我国部分地区HIV-1毒株的分离培养与基因序列特征研究

发布时间：2017-12-29 00:34

  本文关键词：我国部分地区HIV-1毒株的分离培养与基因序列特征研究　出处：《中国人民解放军军事医学科学院》2008年硕士论文　论文类型：学位论文

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【摘要】： 分离我国流行的HIV毒株并进行相关基因序列特征的分析是建立我国HIV毒种库,认识我国HIV的生物学特征、分析其流行和变异重组规律的重要基础;全基因组的序列测定有助于阐明毒株的进化特征,可以为有关病毒流行特征等方面的研究提供一个完整、清楚的遗传学和分子生物学背景。本研究首先对我国部分地区流行的HIV-1毒株进行分离培养,对其中的部分毒株进行了gag, pol, env基因特征进行分析,对2株病毒进行了全基因组序列测定和研究。 目的分离我国部分地区流行的HIV-1毒株,了解分离毒株的生物学及基因序列特征。 方法用外周血单核细胞(PBMCs)体外共培养的方法从我国HIV-1感染者中分离原代HIV-1毒株,分析毒株的体外生长动力学特征和融合诱导性。提取病毒基因组RNA,反转录PCR扩增病毒的gag,pol,env区基因并进行序列测定,使用软件Clustal,BioEdit version,MEGA3.1对基因序列特征进行分析。提取NX2、SH52两个HIV-1毒株的前病毒基因组DNA,套式PCR方法扩增全长基因组并分段测序,使用SimPlot软件进行基因序列重组分析。 结果将本室冻存的67株初步分离呈阳性反应的毒株复苏传代,得到37株稳定传代的病毒;从5个省市的270名HIV-1感染者外周血中分离出58株HIV-1原代毒株。分离株的体外生长动力学呈现快/高、慢/高、慢/低三种类型。病毒载量越高分离的阳性率(HC=78.959,χ~2_((1)0.01)=6.63.P0.01)越高、同时病毒分离株呈快高型生长的比例增大。 52株分离株的序列呈现B(欧美B、泰国B’)、CRF01_AE重组、CRF_BC重组和G 4种亚型;以B亚型分布最广,CRF01_AE重组株主要分布在广西,上海发现G亚型病毒。V3环顶端四肽GPGR广泛的分布于B亚型和CRF_AE亚型中。CRF01_AE亚型毒株的V3环平均净电荷数略高于B亚型;基因离散率分析显示,env基因离散率远高于gag和pol基因;CRF01_AE亚型病毒pol和env区基因离散率均在三种亚型中最高。表型预测显示多数为利用CCR5辅助受体、M嗜性的毒株。 扩增得到NX2 08BC重组亚型和SH52 G亚型全长基因组序列。NX2 CRF08_BC重组亚型在3个位置发生重组,分别位于gag,pol和nef区,重组位点位于1000nt,2600nt和9200nt。 结论传代分离出我国部分地区的HIV-1流行毒株95株;毒株呈现多种体外复制动力学特征,并与血浆HIV-1病毒载量水平相关;毒株呈现多种亚型(B、CRF01_AE重组、CRF_BC和G),在不同传播途径和地区具有不同的分布;env基因离散率远高于gag和pol基因, HIV-1毒株多数是不致细胞病变的M嗜性、NSI表型;V3环序列变化较大。得到2株HIV-1毒株的全长基因组序列,亚型分别为CRF08_BC和G亚型。
[Abstract]:......
【学位授予单位】：中国人民解放军军事医学科学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2008
【分类号】：R373

【参考文献】

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本文编号：1348108