E-钙粘附素序列模体分析

发布时间：2017-10-15 12:37

  本文关键词：E-钙粘附素序列模体分析

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【摘要】：E-钙粘附素(E-cadherin, E-cad)是一种粘附分子,是细胞粘附素家族(Ca2+dependent cell adhesion molecule family)中的一员,主要介导细胞间同质粘附的钙依赖性跨膜糖蛋白,对维持正常上皮细胞形态和结构完整性起着重要作用。模体是蛋白质序列中的一段保守区域,保守性通常在进化过程中呈现,对研究蛋白质的功能起着重要作用。因此,通过对E-钙粘附素序列模体的特征分析来研究E-钙粘附素的结构和功能具有重要意义。本文中,利用搜索序列模体的方法找到了E-钙粘附素序列的功能模体。 为了更好地理解E-钙粘附素的粘附机理,本文从数据库Swiss-Prot提取了实验上已经确认的142条E-钙粘附素序列,利用InterPro、MEME、PROSITE等分析工具对序列一致性(identity)(序列之间完全相同的部分所占的比例)小于等于25%的E-钙粘附素序列进行模体搜索。通过InterPro确定了14条主要的功能模体,用MEME分析得到了50个模体,最终整合InterPro、PROSITE和MEME得到了特征模体。利用这些模体可以搜寻出蛋白质的结构特征,以及残留的约束配体和生物功能的活性部位,为理论研究和生物学实验提供了参考。
【关键词】：E-钙粘附素 特征模体 结构 功能位点
【学位授予单位】：内蒙古大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：R3411
【目录】：

• 摘要4-5
• ABSTRACT5-9
• 第一章 绪论9-17
• 1.1 研究课题的背景和意义9-11
• 1.2 国内外研究现状和进展11-13
• 1.3 本文使用的蛋白质数据库和模体搜索工具13-16
• 1.3.1 Swiss-Prot数据库13-14
• 1.3.2 InterPro数据库14-15
• 1.3.3 PROSITE数据库15-16
• 1.3.4 MEME模体搜索工具16
• 1.4 论文结构安排16-17
• 第二章 E-钙粘附素序列数据集的建立17-19
• 2.1 E-钙粘附素的概述17
• 2.2 建立E-粘附素序列的数据集17-18
• 2.3 建立E-钙粘附素数据集及序列相似性比对18-19
• 第三章 E-钙粘附素序列模体特征分析19-29
• 3.1 从INTERPRO中提取序列模体19-21
• 3.1.1 进行序列已知模体搜索19
• 3.1.2 搜索到的频率较高的模体19-21
• 3.2 从PROSITE提取序列模体21-23
• 3.3 模体频数统计23-25
• 3.4 从MEME中提取序列模体25-26
• 3.5 模体特征分析26-29
• 第四章 总结与展望29-31
• 4.1 全文总结29
• 4.2 展望29-31
• 参考文献31-37
• 致谢37

【参考文献】

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1 戈晓斐,黄竞伟,胡磊;改进的KMP算法在生物序列模式自动识别中的应用[J];计算机工程;2004年10期

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3 马淑杰;李前忠;杨乌日吐;左永春;;蛋白质超家族模体保守性及物理化学性质的分析[J];内蒙古大学学报(自然科学版);2009年06期

中国博士学位论文全文数据库 前1条

1 张世庆;精原干细胞自增殖分子机制研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2007年

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本文编号：1037170