可与Zeb2mRNA内含子的5’剪切位点区域形成互补双链，从而能够抑制该内含子的剪切。然而该区域含有一个核糖体结合位点，这个位点对Zeb2蛋白的表达不可或缺，该lncRNA通过这种互补双链的方式提高Zeb2蛋白的表达量(Beltranet....

图4Paraspeckle形成的模型(Bondetal.,2009)

明一些lncRNA对一些亚细胞核的形成和功能的行使也发挥了重要作用。1）参与Paraspeckles形成raspeckles是一个相对较新的亚细胞结构，该结构只存在于哺乳动物核类以及一些转化细胞系中(Foxetal.,2002)，其不存在于人胚胎干细胞，但在细胞分化时会显现....

本文编号：3997331