单纯疱疹病毒中简单重复序列及其GC含量的研究

发布时间：2017-10-19 04:35

  本文关键词：单纯疱疹病毒中简单重复序列及其GC含量的研究

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【摘要】：人类单纯疱疹病毒一型(Herpes simplex virus type1, HSV-1)和二型(Herpessimplex virus type2, HSV-2)的感染是普遍存在于全世界的，它们感染人后经常引发各种疱疹和许多并发性疾病，对人类身体健康产生了极大危害。疱疹病毒有种特殊的致病机制，它们能从潜伏期到激活期过渡，初期感染时可能不会造成人体任何的症状，但当人体免疫机能下降时，该病毒就会激活并引起相关的疾病，这也是无法对该病毒进行早期发现和治疗的关键所在。近年来，随着单纯疱疹病毒感染率的提高，这种特异性的致病机制也越来越被人们所关注。本论文以人类单纯疱疹病毒一型和二型的基因组序列为研究材料，，利用IMEx（ImperfectMicrosatellite Extractor）和MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）等软件对病毒基因组序列进行了SSRs（Simple Sequence Repeats）的提取和定位，再结合相关的统计学方法对SSRs的分布特点及其碱基偏向性进行了全面的分析。分析结果显示：在HSV-1中单核苷酸重复是最多的，而在HSV-2中单核苷酸重复和二核苷酸重复含量却相差不大，并且二核苷酸重复稍多于单核苷酸重复。在比较高阶SSRs时发现在HSV-2基因组中四核苷酸重复的相对频率明显高于HSV-1。值得注意的是在HSV-1和HSV-2基因组中C/G, CG/GC,(GGC)n分别以绝对的优势存在于一型、二型和三型SSRs中，并且在所有的SSRs中GC含量明显高于整个基因组中GC含量。另外，随着SSRs长度的增长，在两病毒基因组中的含量呈现出减少的趋势。通过分析结果可以得出：尽管HSV-1和HSV-2的基因组有很高的相似率，但是在两病毒基因组中SSRs的含量和分布却有着各自的特点。在两病毒基因组中越长的SSRs含量越少，这可能与它的高突变率有关。在HSV-1和HSV-2病毒基因组中不管是在SSRs中还是在整个基因组中都呈现出了高GC的偏向性，这种高GC含量的SSRs在病毒基因组中可能起着重要的作用，特别是在翻译区SSRs中GC含量的偏向性将直接影响蛋白质的结构和功能。另外，本文的分析结果可能为单纯疱疹病毒的致病性、基因组结构和进化机制的研究提供一定的理论基础。
【关键词】：简单重复序列 单纯疱疹病毒 相对频率 GC 含量
【学位授予单位】：湖南大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：R373;Q75
【目录】：

• 摘要5-6
• Abstract6-9
• 第1章 绪论9-26
• 1.1 简单重复序列的简介10-18
• 1.1.1 简单重复序列的筛选10-11
• 1.1.1.1 文库筛选法10
• 1.1.1.2 序列标记微卫星分布技术10
• 1.1.1.3 选择性扩增微卫星序列分析方法10-11
• 1.1.1.4 从表达序列标签中筛选 SSRs11
• 1.1.2 简单重复序列的功能11-13
• 1.1.2.1 构成基因组的重要组成部分11-12
• 1.1.2.2 影响基因的表达12-13
• 1.1.3 简单重复序列在研究中的应用13-15
• 1.1.3.1 建立 DNA 指纹、品种鉴定及种子纯度检测13-14
• 1.1.3.2 种质资源保存、评价和利用14
• 1.1.3.3 基因定位和构建基因组图谱14
• 1.1.3.4 系谱分析及分子标记辅助育种14
• 1.1.3.5 亲子鉴定14-15
• 1.1.4 简单重复序列的突变机制15-17
• 1.1.4.1 滑动复制15-16
• 1.1.4.2 DNA 重组16
• 1.1.4.3 滑动复制与 DNA 重组的相互作用16-17
• 1.1.5 简单重复序列与人类疾病17-18
• 1.2 疱疹病毒简介18-19
• 1.2.1 单纯疱疹病毒 1 型18-19
• 1.2.2 单纯疱疹病毒 2 型19
• 1.3 生物信息学数据库19-21
• 1.3.1 GenBank20-21
• 1.3.2 EMBL（欧洲分子生物学实验室）21
• 1.3.3 DDBJ（日本国家遗传学研究所，NIG）21
• 1.4 SSR 常用的分析软件21-24
• 1.4.1 MEGA21-22
• 1.4.2 FASTA22
• 1.4.3 IMEx22
• 1.4.4 SAS22-23
• 1.4.5 DNA Star23-24
• 1.4.6 SPSS24
• 1.5 研究意义和前景24-26
• 第2章 材料与方法26-30
• 2.1 实验材料26
• 2.2 方法与步骤26-30
• 2.2.1 序列的处理26-28
• 2.2.2 相关软件的选取28-29
• 2.2.3 分析方法的选取29
• 2.2.4 对分析结果进行处理29-30
• 第3章 结果分析与讨论30-39
• 3.1 HSV-1 和 HSV-2 基因组中 SSRS的整体分布情况30-32
• 3.2 在 HSV-1 和 HSV-2 中不同长度 SSRS的分布特点32
• 3.3 在 HSV-1 和 HSV-2 中三核苷酸重复的特异性分布32-34
• 3.4 HSV-1 和 HSV-2 SSRS中 GC 含量的分析34-36
• 3.5 HSV-1 和 HSV-2 中 SSRS的保守性和突变性36-39
• 结论39-41
• 参考文献41-53
• 附录 A 攻读学位期间所发表的学术论文目录53-54
• 致谢54

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前6条

1 李汝玉;简单序列重复(SSR)及其在农作物研究中的应用[J];山东农业科学;1999年04期

2 秦国庆,常洪;畜禽DNA分子标记及其研究进展(下)[J];黄牛杂志;1999年03期

3 钱士匀,云天英;短串联重复序列与亲子鉴定[J];海南医学院学报;2002年02期

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6 朱作峰,孙传清,姜廷波,付强,王象坤;水稻品种SSR与RFLP及其与杂种优势的关系比较研究[J];遗传学报;2001年08期

本文编号：1059075