HIV-1病毒中NCp7锌指区域与配体相互作用的理论研究

发布时间：2017-10-10 07:12

  本文关键词：HIV-1病毒中NCp7锌指区域与配体相互作用的理论研究

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【摘要】：采用量子化学方法和ABEEM方法对选取的锌指蛋白和配体进行理论研究。 1．本文采用B3LYP/6-311++G(d，p)方法，优化4个锌指蛋白分子和31个配体分子的几何构型，使用HF/STO-3G计算优化后体系的Mulliken电荷分布。使用线性回归和最小二乘法，拟合确定了ABEEM参数（包括参考电荷，价态电负性和价态硬度）。使用ABEEM参数，，计算获得了4个锌指蛋白（Finger1，Finger1-1，Finger2，Finger2-2）和11个配体的电荷分布。ABEEM方法所计算的电荷分布与从头计算方法的线性相关方程斜率k接近1.0000，截距b接近于0.0000，线性相关系数R在0.9434以上。由此可见，ABEEM方法与从头计算方法相比有很好的一致性。验证了我们所拟合的ABEEM参数是合理的和可转移的，可应用于类似体系的电荷分布的计算。 2.使用ABEEM方法计算了4个锌指蛋白分子和31个配体分子偶极矩，该方法所计算的偶极矩与密度泛函B3LYP/6-311++G(d，p)的结果相关性较好，表明我们所拟合的ABEEM参数（价态电负性和价态硬度）是合理的。 3.利用广义Fukui函数预测4个锌指蛋白的反应活性位点，得到4个锌指蛋白上广义Fukui函数值最大的位点分别是半胱氨酸中S16，S16，S69，S72。分别计算锌指蛋白的半胱氨酸中S原子与配体相互作用的原子和孤对电子间的广义软度差的平方和sG。利用局域硬软酸碱原理中的软度匹配规则，推测出配体与锌指蛋白相互作用的强弱。 4.本文还以拟合好的ABEEM参数，计算了33个锌指蛋白的电荷分布。ABEEM方法所计算的电荷分布与从头计算的有很好的一致性，表明我们所拟合的参数具有很好转移性。
【关键词】：原子-键电负性均衡方法 电荷分布 广义局域软度 广义Fukui函数
【学位授予单位】：辽宁师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：O641;R373
【目录】：

• 摘要4-5
• Abstract5-9
• 引言9-11
• 1 基本理论11-18
• 1.1 密度泛函理论的发展11-13
• 1.2 ABEEMσπ模型13-15
• 1.3 广义活性指标的提出15-16
• 1.4 有限差分近似下反应活性指标的计算16-18
• 2 锌指蛋白及配体的选取和参数的探究18-22
• 2.1 量子化学计算方法18-20
• 2.1.1 锌指蛋白及配体的模型分子选取18-19
• 2.1.2 计算方法19-20
• 2.2 ABEEMσπ参数的确定20-22
• 2.2.1 参数的调节20-21
• 2.2.2 ABEEMσπ方法中的标号命名原则21-22
• 3 锌指蛋白及配体的电荷分布22-28
• 3.1 ABEEMσπ方法计算分子电荷22-25
• 3.1.1 理论方法22
• 3.1.2 电荷分布结果与讨论22-25
• 3.2 锌指蛋白及配体的偶极矩探究25-26
• 3.2.1 理论方法25
• 3.2.2 数据及讨论25-26
• 3.3 小结26-28
• 4 计算分子体系整体反应活性28-31
• 4.1 计算细节28
• 4.2 结果与讨论28-31
• 5 锌指蛋白与配体的反应活性位点选择31-38
• 5.1 理论方法31
• 5.2 计算细节31-37
• 5.3 小结37-38
• 6 33 个锌指蛋白分子的研究38-45
• 6.1 33 个锌指蛋白的选取38-39
• 6.2 电荷分布39-43
• 6.2.1 计算方法39
• 6.2.2 计算细节39-43
• 6.3 大体系锌指蛋白分子的反应活性指标43-44
• 6.4 小结44-45
• 结论45-46
• 参考文献46-49
• 攻读硕士学位期间发表学术论文情况49-50
• 致谢50

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1 常昱;刘新泳;;人类免疫缺陷病毒核壳体蛋白NCp7锌指受体抑制剂的研究进展[J];中国药学杂志;2007年01期

本文编号：1005018